UCSCXenaShiny實現基因表達的Pancer(泛癌）展示

UCSCXenaShiny包由我和幾位小伙伴共同開發，如果對您有幫助請致謝我們，并引用我們的R包，有什么問題也可以給我們反饋。
網址為https://github.com/openbiox/XenaShiny

Github

這個教程用于實現Tumor (TCGA)和Normal (GTEx)基因表達的比較

  1. 下載開發版本的R包
remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")

注意更新所有的R包

  1. 運行
library(UCSCXenaShiny)
app_run()

之后會在瀏覽器中出現Shiny的主界面
進入Modules中的Visualization

界面

輸入感興趣的基因就可以了
我們提供了多種展示功能，可以實現箱型圖，并實現統計檢驗（Mann-Whitney U test, Tumor vs normal）
注：

  1. 這個過程因為實時下載，所以速度會有一些慢。
  2. 必須同時打開show P value和Show P label開關才能看到P值標注。

  3. 單位為 log2(tpm+0.001)。


    展示
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