石河子大學第一附屬醫院泌尿外科副主任醫師
IP屬地：河南
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【一】 到此時，原始...
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small RNA學習（六）：計算已知miRNA的表達量從這一篇開始，是我重復一篇文獻的記錄，我在第五周文獻學習筆記中提到過。 1. 過濾adapter 在第二篇筆記中，我判斷接頭序列是從raw data中看的，雖然準確但花了一些...
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reads計數原理及featureCounts統計counts后的cpm和tpm計算摘錄：生信技能樹論壇 Kai statquest 要求：實現這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表...
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平常做點 ?珍珠翡翠白玉湯? 你要是不介意的話也來一碗嘗嘗~<br><br>裝逼的戴著R形狀的戒指??<br>牽著??/?? 駱駝慢悠悠的逛街<br>后來碰到了一條蛇??纏著我不放<br><br>??____???3??_???3???3______?? ??____<br><br>那好吧，都一起來，跟著我種白菜吧！<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br>╪ ?? ???? ?? ?? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪ ?? ?? ?? ???? ?? ?? ?? |<br>╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪=╪<br><br>
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Perl One-Liners | Perl命令行學習2 -p和-n參數
Perl 命令行參數 -p和-n 【上集回顧】：上一次提到了-e參數，一般在使用perl的單行程序時都會加上-e參數。-e參數就是將后面引號內的內容當作perl代碼執行。 這...
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small RNA學習（一）：GEO數據下載一般在轉錄組或者基因表達相關的文獻中，末尾都會附上Accession Numbers，可以用這個編號在GEO(Gene Expression Omnibus)數據庫上下載該研...
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公眾號：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研，學習方向：癌癥基因組、腫瘤免疫、單細胞組學
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samtools`markdup`操作的正確順序
具體實例在5 一步法找基因變異流程samtoolsmarkdup操作的正確順序 The first sort can be omitted if the file is al...
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Linux權限詳解（chmod、600、644、666、700、711、755、777、4755、6755、7755）
權限簡介 Linux系統上對文件的權限有著嚴格的控制，用于如果相對某個文件執行某種操作，必須具有對應的權限方可執行成功。 Linux下文件的權限類型一般包括讀，寫，執行。對應...
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說說 Python 正則表達式中，如何實現文本替換
我們可以使用正則表達式實現文本替換，即使用新的文本替換到正則表達式模式所找到的文本。利用 Regex 對象的 sub() 方法來實現，它需要傳入兩個參數，參數類型都為字符串。...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學習IGV的時候寫過兩篇推文，當時簡單做了了解，但有朋友說意猶未盡，嗯我也這么覺得，總覺得還是學的不夠。推薦閱讀：https://github...
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IGV展示gff文件1. 加載基因組文件 Genomes??Load Genome from File??點擊自己的基因組 2.加載gtf/gff文件 2.1. Tools??Run igvto...
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RNAseq 完整操作流程以及后續例子操作2.軟件以及流程以及代碼： 本實驗使用常規的Tophat2 比對 （1）樣本制備、建庫：總RNA ---> polyA富集mRNA ---> 打斷 ---> 隨機引物反轉錄成...
