大多數(shù)科研文章都離不開(kāi)圖表，尤其是圖，熟悉一些繪圖軟件，并將圖在文章和PPT中展示出來(lái)，是科研訓(xùn)練的重要內(nèi)容。漂亮的文章配圖能給自己的工作加不少分，生信寶典推出R的系列教程ggplot2高效實(shí)用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)講解通過(guò)R語(yǔ)言繪制高顏值圖。后來(lái)為了更加方便使用，生信寶典團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了在線繪圖工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常見(jiàn)圖形和部分?jǐn)U增子分析，深受歡迎，日均訪問(wèn)400次，累計(jì)訪問(wèn)數(shù)十萬(wàn)次，遍及世界各大洲，功能也在一直增加完善中。
后臺(tái)不少朋友說(shuō)有更多繪圖的需求，故整理了Graphpad的使用，一是傳播知識(shí)，二是向優(yōu)秀軟件學(xué)習(xí)，讓在線繪圖越來(lái)越好。 Graphpad ， Origin和SigmaPlot是科研領(lǐng)常用的三款統(tǒng)計(jì)作圖軟件，他們各有優(yōu)缺點(diǎn)，經(jīng)常需要配合使用。
今天給大家介紹的是Graphpad的基本使用方法
了解Graphpad的圖表類型
下面是Graphpad的歡迎界面
從方框1處可知Graphpad Prism 6為用戶提供了6種基本統(tǒng)計(jì)圖表選擇；方框2處是對(duì)所選類型圖表的解釋說(shuō)明，點(diǎn)擊Learn more查看官方幫助文檔；方框3處可以選擇某一類型圖表下的小分類；方框4處則提供了演示數(shù)據(jù)集，方便新手入門(mén)。
6種統(tǒng)計(jì)圖表類型的說(shuō)明和使用的統(tǒng)計(jì)方法介紹如下：
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XY：
介紹： 即用XY坐標(biāo)系確定一個(gè)點(diǎn)的位置。當(dāng)數(shù)據(jù)有多個(gè)重復(fù)時(shí)，可以計(jì)算平均值和標(biāo)準(zhǔn)差等，繪圖時(shí)可以插上誤差線。
統(tǒng)計(jì)方法： 線性回歸、非線性回歸、相關(guān)分析。
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column：柱狀圖
介紹： 分組指標(biāo)只有一個(gè)，比如治療組與對(duì)照組。
統(tǒng)計(jì)方法： 單樣本t檢驗(yàn)、配對(duì)t檢驗(yàn)、成組t檢驗(yàn)、單樣本秩和檢驗(yàn)、兩組獨(dú)立樣本秩和檢驗(yàn)、多組獨(dú)立樣本秩和檢驗(yàn)、單因素方差分析。
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grouped：二維分組柱狀圖
介紹： 分組指標(biāo)有多個(gè)，比如統(tǒng)計(jì)治療組與對(duì)照組在男性和女性患者的不同情況。
統(tǒng)計(jì)方法： 兩因素方差分析、重復(fù)測(cè)量的兩樣本方差分析。
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contingency：列聯(lián)表
介紹： 看起來(lái)和grouped組合圖很像，區(qū)別在于沒(méi)有誤差線，那是因?yàn)闆](méi)有重復(fù)測(cè)量值，一個(gè)柱子就是一個(gè)值。
統(tǒng)計(jì)方法： 卡方檢驗(yàn)、Fisher精確檢驗(yàn)。
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survival：生存曲線圖
統(tǒng)計(jì)方法： 單因素生存曲線比較。
parts of whole：部分占總體的比例，常用餅圖表示。
分組柱狀圖作圖演示
在此選擇grouped下提供的第二個(gè)現(xiàn)成數(shù)據(jù)集進(jìn)行作圖演示。選好后直接點(diǎn)擊creat即可。
操作主界面
上一步之后我們便進(jìn)入了graphpad操作的主界面，
方框1處展示的是我們的數(shù)據(jù)，每個(gè)大組表示三種不同的細(xì)胞系（wild-type cells、GPP5 cell line和GPP7 cell line）；每行表示不同的處理（血清饑餓和正常培養(yǎng)）；每組5個(gè)平行重復(fù)。
該實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)存在缺失值，如第一行的A:Y4。
方框2處是一個(gè)目錄樹(shù)
Data Tables：點(diǎn)擊后展示分析的數(shù)據(jù)集；
Info：點(diǎn)擊此處顯示數(shù)據(jù)的基本信息，并可以新增一些備注描述；
Results：生物統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果展示（接下來(lái)會(huì)講到）；
Graphs：當(dāng)錄入數(shù)據(jù)之后，點(diǎn)擊該圖標(biāo)可初步生成一個(gè)統(tǒng)計(jì)圖，之后根據(jù)統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果稍加修改即可；
Layouts：對(duì)多個(gè)圖表進(jìn)行排版。
選擇作圖類型
導(dǎo)入數(shù)據(jù)后，點(diǎn)擊Graphs即可出圖，如下：
在這個(gè)界面中，可以根據(jù)自己的需求改變圖的類型。初學(xué)者要敢于亂點(diǎn)，自己試試不同的選項(xiàng)，就能知道每部分是什么功能了。（嘗試出真知）
Graph family：改變圖表類型，就是最開(kāi)始提到的6種；
plot individual values和plot summary data：顧名思義，前者把每組實(shí)驗(yàn)5個(gè)平行的值都展示到了圖中，后者展示的是平均值。選擇合適的分組作圖方式；
Interleaved bars：誤差棒，點(diǎn)擊Plot下拉框，按照不同的統(tǒng)計(jì)分析給圖加上誤差棒，一般選擇
Mean with SD。
統(tǒng)計(jì)分析
上面初步作出的統(tǒng)計(jì)圖并沒(méi)有展示諸如組間差異的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果，那我們要怎么添加*以展示組間差異呢？
在歡迎界面有enter and plot error values already calculated elsewhere選項(xiàng)，說(shuō)明可以從外部導(dǎo)入在別處做好的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果，那是要去其他地方做好計(jì)算再來(lái)作圖嗎？
不需要！因?yàn)镚raphpad上便可直接做統(tǒng)計(jì)分析！！！雖然可以在別的地方先做好分析，但是并不建議這樣做，直接一個(gè)操作更便捷。
首先確定我們的分析目標(biāo)：
1）評(píng)估細(xì)胞系之間的差異是否超過(guò)預(yù)期；
2）評(píng)估處理之間的差異是否超過(guò)預(yù)期的偶然性；
3）評(píng)估處理之間的差異是否與每種細(xì)胞系一致；
4）計(jì)算不同處理的細(xì)胞系之間差異的95％置信區(qū)間。
因此我們需要進(jìn)行兩因素的方差分析，點(diǎn)擊Analyze，從Grouped分析列表中選擇Two-way ANOVA，并接受對(duì)話框中的所有默認(rèn)選項(xiàng)。Graphpad人性化之處在于，會(huì)自動(dòng)識(shí)別當(dāng)前分析的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，給用戶展示出最優(yōu)的默認(rèn)分析選項(xiàng)。
之后的具體分析便需要一定的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)了，初生牛犢別怕試，你會(huì)發(fā)現(xiàn)點(diǎn)擊不同的選項(xiàng)時(shí)，圖示也會(huì)跟著變化，十分方便用戶理解。
1）第一部分：實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，最開(kāi)始提到了該組數(shù)據(jù)是非配對(duì)的，選第一；
2）第二部分：多重比較選擇，就是你想要橫著比還是豎著比或是斜著比；
3）第三部分：選擇做統(tǒng)計(jì)分析的一些參數(shù)。
上面都設(shè)置好后，點(diǎn)擊OK，分析結(jié)果會(huì)展示到操作主界面，并且保存到左側(cè)目錄樹(shù)下的Results文件夾中。
完善改進(jìn)統(tǒng)計(jì)圖
1. 圖形編輯工具欄介紹
1）第一部分：文檔操作模塊，跟office類似，如打開(kāi)、新建、保存、復(fù)制粘貼等；
2）第二部分：數(shù)據(jù)分析，即之前演示的對(duì)錄入數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析；
3）第三部分：圖形編輯，這部分是該軟件的精華所在。可對(duì)圖形進(jìn)行例如圖形類型、坐標(biāo)軸、誤差棒、圖形大小、顏色等編輯更改；
4）第四部分：文字編輯，可以在統(tǒng)計(jì)圖上插圖線條、添加文字等；
5）第五部分：圖形輸出，可將做好的圖導(dǎo)出、打印或輸出到word/PPT中。
2. 根據(jù)之前的統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果，利用文字編輯工具給統(tǒng)計(jì)圖添上組間差異的標(biāo)志
1）draw：可以插入不同形狀的線；
2）write：編輯文字，插入公式等；
3）雙擊圖形中的任一元素，可對(duì)文字、線條等進(jìn)行形狀、大小、粗細(xì)等編輯
3. 坐標(biāo)軸調(diào)整
點(diǎn)擊Change中的第二個(gè)圖標(biāo)，或者在圖中雙擊坐標(biāo)軸，調(diào)出坐標(biāo)調(diào)整工具；
坐標(biāo)軸整體設(shè)置和X軸設(shè)置，見(jiàn)圖解，一般不做太多改動(dòng)；
[圖片上傳失敗...(image-3823b4-1544149793649)]
重點(diǎn)講解如何設(shè)置Y軸，做出截?cái)鄨D，這是統(tǒng)計(jì)作圖中常見(jiàn)的問(wèn)題。
之前的數(shù)據(jù)相差不大，不太適合做演示，故另外生成了一個(gè)柱狀圖。左邊柱子值太大，右邊柱子值太小，右側(cè)的柱子幾乎消失了，使圖看起來(lái)很不協(xié)調(diào)。做一個(gè)截?cái)鄨D可以很好地解決該問(wèn)題。
1）點(diǎn)擊坐標(biāo)設(shè)置中的Left Y axis（一般作圖默認(rèn)只生成左邊的Y軸）；
2）Gaps and Direction處選擇Two segments，即將Y軸斷裂成兩部分（根據(jù)實(shí)際數(shù)據(jù)，還可以選擇將Y軸斷裂成3段）；
3）在Segment處，對(duì)下段（Bottom）和上段（Top）的Y軸分別設(shè)置參數(shù)（Rang）；
4）然后在Regularly spaced ticks下的Major ticks interval處設(shè)置Y軸數(shù)值標(biāo)簽；
length：50%，上下段的長(zhǎng)度各一半；
minimum：下段最小值0，上段最小值150；
maximum：下段最大值10，上段最大值200；
Major ticks：下段每格大小為2，上段每格大小為10。
這樣便將Y軸10-150中間部分截掉了，整個(gè)圖便顯得好看多了。
4. 顏色修改
點(diǎn)擊Change中的最后一個(gè)圖標(biāo)，或者在圖中雙擊柱子，調(diào)出調(diào)整參數(shù)的工具框；
利用graphpad做統(tǒng)計(jì)圖的基本操作大概就是以上這些內(nèi)容，掌握一個(gè)工具的使用方法并不難，多試試便會(huì)了。難的是背后的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)，如何對(duì)自己的數(shù)據(jù)選擇合適的統(tǒng)計(jì)分析方法？當(dāng)掌握不同分析方法適用于哪些數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)后，便可以舉一反三，對(duì)不同實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的數(shù)據(jù)做合適的分析了。
