在進行差異基因表達(dá)分析時，得到顯著差異基因后，接下來就需要分析這些基因參與了哪些功能，常見的就是GO功能注釋和KEGG通路富集分析，今天為大家介紹在線分析工具的使用——DAV...
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GO、KEGG富集分析——DAVID與KOBAS在線分析工具 -
近日二三感悟 - 感同身受
落在一個人一生中的雪，我們不能全部看見。 我突然想起了一個詞 -- 感同身受。事實上，這明顯是沒人能過做到。但一直讓人不明白的，或許是這個詞，又為什么存在？ 沒有人能做到感同...
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18年的畢業(yè)季
轉(zhuǎn)眼間，又到了畢業(yè)季。昨天晚上熊分享了他跟高富帥發(fā)小的聊天心得，總結(jié)工作與讀博的相似之處和不容易。今天下午聽了宋立榮老師和甘南琴老師的兩個學(xué)生的博士答辯，頗感不易，其中酸甜苦...
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根據(jù)轉(zhuǎn)錄本尋找可能的生物學(xué)功能信息劉小澤寫于19.2.17依然是很容易上手的小工具得到了組裝的轉(zhuǎn)錄本，就可以根據(jù)這個去找潛在的生物學(xué)相關(guān)信息，比如編碼區(qū)預(yù)測、注釋等 利用TransDecoder 這個工具可以...
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GO注釋結(jié)果整理對于非模式生物或者無參考基因組的項目，經(jīng)常需要進行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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解決R markdown 圖片顯示不完整R markdown功能多多 可以用網(wǎng)頁HTML、PDF、Word等多種展示方式。做presentation非常有用，文件小，內(nèi)容大。最近我想做一個R Markdown寫一些...
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學(xué)習(xí)方案：如何才能入門生信？按我前面文章繼續(xù)反思：如何才能入門生信？中提到的學(xué)習(xí)方案執(zhí)行。 總的方案： 孟老師推薦關(guān)于最后一部分的四大切入點，最后是把幾個不同的Seq的過程細(xì)節(jié)都了解一下。 第一部分：l...
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用ggplot2做富集分析氣泡圖數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 富集分析軟件由于做的材料不是模式植物，用clusterProfiler上面配置起來有點困難，最要命的是基因組數(shù)據(jù)庫并沒有上傳NCBI，無法用OrgDb，當(dāng)然也可以自...
