舉個栗子，GSE99410和GSE78200。

library(GEOquery)
gse = "GSE78200"
eSet <- getGEO(gse,  destdir = '.',getGPL = F)

exp <- exprs(eSet[[1]])
#Error in exp[1:4, 1:4] : subscript out of bounds
exp[1:4,1:4]
boxplot(exp)
#Error in names(groups) <- nam : 'names' attribute [10] must be the same length as the vector [0]

代碼看起來沒有問題，怎么就畫不了圖？

dim(exp)
#[1]  0 10

因為它是空數據啊。

有兩種情況

第一類，不是芯片數據，用于后續分析的文件以其他形式存儲了，這是GSE99410的

這是GSE78200的：

第二類，就是作者沒有并上傳表達矩陣，而是只提供了原始數據文件，如CEL、txt、gpr等格式。
原始數據的處理，有法可依呀。
CEL格式的芯片原始數據處理方法
aglient 家txt格式的芯片原始數據處理方法
gpr格式的芯片原始數據處理方法
如果是illumina的bead芯片，可以用lumi試試，還沒有整理。

處理原始數據的技能搞定，還有一個問題可以一并解決：

表達矩陣里有負值，無法正常用limma包做下游分析了，也可以找找原始數據去處理它 ~