01
多組學揭示高級別漿液性卵巢癌中浸潤T細胞的空間異質性
高級別漿液性卵巢癌是惡性程度最高、預后最差的婦科腫瘤，并且在腫瘤治療中耐藥也是常常發生。腫瘤浸潤淋巴細胞（TIL）是HGSOC的良好預后因素，另外不同病灶間的腫瘤異質性與卵巢癌的生存率低顯著相關，因此本文整合了RNA-seq，WGS，TCR以及單細胞轉錄組和TCR測序來研究HGSOC不同位點的TIL特征和組成差異。
文章首先對9名未經治療的高級別漿液性卵巢癌患者的48個樣本進行WGS和RNA-seq，發現不同病人的相同部位病灶相互聚集，ssGSEA推斷顯示免疫細胞在網膜病灶（轉移灶）中富集，而在大多數卵巢病灶（原發灶）中比例較低，IHC及流式分析也證實了該結果，接著對6名患者的29個樣本的T細胞進行單細胞測序，分析獲得22個T細胞亞群，細胞亞群比例差異分析，發現Treg和CD8耗竭T細胞在卵巢病灶（原發灶）中顯著富集，而幼稚和記憶T細胞在網膜病灶（轉移灶）中顯著富集，并且在卵巢病灶中腫瘤特異性和終末耗竭評分更高。不同病灶的差異分析也提示卵巢病灶的腫瘤細胞抗原提呈能力較網膜中高，可能是由于這個原因導致二者浸潤T細胞的功能和浸潤程度存在差異。
總之在該研究中確定了卵巢癌中存在兩種不同的免疫“冷”模式：1）卵巢病灶的數量“冷”：浸潤T細胞多為腫瘤特異性T細胞，但處于耗竭狀態，且數量較少；2）網膜病灶的功能“冷”：浸潤的T細胞雖然數量多，但多處于幼稚和記憶狀態，且多為非腫瘤特異性的旁觀者T細胞。
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02
單細胞測序揭示以ZEB1轉錄因子為主要調節因子的衰老細胞群促進軟骨和半月板的骨關節炎
骨關節炎(OA)影響膝關節的所有組織，但治療靶點通常是根據其在軟骨損傷和炎癥中的作用選擇的，而在很大程度上忽略了介導半月板損傷的機制，也沒有足夠的研究來確定組織之間是否共享致病過程。而參與這種共享過程的機制和分子在概念上代表了更有希望的治療靶點。
在此研究中，研究者對人類健康膝關節(n=6，n=7)和OA膝關節(n=6，n=6)的關節軟骨和半月板組織進行了單細胞測序(scRNA-seq)。隨后使用免疫組化和RNA-seq驗證感興趣基因的表達，通過基因過表達和缺失分析其功能。scRNA-seq中對人類膝關節軟骨(70972個細胞)和半月板(78017個細胞)的分析確定了兩個組織之間共享的致病亞群。該細胞群在OA中擴增，并具有強烈的OA和衰老基因特征。此外，該亞群在細胞外基質(ECM)和腱蛋白信號傳遞中起著關鍵作用，是所有其他軟骨和半月板集群信號的主要發送者，也是TGFβ信號的接收者。成纖維細胞激活蛋白(FAP)也是這一簇中的失調基因，并促進ECM降解。由轉錄因子ZEB1控制的調控因子在關節軟骨和半月板的致病亞群之間共享。在半月板和軟骨細胞中，FAP和ZEB1促進OA發病機制的基因表達，包括衰老。
這些單細胞研究發現了一種存在于軟骨和半月板中的衰老致病細胞簇，FAP和ZEB1是主要的調節因子，它們是這兩種組織中OA相關通路的新的和有前途的治療靶點。
03
單細胞+空間轉錄組測序：揭示急性損傷后肝臟分區再生的時空程序
研究者使用空間轉錄組和單細胞RNA測序（scRNA-seq）來研究急性對乙酰氨基酚（APAP）中毒后小鼠肝臟再生的動態變化。
結果發現，肝細胞在整個肝小葉中增殖，產生了快速重新填充壞死的中心區所需的有絲分裂壓力。位于再生前線的肝細胞亞群在重新規劃為中心區狀態時，會暫時上調胎兒特異性基因，包括Afp和Cdh17。帶狀內皮細胞、肝星狀細胞（HSC）和巨噬細胞群體不同程度地參與了免疫招募、增殖和基質重塑。
總之本研究觀察到骨髓細胞的大量瞬時浸潤，但淋巴細胞的豐度卻很穩定，這與抗原呈現的全面下降相一致。
04
心臟發育軌跡單細胞ATAC分析揭示先心病非編碼突變
先天性心臟病（CHD）是最常見的發育性出生缺陷，每年約1%的新生兒中發現，但是只有8%的患者病因是由于蛋白質編碼基因區域的突變，早期的單細胞轉錄組揭示了心臟發育不同細胞類型的分化軌跡，但還缺乏在人類心臟發育過程中通過基因表達程序順式和反式調控元件對細胞類型進行解析。
本文研究者對受孕后6周、8周以及19周的人類胎兒樣本進行了染色質可及性分析，并結合先前發表的不同發育時間點的scRNA-seq數據進行對比，證明了所得到scATAC-seq圖譜與先前的數據非常匹配。然后通過訓練的卷積神經網絡算法，從DNA序列中預測細胞類型解析染色質可及性，從而破譯順式調控元件上不同轉錄因子組合的結合動態基序數據庫。共確定了8個心臟發生過程中主要的分化軌跡，定義了促進心臟初級細胞類型形成的轉錄因子，基于體內和體外誘導的多能干細胞衍生的主要心臟細胞類型的ATAC數據比較，優化了干細胞誘導心外膜細胞的分化的方案，使得體外分化的心外膜細胞與體內基因組更強的相似性，同樣基于預測的轉錄因子結合位點對推定的順式調控元件在不同細胞類型特異性染色質可及性的影響，在體外分化內皮細胞中進行了CRISPR的增強子敲除實驗，驗證細胞類型特異性增強子的調控影響。
總的來說，本文建立了發育中的人類心臟的細胞類型解析調控圖譜，揭示了心臟發生中的細胞分化軌跡和先天性心臟病中非編碼遺傳變異的參與。
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