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基因家族分析（一）軟件的準備
基因家族分析軟件安裝指南 在基因家族分析的世界里，軟件安裝是開啟探索之旅的第一步。準備好迎接挑戰了嗎？讓我們一起開始吧！ 第一章：基因家族分析軟...
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GWAS-eQTL的共定位分析GWAS-eQTL的共定位分析，聽起來是不是很高大上。當時自己也是不太清楚，還到處找教程，腳本什么的。但是都無果，好不容易找到一個，折騰了半天安...
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MatrixEQTL-----eQTL分析
好久沒有發簡書了，去學習新技術新知識去了，實在是沒有時間！！現在有點時間，記錄分享一下新知識~這段時間也是被這個eQTL搞得很頭疼，現在終于弄出...
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chopper---過濾和質控你的測序reads
有些時候，我們得到的測序reads，長度超過了測序平臺的最長測序量或者說長度太短了不利于進行后續的組裝，例如：HiFi測序一般在15kb~20k...
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hicPro+EndHiC(二)染色體掛載
EndHic 想比較HiC-Pro，EndHic的安裝就簡單很多，就是下載即可用 EndHiC的安裝 要用到的腳本都在文件夾下，直接調用就行 怎...
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怎么去進行基因組的組裝有很多伙伴，都在進行基因組的組裝，但是具體需要干什么，從什么地方開始，下一步又應該做什么?并不是很了解。我用下面一份流程圖來簡單的說一下，整個基...
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hicPro+EndHiC(一)染色體掛載
使用hicPro+EndHiC兩個軟件，對我們組裝得到的contig數據進行染色體的掛載，得到我們所需要的scaffold水平的基因組文件。首先...
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flye的使用（基因組組裝）
軟件介紹 Flye 是一種用于單分子測序讀數（如 PacBio 和牛津納米孔技術公司生產的讀數）的從頭組裝器。它適用于各種數據集，從小型細菌項目...
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HiCUP(Hi-C User Pipeline)軟件介紹 HiCUP是一個處理由Hi-C和捕獲Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）產生的測序數據的流程，用于對HiC數據進行質控（Q...