Protein domain：
結(jié)構(gòu)域domain的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定義結(jié)構(gòu)域?yàn)榭梢宰詣?dòng)折疊的穩(wěn)定的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)單位。過(guò)去，結(jié)構(gòu)域被描述為，折疊單位，致密結(jié)構(gòu)單位，功能和進(jìn)化單位。每個(gè)定義都是有效的并且經(jīng)常重疊。緊密結(jié)構(gòu)單位結(jié)構(gòu)域在很多不同的蛋白質(zhì)中被發(fā)現(xiàn)，它在結(jié)構(gòu)環(huán)境內(nèi)容易獨(dú)立折疊。自然界經(jīng)常把幾個(gè)domains結(jié)合在一起形成多結(jié)構(gòu)域和多功能蛋白質(zhì)。在一個(gè)多結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)中，每一個(gè)結(jié)構(gòu)域可以獨(dú)立行使它自己的功能，或者和它的臨近蛋白協(xié)調(diào)一致的方式行駛。Domains既可以作為模塊構(gòu)建大的復(fù)合體像病毒顆粒或肌纖維，也可以提供特定的催化或結(jié)合位點(diǎn)，這些都在酶或調(diào)節(jié)蛋白中被發(fā)現(xiàn)。
Motif和domain的區(qū)別
完全不同的兩個(gè)概念，但有時(shí)還有聯(lián)系。
Motif：在生物學(xué)中是一個(gè)基于數(shù)據(jù)的數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)模型，典型的是一段sequence也可以是一個(gè)結(jié)構(gòu)，是特定的group的序列預(yù)測(cè)，例如一個(gè)DNA sequence可以定義為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，也就是序列傾向于被這種factor結(jié)合。對(duì)蛋白質(zhì)來(lái)說(shuō)，sequence motifs可以被定義為蛋白質(zhì)（蛋白質(zhì)序列）屬于一個(gè)給定的蛋白質(zhì)家族。一個(gè)簡(jiǎn)單的motif可以是，例如，一個(gè)模式pattern，而這個(gè)模式被這個(gè)group中的所有成員共享。例如WTRXEKXXY（這里，X代表任何氨基酸）。當(dāng)然也有更復(fù)雜的motif模型。Motif有時(shí)和特定的功能聯(lián)系一起。
Protein domains：是一種結(jié)構(gòu)實(shí)體，通常代表蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中獨(dú)立折疊和行駛功能的一部分。因此，蛋白質(zhì)經(jīng)常是這些結(jié)構(gòu)域的不同的組合構(gòu)建起來(lái)的。
那，motif和domains之間有什么聯(lián)系？當(dāng)你考慮蛋白質(zhì)家族的時(shí)候，不僅要看整個(gè)序列，還有關(guān)注單獨(dú)結(jié)構(gòu)域。因?yàn)椋鼈兪且粋€(gè)基本的功能結(jié)構(gòu)單位，因此找到單個(gè)結(jié)構(gòu)域domain的序列motif是很有意義的。因此，你經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)一個(gè)蛋白質(zhì)包含多個(gè)結(jié)構(gòu)域，每個(gè)結(jié)構(gòu)域都有一個(gè)與它所屬的家族motif匹配的序列。
最主要的區(qū)別是，domain是獨(dú)立的穩(wěn)定的，motif不是。
參考：2008.2：Disease candidate gene identification and prioritization using protein interaction networks
作者：Y大寬
鏈接：http://www.lxweimin.com/p/a08cc709b4ff
