pathway富集圖2 pathway_bubble_color.r

<span style="font-size:18px;">library(ggplot2)

pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")

# 畫圖

p = ggplot(pathway,aes(R0vsR3/All_Unigene,Pathway))

p=p + geom_point()

# 改變點(diǎn)的大小

p=p + geom_point(aes(size=R0vsR3))

# 四維數(shù)據(jù)的展示

pbubble = p + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))

# 自定義漸變顏色

pbubble =pbubble+ scale_colour_gradient(low="green",high="red")

# 繪制pathway富集散點(diǎn)圖

pr = pbubble + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number", x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")

# 改變圖片的樣式（主題）

pr=pr + theme_bw()

pr

#pr</span>

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