目的：完成基因與化合物的對接

步驟：

1. 安裝pymol，autodock tool，chemdraw 3d，vina腳本

2. 首先NCBI下載化合物2D結(jié)構(gòu)，用chemdraw 3d轉(zhuǎn)化為3D結(jié)構(gòu)，保存為.mol2格式

3. RCSB PDB 網(wǎng)站下載合適的基因蛋白三維圖，注意對應(yīng)配體以及基因符號名是否是需要的

4. 用pymol軟件進行蛋白配體的拆分，分別保存文件

5. 用autodock tool軟件將化合物、配體、蛋白分別保存為.pdbqt格式，并且找出配體中心坐標(biāo)

5. 填寫conf文本，將標(biāo)準(zhǔn)蛋白受體、中心坐標(biāo)、長寬高填入進去；編輯對接腳本文件，注意vina安裝路徑不要有中文，如果批量運行，直接*就可以

6. 腳本運行后得到文件，有幾個mode的親和力，和log文件；再用pymol將化合物和蛋白對接，查看氫鍵，輸出圖片.png格式

注意：

1. 如果沒有對應(yīng)蛋白的PDB ID，可用swiss model建模，再輸入進網(wǎng)址查看活性口袋，下載參數(shù)，輸入ADT獲得中心坐標(biāo)，再進行后續(xù)對接

2. 也可從STRING導(dǎo)入SWISS MODEL得到蛋白3D結(jié)構(gòu)