《萬歷十五年》的大歷史觀不但道出了張居正，海瑞，申時行，戚繼光這樣有影響力的歷史人物，也道出了明朝中晚期重農抑商的保守經濟政策，文官武官不平等，重文輕武的政治傾向，更揭示了當時以“四書”中的倫理道德作為一切決策的主宰而替代法律的社會準則。
明朝的中央集權制度讓把隱隱興起的商業發展和資本主義經濟的萌芽屢屢扼殺在搖籃里:不準有特行卓識，不準有不合大群的優先發展，不準有擺脫中央控制的跡象。在中央集權下，按照“四書”教條的原則處理一切事物，既沒有重點，也沒有彈性，更談不上具有隨著形勢發展而作調整的能力。加之各種技術的匱乏，政府對民間的經濟發展或衰退不能及時的感應，讓上層決策和下層實際現象脫節，同時阻攔了沿海國際貿易的發展，這是國家經濟上的倒退。
政治上，明朝的文官到萬歷年間，從初創的七千人增至兩萬人，文極的程度史無前例，彈劾的熱度空前高漲。文官之間形成了無數的集團，集團中地位職位高的人為了不斷發展壯大自己的隊伍，不斷增加在廷臣中的影響力，以強大自己左右朝局和政策的能力，在風云變幻的官場上致對敵于死地，推自己人上位，這種手法早已是常態。比如張居正這位改革大將，生前是權傾朝野的獨裁首輔大學士，死后的一切榮譽財產被對立面彈劾殆盡，生前身后境況的反差令人嗟嘆！
明朝的文官為何有如此大的權力？因為明朝是不崇尚武功，同級別的文官和武官，文官的地位則在武官之上，并且武官需要服從文官的命令。文官系統的成熟讓難以出紫禁城的萬歷皇帝如被架空了一般，就算萬歷懶政，不臨朝無為而治，內閣也有自己順利運作的程序，讓國家保持著平衡。
皇帝的權威成了帶有宗教意義的決策工具，只有不和廣大文官的習慣和意志相違背，政策才能執行的下去，這的確防止了皇帝一人的獨斷專行，但，文官的權勢大過天時，皇帝成了一個擺設，建筑之下的黎民百姓會淪為文官集團之間爭斗的犧牲品。
《萬歷十五年》沒有一章專門寫張居正這位影響力極大的首輔，但張居正的輝煌和凄愴，雷厲風行的改革和壯志未酬身已歿的遺憾，滲透在每個章節中。
張居正在，大刀闊斧的改革在，挺張派和反張派兩個極端對立的集團在，丈量全國耕地，支持戚繼光抗倭又守住邊境嚇跑了蒙古來犯，嚴格了全國文官的考察制度，整頓吏治，打擊了徇私舞弊上下賄賂的風氣，艱難推行“一條鞭法”的田賦制度；張居正死，改革措施全部被駁回，一夜回到解放前，反張派占據朝政殘忍打壓所有挺張派的官員，只剩下圍著北京林立的護城堡壘拆不掉而成為他永久性的貢獻。
反張派在張居正死后，如同被壓制極久終于揚眉吐氣了一般，開始將張居正若有若無的罪行無限放大并上升到了誅九族的欺君和預謀造反上，把張居正的行為做事風氣貼到了道德層面上，將他徹徹底底定為一個惡人。又反復揣摩引導皇帝的心理，最終輔助萬歷形成“中興”的老師首輔，變成了人人攻擊的千古罪人。
以至于明明有罪而被張居正打壓貶官的文官，也被反張派挖掘出來，并重新給予高位，不論當初罪行多大，只要被張居正貶的，都重新啟用。文官們用張口閉口的道德幌子來施行著沒有道理可言的事，用孔子儒家朱熹的真理替代法律，躍然于金絲帛面的彈劾奏折上，朗朗于詭辯的口才上，控制著皇帝的決策，不準有違背平衡保守的事情發生，就連皇帝出去看自己的陵寢都被嚴格限制了。
話說回來，為何張居正形成了朝野的兩個極端呢？張居正的為政形象類似于《人民的名義》中的達康書記，都是大刀闊斧的改革。張居正有自己鮮明的政治傾向和喜好，他不崇尚保守死板，他的遠見卓識已經延伸到了帝國經濟政治的未來，他看到了弊端，急求雷厲風行的行動，同時他贊賞和他一樣有才能的人，比如戚繼光。
明朝的軍人長期處在文官的壓制之下，他們的部署同時接受知府，知縣等地方官的指揮，而且不讓他們經手供給供養，即使卓越的高級將領也無法展布其統籌全局的能力。但有張居正在文官集團中間力保他，給他不受地方文官制約的權力官職，才有戚繼光心無旁騖的練兵抗戰倭寇。然而保守和改革總是水火不相容，張居正也在一直以各種明暗的手段排斥反對他的人，以權傾朝野的首輔和皇帝老師的身份，將反對者或降級或罷黜。
張居正的鮮明和排除異己的徹底手段，已經到了令人忌憚而引發怨恨的地步，有人說他倡導皇帝百官簡潔，而自己卻家纏萬貫，言行不一；他勢權自負，默認別人稱道他為商代賢相伊尹；他左右朝局，暗箱操作將自己的意志融進皇帝的決策中……種種罪行真實與否不用細細考究，總之這些，已經令久在張居正影響下的，并內心苦悶的皇帝赫然震怒。他的成績只能記在歷史的傳記里，記在帶著負面評論色彩的《張公居正傳》里，身后了無痕跡。是非對錯又怎能簡單道來，不過張居正的一切是有著明朝時代背景為前提的，有他的辛苦和無奈，他接收這樣的現實:以盡其在我的精神把事情辦好，同時也在可能的情況下，使自己得到適當的享受。
與張居正行事作風完全兩端的首輔是申時行，他是張身后的第三任。申時行以張居正為教訓，他知道，道德不過是借口，廷臣的安全感是問題的癥結，張居正的存在正是讓文官集團沒有了安全感而產生忌憚和怨恨。他同時也明白皇帝和文官集團的隔閡關系，他洞察人事，于張居正反其道而行之，以他忠厚老實的一面維護著皇帝和內閣的關系，“從中調劑，就事匡維”，顧全大局讓政策能順利通過，而這夾縫間的生存令申時行倍感疲憊，最后被迫提前退休，和張居正相比，首輔大學士這樣的高位，他算是少有的善終。
在張居正所不喜的文官中，有海瑞。在張居正的眼里海瑞的清廉苛細到了令人頭痛的地步，海瑞的行事銖錙必較，愛民清政是個典范又是極端，有人崇拜他，卻沒有人追隨他。
明朝的官員俸祿微薄，大多數人覺得在似合法又似非法之間取得一部分額外收入，補助官俸的不足，以保持他們士大夫階級的生活水準，于清操無損，這已成為了明代官員的常態，收賦稅時順帶收取自己的“常例”。貪的還有更多的額外收入，皇帝都睜一只眼閉一只眼，因為官俸太少大家都如此。而清官海瑞所任之處無不引起富紳地主的忌憚和官員接踵而來的參劾，引起了當地的混亂。好心的海瑞想要用一時的政治力量去解決這些財政和經濟政策而導致的實際問題，無疑是舍本逐末，其結果必然事與愿違，海瑞沒有看清問題的本質。在文官的職位任用上，他來到哪里，哪里就會提前引起軒然大波，清廉的海瑞竟成了內閣任用上的燙手山芋。
從洪武皇帝初創開始，到明朝兩百年后的萬歷皇帝，遏制了法律的成長，而用抽象的道德取代了法律，從官僚到農民，其判斷是非的標準是“善”和“惡”，而不是“合法”或“非法”。在道德的旗幟下，拘謹和雷同被視為高尚的教養，虛偽和欺詐成為官僚生活中不可分離的組成部分。張居正在政治上找不到出口，上下求索的張居正和海瑞，雖政治殊途卻同歸，不被這個忌憚改革發展的時代所容。想要安安穩穩善始善終，就要同流合污于，合法與非法間游離的廣大官僚中來。
《萬歷十五年》是黃仁宇大歷史觀的代表作，每個人物和事件都不是脫離時代背景而存在的，單單對于人物的皮相之談實在淺薄，就如張居正的鮮明，海瑞的掙扎，都離不開人的“陰”，“陽”兩面，作者深刻的指出了無奈的時代背景根源，有為之人在明朝落后的經濟和道德法律中踟躕難行。
