01
腫瘤免疫治療與內皮細胞的HEV轉化形成正反饋調節促進抗腫瘤效應
免疫治療的主要障礙是腫瘤組織缺乏T細胞浸潤，三級淋巴結構（TLS）是機體針對腫瘤形成的局部免疫反應，與良好的預后相關，但是我們對于TLS是如何形成的知之甚少，而在腫瘤相關的TLS中B和T細胞的高度變異性，有研究表明抗血管生成治療能夠誘導富含T細胞的腫瘤相關高內皮靜脈（TU-HEVs），而HEV主要存在于淋巴結中，對于TU-HEV是如何產生的、具有什么生物學特性還了解較少。
本文研究者首先利用單細胞轉錄組分析了PyMT小鼠的CD45-CD31+MECA79+TU-HEVs，外周淋巴結LN-HEVs，以及CD45-CD31+MECA79-TU-ECs三組內皮細胞，首先亞型分析可以將其分為五種內皮細胞亞型：炎癥型HEV，穩態型HEV，TU-EC、分裂型EC和少量淋巴型EC，而TU-EVC表現出TU-EC和LN-HEV的混合表型，并且有三種獨特的表達模式，體現了其復雜性，并通過IFNg阻斷發現IFNg導致了TU-HEV和LN-HEV之間的差異，在任何小鼠乳腺癌中也確定了基因表達模式的保守性，接著研究者利用CytoTRACE分析發現腫瘤毛細血管后微靜脈TU-PVC具有轉化為TU-HEV的可塑性，TU-EC化生為TU-HEV依賴于免疫治療誘導的信號，而免疫治療在HEV的形成和淋巴細胞浸潤中是必須的，基于以上結果，作者推測HEV可以和聚集的淋巴細胞形成一種反饋機制。然后進一步研究發現TU-HEV不僅能促進淋巴細胞浸潤，同時也是TCF1+CD8+祖細胞的擴增提供壁龕，促進了細胞毒性效應CD8+T細胞的產生，而在治療中具有TU-HEV的患者對免疫檢查點抑制劑的反應性更好。
本研究為提高腫瘤免疫治療效果提供了新的作用靶點。
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02
健康人類腎臟的單細胞分析揭示了基于性別的轉錄程序和組織特異性免疫的特征
腎臟維持機體內穩態的復雜功能是由分布在不同區域的各種特化實質細胞執行的。由于缺乏獲得健康、新鮮組織的途徑，對人體腎實質和常駐免疫細胞網絡的了解有限。
在此研究中，研究者展示了來自19個活體供體的健康人類腎臟的單細胞圖譜（9例男性和10例女性），分析了27677個高質量細胞的轉錄組。研究者基于性別幾乎平衡的數據集揭示了近端小管細胞內基因表達的性別差異，特別是女性抗氧化金屬硫蛋白基因的增加和男性有氧代謝相關基因的優勢。研究證實，男性和女性近端小管細胞在代謝功能上存在差異，男性細胞表現出更高的氧化磷酸化水平和更高水平的能量前體代謝產物。在免疫生態位內，研究者鑒定了具有獨特轉錄譜的腎特異性淋巴細胞群，表明腎適應功能，并通過流式細胞術驗證了此發現。研究者觀察到髓系細胞群的顯著異質性，并確定MRC1+LYVE1+FOLR2+C1QC+細胞群為健康腎臟的主要髓系細胞群。
這項研究提供了健康人類腎臟的詳細細胞圖譜，揭示了對腎實質細胞和腎內免疫群體復雜性的新見解。
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03
多區域肝癌組織單細胞測序揭示腫瘤與免疫細胞穩定的鎖-鑰特點
在大部分實體腫瘤中都存在高度的異質性，這種異質性會影響病人的總體生存期和免疫治療的療效，腫瘤內異質性（ITH）可能是由于腫瘤細胞的進化及其與腫瘤微環境的持續相互作用共同驅動腫瘤發生的結果，目前尚不清楚采樣偏差是否會影響觀察到的腫瘤生態系統和每個腫瘤內的相關ITH以及由此產生的數據解釋，或者腫瘤組成是否相對穩定，具有安全的腫瘤通信網絡和支持腫瘤惡性腫瘤的TME。
在這項研究中對7名肝癌患者的HCC和iCCA多區域進行單細胞測序，t-SNE分析顯示不同區域的惡性細胞都會形成患者特異性簇，而不同病例相鄰正常組織的非惡性上皮細胞則混合在一起，表明區域間異質性比腫瘤間異質性小得多，RNA速率分析也揭示了同一患者不同區域種細胞的進化軌跡相似，而在不同病人中表現出不同的細胞干性相關基因，通過細胞互作分析惡性細胞和每個患者體內TME的配體-受體相互作用，獲得了類似的結果，即同一病人，無論采樣位置如何，分子通訊網絡相對穩定，而不同患者則表現出獨特的細胞間通訊網絡。后續分析發現這種不同病人間受體配體相互作用的特異性主要是腫瘤細胞的異質性造成的。后續對37例病人的46個腫瘤樣本進行單細胞轉錄組測序，發現這種特異的互作和病人的生存周期有直接關系，例如，LGALS9-SLC1A5和SPP1-PTGER4對主要由惡性細胞和TAM的通訊貢獻，病人的總體生存周期顯著降低，進一步在258例病人的肝癌樣本中進行原位成像，發現LGALS9和SLC1A5趨向于富集在同一區域，SPP1和PTGER4也有明顯的共同富集現象，表明了腫瘤細胞和巨噬細胞間相互作用對于病人生存周期的影響。總之，該文章解析了腫瘤多個采樣區域的異質性，并揭示了腫瘤細胞和免疫細胞相互作用對腫瘤異質性以及病人總體生存期的影響，為肝癌治療提供了新的思路。
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04
單細胞+空間轉錄組測序：揭示不同的腫瘤類型中癌細胞的出現機制及其與腫瘤微環境間的相互作用
本研究對15種癌癥類型進行了泛癌癥單細胞RNA測序分析，并確定了一個基因模塊目錄，其表達定義了反復出現的癌癥細胞狀態，包括"壓力"、"干擾素響應"、"上皮-間質轉化"、"金屬響應"、"基質"和"纖毛"。空間轉錄組分析將癌細胞的干擾素響應與腫瘤微環境中的T細胞和巨噬細胞聯系起來。利用小鼠模型，研究者進一步發現，干擾素響應模塊的誘導因腫瘤位置而異，并且在消除淋巴細胞后會減弱。這項工作提供了一個框架，可用于研究癌細胞狀態如何與腫瘤微環境相互作用，形成有組織的系統，進而能夠進行免疫規避、耐藥和轉移。
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05
衰老人群腦脊液免疫失調--阿爾茨海默癥認知障礙的罪魁禍首
神經炎癥是與年齡相關的神經退行性疾病的病理標志，而腦脊液（CSF）是大腦免疫與外周循環系統互相作用的場所。最近的研究表明，腦脊液向顱骨骨髓的免疫細胞提供分子線索，以改變小鼠腦脊液中的髓系細胞群，然而在人類衰老調控腦脊液免疫系統的分子機制，以及腦脊液免疫如何隨著年齡增長或神經變性疾病而改變仍然不清楚。
在該研究中通過單細胞RNA測序分析了45位健康個體老年人腦脊液樣本，發現隨著年齡增長，免疫細胞變得更加活躍導致炎癥，而且單核細胞的脂類轉運基因明顯上調。接下來對14位認知障礙老年人的腦脊液樣本進行單細胞RNA測序，發現與健康人相比，認知障礙患者單核細胞脂質轉運基因的下調與CD8 T細胞的細胞因子信號轉導改變同時發生。克隆擴增的CD8+效應性記憶T細胞中CXCR6上調，而腦脊液中CXCR6的配體CXCL16上調，在阿爾茨海默氏癥病人的淀粉樣斑塊中也定位到了CXCR6+T細胞和CXCL16+髓系細胞，表明CXCL16-CXCR6信號通路是抗原特異性T細胞進入大腦的關鍵。結合GWAS結果，在單細胞結果中也確定了一組在T細胞中變化明顯的阿爾茨海默癥高危基因，因此得出如下結論：認知障礙患者退化的大腦通過激活了抗原特異性T細胞，使它們自我克隆并進入大腦，但這些細胞原本并不屬于腦組織，因此很可能對大腦造成損傷。如果事實的確如此，那么就能找到一種治療認知障礙的策略——阻斷CXCL16信號或抑制CXCR6受體。
本文確定了認知障礙與疾病相關神經炎癥質檢的相關性。
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