Ubuntu 下生物分析軟件的安裝

本ubuntu發行版本為16.04。以群體結構分析軟件admixture安裝為例。

  • 下載軟件,一般下載的軟件為tarball壓縮格式 wget somehttps
  • 軟件下載完進行解壓,可選擇解壓到指定目錄

sudo tar -jxv -f admixture.tar.bz2 -C /usr/local/src #如果是gzip壓縮格式則用-zxv來進行解壓即可
此時解壓后目錄/usr/local/src/admixture下綠色的admixture文件即為可執行程序,有的復雜的需用make編譯。要執行程序的話只需在相應目錄下./admixture即可執行文件,但是這樣比較麻煩,每次執行都需要切換到此目錄。

  • 為了方便以后的使用可創建軟鏈接(也即Windows下的快捷方式),然后添加到bash配置文件~/.bashrc中,如此便可以在該bash中跟使用shell命令一樣直接調用該程序。
ln -s /usr/local/src/admixture/admixture /home/user/biosoft/admixture  
# /usr/local/src/admixture/admixture中前一個admixture為目錄,后一個為可執行文件 
echo alias admixture=/home/user/biosoft/admixture >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

  • 也可建立軟連接至/usr/local/bin下,這樣以后也可以直接使用,更方便的是這樣安裝一次以后多個用戶都可以使用的。

$ ln -s /usr/local/src/admixture/admixture /usr/local/bin/admixture

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