一句話評價
蛋白質體外液液相分離數據庫—— LLPSDB

文章信息
題目：LLPSDB: a database of proteins undergoing liquid–liquid phase separation in vitro
雜志：Nucleic Acids Research
時間：August 28, 2019
鏈接: DOI: 10.1093/nar/gkz778

figure

之前分享過一篇文章 火起來的相分離是什么,

相分離/相變（Phase separation）描述的是一種細胞里不同成分間相互碰撞、融合形成液滴，從而使一些成分被包裹在液滴內，一些成分被阻隔在液滴外的現象，類似于水油相混，或者可以想象成下雨天傘上的雨滴逐漸滴落的過程。這種現象在液體之間是常見的，但是，2009年，Brangwynne和Hyman關于線蟲P顆粒的研究，發現P顆粒（一種蛋白質）并非像我們通常認為的是一種固體，而是像液滴一樣，相互碰撞融合，劇烈搖晃后會分散成很小的液滴，而后又很快地融合形成大液滴。之后科學家發現細胞內的許多無膜細胞器——核仁、Cajal bodies、stress granules、miRISC，及突觸的細胞骨架——都是特定的蛋白質/RNA的相變。

相分離/相變（Phase separation，Phase Transition）是目前比較火的一個研究領域，已有的研究表明相分離在細胞中普遍存在，與基因組的組裝、轉錄調控可能密切相關，相分離的失調可能是一些疾病（如神經/肌肉退行性疾病）發生的病因，相關領域的科學家也開始通過相分離這個視角重新審視相關疾病，通過干擾異常“相分離”來達到治療相關疾病的目的。

剛剛明白過相分離是什么，這里已經有人整理出了液液相分離體外蛋白質數據庫（(LLPS,Liquid-liquid phase separation)—— LLPSDB

該數據庫提供全面、精心收集的與LLPS有關的蛋白質，以及相應的體外實驗條件。LLPSDB 目前開放的版本包含1182個條目，273個獨立蛋白和2394個特定條件。數據庫提供多種數據，包括生物分子信息（蛋白質序列、蛋白質修飾、核酸等）、特定相分離信息（實驗條件、相行為描述等）和綜合注釋。LLPSDB 是第一個專門為LLPS相關蛋白設計的數據庫。它為探索蛋白質序列與相變行為之間的關系提供了大量有價值的資源，并將促進相分離預處理方法的發展，為進一步全面了解LLPS在細胞功能中的作用以及相關疾病提供更多的視角。

LLPSDB網址:

• http://bio-comp.ucas.ac.cn/llpsdb

• http://bio-comp.org.cn/llpsdb