項目目的 CIRI2和CIRCexplore,2聯(lián)合使用對數(shù)據(jù)進行circRNAs鑒定，并進一步做下游的差異表達等分析。 項目流程 1·tophat，BWA用于map到參考基...
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IP屬地：上海
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子宮內(nèi)膜癌circRNA數(shù)據(jù)分析（重分析）
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BWA下載安裝1.下載BWA 2. 解壓縮 -j：有bz2屬性的-x：解壓;-v：顯示所有過程 3. 編譯BWA 4. 添加到環(huán)境變量 在bashrc文件末尾追加export PATH=$...
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UpSetR：集合可視化神包對于集合的可視化，第一時間想到的都是韋恩圖（venn diagram），一般集合不超過5個的時候，可視化效果還是不錯的 但是一旦數(shù)據(jù)集增加，比如說五個的時候，你就很難從圖中解...
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xCellx詳細使用方法及結(jié)果分析理論知識： 組織是由不同譜系和亞型的細胞類型組成的復(fù)雜環(huán)境，每種細胞都有自己獨特的轉(zhuǎn)錄組。因此，批量轉(zhuǎn)錄組分析是細胞類型特異性基因表達的總和加權(quán)的細胞類型比例在給定的樣本。去...
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從統(tǒng)計學的角度理解RNA-seq這次是分享李婧翌團隊的一篇綜述《Modeling and analysis of RNA-seq data: a review from a statistical pers...
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如何構(gòu)建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會變小
測序數(shù)據(jù)比對結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當時懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統(tǒng)計了一下原始...
