發(fā)簡信
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R語言|轉錄組樣本的PCA和PCoA介紹 通過同一組轉錄組數(shù)據(jù)，做PCA和PCoA，看看分組情況。在此之前，我通常使用PCA對樣本進行檢測以剔除離群樣本。但并不確定PCA和PCoA...
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差異基因|火山圖介紹 關于ggvolcano包和ggplot2包繪制火山圖，以及加標簽、修改配色等。獲得差異基因列表后，用以進行差異基因分析的數(shù)據(jù)通常包括包括G...
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BEAST | 內(nèi)存不足報錯序列整理 BEAUti BEAST TreeAnnotator 軟件報錯 內(nèi)存不足報錯 在運行BEAST時數(shù)據(jù)集過大，或運行TreeAnnota...
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差異基因|Limma安裝和使用
介紹 常用的差異基因分析軟件主要有DESeq2、edgeR以及Limma。其中，DESeq2適合有重復的樣本(官方推薦4個以上)，edgeR可以...
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多物種無參Trinity組裝 | awk樣本列表
組裝策略 適用于設計多樣本多物種的組裝。例如100個樣本，10個物種。這里如果想直接完成10個de nove組裝，需要將所有樣本數(shù)據(jù)放到一起后，...
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Trinity | 報錯died with ret 256 at Trinity line 2183.
一直運行很正常的Trinity，突然出現(xiàn)了從未有過的報錯，并且是，有的樣本報錯無法運行，另一些樣本可以正常運行。完整報錯信息如下： 乍一看，信息...
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linux腳本 | 去除系統(tǒng)發(fā)育樹的支長和節(jié)點信息介紹 系統(tǒng)發(fā)育樹文件通常帶有支長和節(jié)點信息，如遺傳距離、位點數(shù)、支持率、分化時間等等，生成這樣的信息一般是通過軟件基于序列信息計算得到的。而在某...
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R語言 | 隨機生成模擬數(shù)據(jù)
當你需要一組簡單的示例數(shù)據(jù)用以模擬分析時，除了使用R種自帶的數(shù)據(jù)集，也可以自己通過隨機數(shù)產(chǎn)生。下列文件展示了一組基于已有數(shù)據(jù)額外拓展生成兩組額外...