工作中需要使用多臺服務器，每次都要修改bashrc文件，來配置服務器使其使用起來順手，配置文件如下
發簡信
IP屬地：四川
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單細胞分析---測序文庫拆分 (Demultiplexing)對于所有數據類型，”文庫拆分”涉及從一端或雙端短序列中識別和移除細胞條形碼序列 (cell barcode)和UMI。如果提前知道加入的細胞條形碼，比如數據來自基于PCR板的...
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samtools view -f 4
從bam文件中提取未比對上的reads——so easy!
前段時間送去測序的實驗數據拿回來了，然后做完比對之后發現unique_reads比對率不夠理想，確保分析數據過程中沒有出錯的前提下，個人認為實驗過程中可能有污染。所以需...
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這個是GEO數據庫內對每個樣本的描述
Bioconductor分析芯片數據并提取差異表達基因
分析基因芯片的數據，提取出差異表達的基因這次試驗的數據來源于文獻：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
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BSgenome 構建自己的參考基因組1. 目的 ??最近在某個分析的時候，需要BSgenome object，然而我的物種不是常見的物種，是自己組裝出來的多倍體物種，因此沒法用已有的BSgenome參考基因組，...
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一鍵完成單因素方差分析及可視化的R腳本腳本有五個參數 -f:輸出的數據，第一列是樣本名，第二列是自變量也就是分組信息，第三列至以后就是因變量，就是分組效應 -d:因變量的列名 -i:自變量的列名 -t:選擇可視化...
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堆疊柱狀圖各成分連線畫圖的R腳本18年1月29日宏基因組轉載了中科院生態中心鄧曄組的文章《土壤細菌定量方法結合相對豐度分析揭示種群的真實變化》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz...
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數據在前面的文章應該有
第二次RNA-seq實戰總結(3)-用DESeq2進行基因表達差異分析
DESeq2是一個用于分析基因表達差異的R包，具體操作要在R語言中運行1.R語言安裝DESeq2 2.載入基因表達量文件，添加列名 3.數據整合 4.對基因進行注釋-獲取ge...
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TBtools基因家族分析詳細教程（1）寫在前面：非常感謝CJ開發出如此強大的TBtools工具，作者詳細講解了基因家族的分析過程和意義，課程購買地址，講的很棒，可以試聽。 一共分為4個部分TBtools基因家族分...
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將多個樣本的vcf文件轉化為Phylip輸入格式的python腳本在分析變異過濾得到SNP時，一般都會用PHYLIP構建NJ進化樹 但是phylip又不能直接把vcf文件作為輸入文件，它的輸入格式要求如下 第一行的兩個數字分別為樣本數和SN...
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外顯子測序解析卵巢早衰的遺傳因素
卵巢早衰（Premature ovarian failure POF）通常是指女性40歲之前閉經（原發性或繼發性），約1%-4%的女性患有此病，癥狀表現為低雌激素癥狀（即潮熱...
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改善mosdepth輸出結果的python腳本
mosdepth是一個用于計算測序深度的軟件使用方法可參考下面這篇文章http://www.lxweimin.com/p/6bd56cd8d59e[https://www.j...
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分子生物學實驗雜談01
說明書背后的基本原理 對于初步接觸分子生物實驗的同學，給出幾點建議： 首先是跟著實驗室的師兄師姐學習經驗，經驗往往是數次實驗成功或失敗的經驗總結。 認真研讀產品說明書，這是一...
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全外顯子測序(wes)數據分析詳細流程(小樣本)
如果想看大樣本的數據處理分析流程請移步總目錄:三陰性乳腺癌全外顯子分析(wes)(大樣本727個) 分析流程目錄如下： 1 wes相關軟件下載與安裝并添加環境變量2 下載GA...
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將Marker與多個物種blast結果輸出位CSV文件的python腳本
我們很多Markers通過本地blast比對到多個物種的基因組上，來確定marker在不同物種基因組上的位置，為了方便查看結果，因此我寫了一個腳本，只需要輸入Markers文...
