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R語言實現Alpha多樣性指數的計算
R語言實現Alpha多樣性指數的計算 上次我們已經使用R語言來對OTU表的抽平分析，那么我們如何使用抽平后的OTU表來重新計算Alpha多樣性呢...
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R語言計算多樣性指數的平均值和方差R語言計算多樣性指數的平均值和方差 在16s RNA高通量測序后，我們經常要對樣本進行Alpha多樣性指數分析，所以經常要計算Alpha多樣性指...
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R語言實現OTU表的抽平分析
R語言實現OTU表的抽平分析 好久沒有更新文章了，抱歉，今天我們先來講一下抽平。相信大家平常在16s RNA 測序后，一般都會對測序數據劃分后生...
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非約束排序4 對應分析（CA）
第五章 非約束排序4 對應分析（CA） 1. 對應分析概述 對應分析（correspondence analysis，CA）是分析物種有-無或多...
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Alpha多樣性指數求標準差及平均值
Alpha多樣性指數求標準差及平均值 現在使用高通量測序技術來對微生物群落來進行測序分析已經發展很多年了，在論文中經常有使用到Alpha多樣性來...
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ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數細講
ggplot2繪制-堆疊柱形圖參數細講 昨天我們主要說了如何使用群落微生物的物種屬水平豐度表來繪制堆疊柱形圖。但是昨天沒有對ggplot2來繪制...
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繪制堆疊柱形圖（ggplot 2）使用群落微生物物種豐度表數據
群落微生物物種豐度表-繪制堆疊柱形圖（ggplot 2） 今天我們先來講一下如何利用細菌群落的高通量測序數據來繪制堆疊柱形圖來展示不同樣品中優勢...
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非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉化的數據以及其他內容第五章 非約束排序3 主成分分析（PCA）-基于Hellinger轉化的數據以及其他內容 由于前幾天電腦被我搗鼓壞了，今天才修好，所以這幾天就沒...
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非約束排序2 主成分分析（PCA）第五章第五章 非約束排序2 主成分分析（PCA） 今天我們來學習一下賴江山老師的《數量生態學：R語言的應用 第二版》第五章的正式內容了，今天主要講的是...