測序技術(shù)的發(fā)展及數(shù)據(jù)挖掘工具的開發(fā)，讓腫瘤診療研究從臨床解剖病理特征模式到分子分型模式，再到精準(zhǔn)個(gè)體化模式演變。以“紅顏殺手”乳腺癌為例，最近的研究或多或少都會(huì)涉及多組學(xué)及其數(shù)據(jù)挖掘。今天小編給大家匯總了一波乳腺癌多組學(xué)數(shù)據(jù)和超實(shí)用數(shù)據(jù)分析工具。
多組學(xué)數(shù)據(jù)
中國乳腺癌基因組圖譜
2020年11月，來自中國的研究團(tuán)隊(duì)在《Nature Communications》發(fā)布中國乳腺癌最大的基因組圖譜、突變特征和潛在的分子靶點(diǎn)的數(shù)據(jù)，對(duì)中國乳腺癌患者精確治療的臨床意義和轉(zhuǎn)化價(jià)值有重要的指導(dǎo)意義。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 中國乳腺癌的基因組格局和特征
上述研究的測序數(shù)據(jù)已保存在NODE數(shù)據(jù)庫中，數(shù)據(jù)編號(hào)：OEP001027。FUSCC-BC序列數(shù)據(jù)也存放在SRA數(shù)據(jù)庫中，數(shù)據(jù)編號(hào)：SRP282257、SRP282270和SRP282290。本次研究所有代碼和腳本都可以在如下鏈接獲取：https://github.com/ninnywolf/FUSCC-PCMC-BRCA-target-sequencing.git.
迄今最大規(guī)模乳腺癌蛋白組學(xué)分析
基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)與新一代DNA和RNA測序的整合，可以更全面地描繪腫瘤。2020年11月，《Cell》發(fā)表迄今最大規(guī)模乳腺癌蛋白組學(xué)分析，研究團(tuán)隊(duì)深入了解了乳腺癌的生物學(xué)復(fù)雜性，并在此基礎(chǔ)上，對(duì)已知的靶標(biāo)提出更精確的診斷方法，開發(fā)侵襲性腫瘤的新治療方法，并揭示乳腺癌耐藥性的新機(jī)制。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖解摘要
上述研究中的蛋白質(zhì)組學(xué)原始數(shù)據(jù)集和表征數(shù)據(jù)集可通過CPTAC(https://cptac-data-portal.georgetown.edu/study-summary/S060)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)共享網(wǎng)站（https://pdc.cancer.gov/pdc/）獲取。
乳腺腫瘤微環(huán)境中不同免疫表型的單細(xì)胞圖譜
2018年6月，來自的研究團(tuán)隊(duì)在《Cell》發(fā)表研究成果：通過對(duì)乳腺腫瘤免疫微環(huán)境的單細(xì)胞分析和計(jì)算機(jī)分析，繪出乳腺癌T淋巴細(xì)胞活化和分化情況的免疫分布圖。該研究結(jié)果表明T細(xì)胞連續(xù)活化分布模式并不符合癌癥巨噬細(xì)胞極化分布模式，該結(jié)果對(duì)于明確腫瘤浸潤免疫細(xì)胞特征具有重要意義。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 圖解摘要
此項(xiàng)研究的測序數(shù)據(jù)可以在GEO數(shù)據(jù)庫下載，數(shù)據(jù)編號(hào)：GSE114727、GSE114725和GSE114725。研究中涉及的分析流程SEQC和Biscuit可分別通過如下鏈接獲取：https://github.com/ambrosejcarr/seqc；https://github.com/sandhya212/BISCUIT_SingleCell_IMM_ICML_2016.
分析工具
BCCTBbp
BCCTBbp最初存儲(chǔ)了從文獻(xiàn)中挖掘的基因組學(xué)、甲基組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和microRNA數(shù)據(jù)，并將其與乳腺癌相關(guān)的途徑和機(jī)制連接起來，致力于最大限度地研究患者組織。目前，該門戶擁有146個(gè)數(shù)據(jù)集，包括227795個(gè)不同乳腺組織(如正常、惡性或良性病變)、細(xì)胞系和體液的表達(dá)/基因組測量數(shù)據(jù)。BCCTBbp提供了兩種挖掘方式：BCNTB:Miner和BCNTB:Analytics。
http://bioinformatics.breastcancertissuebank.org/
Breast Cancer Gene?ExpressionMiner?
Breast Cancer Gene?ExpressionMiner 是一個(gè)基于web的工具，包括一個(gè)MySQL關(guān)系數(shù)據(jù)庫。使用R統(tǒng)計(jì)軟件和軟件包進(jìn)行生存分析。通過SSPs和SCMs進(jìn)行分子分型。目前其已升級(jí)至V4.5版，用戶可在線進(jìn)行表達(dá)量分析（單因素、全因、個(gè)性化設(shè)置分析條件）、預(yù)后分析、相關(guān)性分析等。
http://bcgenex.ico.unicancer.fr??
首發(fā)公號(hào)：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺(tái)??
參考文獻(xiàn)
[1]?Lang, GT., Jiang, YZ., Shi, JX.?et al.?Characterization of the genomic landscape and actionable mutations in Chinese breast cancers by clinical sequencing.?Nat Commun?11,?5679 (2020).?
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