R語言學習 - 入門環境Rstudio
http://blog.genesino.com/2017/06/R-Rstudio/
原創?陳同?生信寶典?2017-06-27
R語言是比較常用的統計分析和繪圖語言，擁有強大的統計庫、繪圖庫和生信分析的Bioconductor庫，是學習生物信息分析的必備語言之一。
Rstudio是編輯、運行R語言的最為理想的工具之一，支持純R腳本、Rmarkdown (腳本文檔混排)、Bookdown (腳本文檔混排成書)、Shiny (交互式網絡應用)等。
Rstudio版本
Rsdutio分為桌面版和服務器版，桌面版可以在單機使用，服務器版可以從瀏覽器訪問供多人使用。
服務器版安裝好之后，訪問地址為<服務器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio安裝
R安裝
Linux下安裝
Rstudio安裝前需要安裝R，如果使用的是新版的操作系統。直接可以用sudo apt-get installl r-base?或者yum install r-base來安裝。
若系統版本老，或沒有根用戶權限，則需要下載編譯源碼安裝，最新地址為https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.0.tar.gz。
具體編譯方式為 (Linux下軟件安裝見 http://blog.genesino.com/2016/06/bash1):
# --enable-R-shlib 需要設置，使得其他程序包括Rstudio可以使用R的動態庫
# --prefix指定軟件安裝目錄，需使用絕對路徑
./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib
# 也可以使用這個命令，共享系統的blas庫，提高運輸速度
#./configure --prefix=/home/ehbio/R/3.4.0 --enable-R-shlib --with-blas --with-lapack
make
make install
Windows下安裝
下載https://cran.r-project.org/bin/windows/雙擊就可以了。
Rstudio安裝
Linux下安裝服務器版
安裝參考 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
sudoyum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-1.0.136-x86_64.rpm
安裝完之后的檢測、啟動和配置
sudorstudio-server verify-installation#查看是否安裝正確
sudorstudio-server start## 啟動
sudorstudio-server status## 查看狀態
sudorstudio-server stop## 停止
ifconfig | grep'inet addr'## 查看服務端ip地址
sudorstudio-server start## 修改配置文件后重啟
sudorstudio-server active-sessions## 列出活躍的sessions:
sudorstudio-server suspend-session ## 暫停session
sudorstudio-server suspend-all##暫停所有session
Rstudio日志目錄，方便查看錯誤信息：/var/log/rstudio-server/
配置文件：
Timeout
[user]
session-timeout-minutes=30
[@powerusers]
session-timeout-minutes=0
/etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8787(default)
www-address=0.0.0.0(default)
rsession-ld-library-path=/opt/local/lib:/opt/local/someapp/lib
rsession-which-r=/usr/local/bin/R
/etc/rstudio/rsession.conf
Windows下安裝桌面版
下載之后 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/)雙擊安裝，需要使用管理員權限，其它無需要注意的。
Rstudio 使用
Windows下桌面版直接雙擊打開即可使用，Linux服務器版訪問地址為<服務器IP:8787>，用戶名和密碼為Linux用戶的用戶名和密碼。
Rstudio 界面
Rstudio中新建或打開文件
如果是桌面版，直接就可以訪問”我的電腦”去打開之前寫過的腳本。如果是服務器版，可直接訪問服務器上寫過的腳本。Rstudio右下1/4部分可以切換目錄，點擊more，設置工作目錄?？梢陨蟼鞅镜氐哪_本到對應目錄打開。
Rstudio還有其它的功能，不過這些對我們初學使用已經足夠了。后續會根據需要推出基于ggplot2作圖的R入門介紹。
Reference
我的GitHub http://blog.genesino.com//2017/06/R-Rstudio
https://support.rstudio.com/hc/en-us
我的CSDN http://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/73785102
