之前無論是做blastn或者是blastp都是僅僅在blast結果中顯示了種屬信息，沒有添加詳細的信息，添加種屬信息很簡單，只要結果里生成XML格式，之后轉化成xls格式就OK：
blastn -query 16S_seq/996-SLM.new.fa -db $dbNT -out 996-SLM.new.fa.nt.xml -outfmt 5 -evalue 1e-05 -max_target_seqs 1 -num_threads 28 #以blastn 為例
但是如果想要添加詳細的物種信息，例如界門綱目科屬種，就需要利用到NCBI taxonomy數據庫。
還是以blastn，比對NT庫為例。
首先，我們需要找到accession號對應的ncbi里面的taxonomy id號，也就是taxid。
打開NCBI taxonomy地址，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/，在accession2taxid下找到nucl_gb.accession2taxid.gz，這個文件記錄了所有核酸序列（非WGS或TSA）asscession對應的taxid。這里要說明一下，在18年甚至更久以前，NCBI是通過gi號與taxid對應起來，而如今，gi號已經慢慢淡出視野。
有了blastn結果，注意輸出-outfmt選擇6，我們可以使用grep命令抓取對應的taxid號：
grep '\bNR_043136.1\b' nucl_gb.accession2taxid | awk '{print $3}' #這里為了保證結果唯一，可添加個head -1輸出一條結果
有了taxid號后，借助一個很好用的TaxonKit工具，來獲取詳細信息。該工具之前記錄過，可在“如何從NT/NR數據庫中提取子庫”中找到。
與上文抓取到的taxid號，整合taxonkit命令生成詳細的物種信息：
grep '\bNR_043136.1\b' nucl_gb.accession2taxid | awk '{print $3}' | taxonkit lineage | taxonkit reformat -F | cut -f 3
最終得到：
Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria;Sphingomonadales;Erythrobacteraceae;Qipengyuania;Qipengyuania vulgaris
該結果可以自行寫個perl或者python添加到blastn結果中。
taxonkit工具是用GO語言寫的，很好用，還會自動獲取更新，作者真大神。
