又是周五，一周又將過去，時間總是匆匆，半刻不會停留，很想挽留，但是卻沒有方法，很多時候不希望時間就這么悄悄溜走，只好在時間的道路留下一些標記，回頭看時，知道自己曾經來過
今天又是單細胞空間占據身心的一天，分享的文獻在Heterogeneity of Inflammation-associated Synovial Fibroblasts in Rheumatoid Arthritis and Its Drivers，單細胞空間目前還是科服，臨床的道路，還是太遠。
總結一下小知識
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白細胞介素即是由多種細胞產生并作用于多種細胞的一類細胞因子。目前至少發現了38個白細胞介素，分別命名為IL-1~IL38，功能復雜，成網絡，復雜重疊；在免疫細胞的成熟、活化、增殖和免疫調節等一系列過程中均發揮重要作用，此外它們還參與機體的多種生理及病理反應。
圖片.png - 趨化因子家族：趨化因子與具有7個跨膜結構域的G蛋白偶聯受體結合，啟動G蛋白亞單位α和βγ的解離，隨后啟動絲裂原活化蛋白激酶（MAPK）、磷脂酰肌醇3激酶（PI-3K）和磷脂酶C（PLC）活化途徑和細胞內鈣水平的增加，最終驅動細胞極化、粘附和遷移。趨化因子受體是視紫紅質家族細胞表面G蛋白偶聯受體的一大分支。下圖顯示了各趨化因子及其受體，以及表達這些受體的細胞類型。大家可以參考文章趨化因子Chemokines家族
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- 細胞間黏附分子，細胞粘附分子(CAM)是眾多介導細胞間或細胞與細胞外基質(ECM)間相互接觸和結合分子的統稱。粘附分子以受體-配體結合的形式發揮作用，使細胞與細胞間，細胞與基質間，或細胞-基質-細胞間發生粘附，參與細胞的識別，細胞的活化和信號轉導，細胞的增殖與分化，細胞的伸展與移動，是免疫應答、炎癥發生、凝血、腫瘤轉移以及創傷愈合等一系列重要生理和病理過程的分子基礎。
Abstract
非屏障免疫靜止組織的炎癥與血源性先天性和適應性免疫細胞的大量流入有關。來自后者的線索可能會改變和擴大在組成型駐留細胞中觀察到的狀態范圍。然而，人類炎癥性疾病中 immigrant 和常駐細胞類型之間的局部通信仍然知之甚少。在這里，使用配對的單細胞 RNA 和 ATAC 測序 (scRNA/ATAC-seq)、多重成像和空間轉錄組學以及細胞的體外建模來探索類風濕性關節炎 (RA) 患者發炎關節中滑膜成纖維細胞 (FLS) 的異質性外在因素信號。這些分析表明，局部暴露于骨髓和 T 細胞衍生的細胞因子、TNFα、IFNγ、IL-1β 或缺乏會導致六種不同的 FLS 狀態，其中一些與其他受疾病影響的組織（包括皮膚和結腸）中的成纖維細胞狀態非常相似。研究的結果強調了在發炎的滑膜內同時發生的、空間分布的細胞因子信號傳導的作用。
Introduction
類風濕性關節炎 (RA) 是一種以關節表現為主的全身性自身免疫性疾病，其特征在于與滑膜下層和充滿滑液的關節間隙相接的滑膜層增生，以及表現出血管化增加的滑膜下層和大量白細胞的涌入。Both the lining and sublining 成纖維細胞樣滑膜細胞 (FLS) 都經歷增殖和激活，假設它們刺激血管生成，產生促炎細胞因子和趨化因子，并侵入鄰近的關節軟骨和骨骼。活化的 FLS 對 MHC II 類分子的表達與滑膜炎癥相關，它們通過 lining FLS 的表達與活動性疾病相關。HLA-DR+ FLS expression of soluble mediators, including the proinflammatory cytokines IL-6 and IL-15, and chemokines CCL2, CXCL9, and CXCL12 along with adhesion molecules such as ICAM1 and VCAM1 suggests that these features of FLS might be imparted by their interactions with leukocytes。為了支持這種可能性，之前的體外研究表明 HLA-DR+ FLS 能夠將抗原呈遞給 CD4+ T 細胞。此外，FLS 產生上述促炎趨化因子可能作為一種前饋機制，進一步促進表達相應受體的不同免疫細胞類型的募集。事實上，最近一項使用單細胞 RNA 測序 (scRNA-seq) 分析對 RA 患者滑膜組織整體細胞組成的研究確定了造血和非造血來源的遷移和駐留細胞類型的多樣化組合，包括不同的 CD4 和 CD8 T細胞亞群、骨髓細胞和 FLS。這些觀察結果表明，FLS 的激活和分化狀態可能受到在 RA 患者發炎關節中發現的多種先天性和適應性免疫細胞類型的調節，并且這種調節因素在疾病發病機制中是顯著的。
因此，試圖對發炎的 RA 滑膜中誘導的 FLS 狀態譜以及通過配對 scRNA 和測序分析轉座酶可接近染色質 (scRNA/ATAC-seq) 觀察到的 FLS 異質性的潛在驅動因素進行深入研究以及對關鍵免疫細胞衍生的促炎細胞因子的 FLS 轉錄反應的體外建模。 然后，通過使用空間轉錄組 (ST) 分析以及多重成像來繪制 FLS 異質性和轉錄反應的空間分布。 研究表明，空間受限的 FLS 對三種主要的白細胞衍生細胞因子 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 的反應或缺乏反應，驅動了與 RA 滑膜炎癥相關的六種不同 FLS 狀態的形成。
Result
Inflammation is associated with heightened FLS heterogeneity
為了測試 RA 患者的嚴重關節炎癥導致 FLS 異質性顯著擴大的可能性，分析試圖以單細胞分辨率表征它們的轉錄組和染色質可及性。熒光激活細胞分選 (FACS) 分選的 FLS (CD45-CD31-PDPN+) 從兩名滑膜高度發炎的 RA 患者中分離出來，他們具有相似的疾病特征和組織學發現，并使用配對的 scRNA/ATAC-seq 10x Multiome 平臺（10X多組學平臺）。經過嚴格的質控，獲得了 15,736 個 FLS細胞，這些 FLS細胞基于 scRNA-seq 數據集分為 14 個clusters。在使用和不使用相互最近鄰 (MNN) 批量校正的情況下獲得了類似的結果。使用已建立的特征標記，確定了lining, sublining and pan-synovial clusters。The latter clusters express genes characteristic of both sublining and lining FLS。與高度滑膜炎癥一致，MHC II 類表達廣泛，因為在除cluster 13 之外的所有cluster中都發現了表達 HLA-DR 的細胞。對高比例的表達 HLA-DR 的lining FLS 的觀察與之前的報道不一致，即HLA-DR+ FLS 代表lining FLS 群體中的一個子集。因此，使用多色免疫熒光 (IF) 獨立評估 HLA-DR 表達，并證實 HLA-DR 在 FLS 上的泛滑膜表達。
除了捕獲之前在 RA 滑膜中發現的所有 FLS 亞群之外，我們對高度發炎組織中的 FLS 的重點分析能夠識別新亞群 sublinin（cluster 0、10、11）和 lining（clsuter 4、6、9）FLS。 跨越多個cluster的大量 lining FLS 包括那些共享 FLS 的轉錄特征特征的 FLS，這些 FLS 來源于患有活動性和緩解 RA4 的患者。 這些結果表明，高度發炎的 RA 關節具有極大范圍的 FLS 狀態，可能代表廣泛的疾病譜。
雖然每個cluster都有特定的特征，例如cluster 8中標記血管周圍 FLS8 的 NOTCH3 的表達，但每個cluster的基因集富集分析 (GSEA) 突出了cluster之間的共享功能。事實上，通過對cluster相關性的評估，可以定義六個 FLS 狀態，每個狀態都具有不同的功能。確定的resting lining FLS 狀態與來自緩解期的 RA 患者的lining FLS 共享轉錄譜。表達升高水平的 HLA-DR 的細胞因子激活lining FLS 狀態顯示出 IFNg 反應基因特征和額外的炎癥反應基因特征。泛滑膜 HLA-DRhigh FLS 的特征在于 HLA-DR 的最高表達，并且還顯示出 IFNg 反應特征以及溶酶體/內體相關基因（CD63、CTSD、NPC2、LAPTM4A、CTSK、CD68、CTSL、CTSA , HEXA, CTSF, GUSB, LAMP1) 表明它們在發炎的滑膜中作為抗原呈遞細胞的潛在作用。這些泛滑膜 HLA-DRhigh FLS 的轉錄譜與之前報道的活動性 RA4 患者 FLS 的轉錄譜非常相似。sublining FLS 富含細胞因子信號通路基因，最顯著的是 TNFa，還有 IFNg 和 IL-6。值得注意的是，sublining 和細胞因子激活的 sublining FLS 狀態都顯示了可能由 IL-15 驅動的 STAT5 信號傳導的證據。最后，觀察到sublining FLS 子集的轉錄組表現出預期的祖細胞特征，包括最高水平的 CD34 表達，以及與細胞外基質 (ECM) 穩態和上皮間質轉化 (EMT) (MFAP5, FBN1、VCAN、TGFBR3、FBLN2、PRRX1、DCN、LAMA2、SFRP4、EDIL3、FBLN1、LGALS1、LOXL1、ADAM12、LOX、CD44、IGFBP4、LRP1）。值得注意的是，對于祖細胞狀態表達差異最大的基因是 PI16，它最近被描述為兩個通用小鼠（“跨組織”）成纖維細胞群之一的標志物，可以在發育過程中和受到干擾時產生特殊的成纖維細胞群.此外，我們表征的祖 FLS 狀態的基因表達特征顯示出與 PI16+ cluster的廣泛相似性，并富集了在人類擾動狀態成纖維細胞圖譜中鑒定的“通用成纖維細胞基因特征”。由于組織祖細胞或“干細胞樣”細胞經常作為聚集體出現在通常與脈管系統相關的不同專門解剖niche中，使用 IF 探索了這些 CD34highTHY1+PDPN+ FLS 的空間分布。然而，分析發現它們作為孤立細胞廣泛分散在整個發炎的滑膜中，與血管內皮沒有明顯的關聯。這一發現表明高度發炎的 RA 滑膜 FLS 的再生能力可能以非分隔方式保存。
Comparison with non-synovial fibroblasts shows shared functionality across tissues
先前基于細胞群的研究表明，人類成纖維細胞在不同解剖位置的轉錄特征具有明顯的多樣性及其“拓撲”的可遺傳印記。然而，對祖細胞 PI16+ FLS 的保守“通用成纖維細胞”特征的觀察表明，受不同病理影響的解剖學上不同的組織成纖維細胞的疾病誘導狀態之間可能存在重疊。 因此，接下來試圖探索確定的其他 FLS 狀態是否是組織或疾病特異性的，即滑膜或 RA 相關炎癥所特有的，或者與其他疾病和組織中觀察到的成纖維細胞群共享。 對于這個比較分析，利用了最近幾個結腸和真皮成纖維細胞的 scRNA-seq 數據集，其中至少可以描繪出 5 個成纖維細胞clusters。
正如上述“通用成纖維細胞特征”的存在所預期的那樣，祖 FLS 狀態與來自結腸和皮膚的成纖維細胞具有轉錄相似性。 在結腸中，在與產生腸道干細胞生態位有關的兩個成纖維細胞群體中觀察到這種轉錄特征：產生 ECM 的成纖維細胞和肌成纖維細胞。 在皮膚中，與健康皮膚相比，在來自未受傷皮膚的負責 ECM 穩態的成纖維細胞和在硬皮病中經歷收縮的成纖維細胞群中觀察到這種轉錄特征。
出乎意料的是，觀察到結直腸癌中炎癥性癌相關成纖維細胞與 HLA-DR+ 細胞因子激活lining FLS 之間存在顯著的轉錄相似性。 后一種 FLS 狀態也類似于能夠成功治愈的糖尿病足潰瘍中成纖維細胞的轉錄狀態。
另一方面，患病皮膚或結腸中成纖維細胞的轉錄特征與我們觀察到的靜息lining和細胞因子激活的sublining FLS 狀態的相似性有限。靜息lining FLS 的特點是參與產生滑液和 ECM（XYLT1、FN1、ITGB8、PRG4）和軸突引導（SEMA5A、ANK3、NTN4、SLIT2）的基因高表達，這些特征可能反映了它們在滑膜內的特殊功能。細胞因子激活的 sublining FLS 狀態也與 RA 滑膜不同，然而，它可能是由于我們分析的 RA 滑膜樣本中的高度炎癥而出現的。因此，預計其他組織中相應的成纖維細胞狀態僅在類似的高度發炎的條件下被發現，并且可能沒有在用于交叉比較的 scRNA-seq 數據集中得到豐富。因此，炎癥引起的 FLS 群體整體組成和 FLS 狀態譜的擾動與在一系列病理中的其他組織中發現的成纖維細胞共享。
FLS states exhibit distinct transcriptional regulation with evidence of differential cytokine stimulation
為了深入了解促進 RA 中 FLS 異質性的轉錄因子和上游信號通路，分析了配對的 scATAC-seq 數據集。無監督聚類產生了七個具有 lining 和 sublining FLS 亞型的cluster以及一個獨立的祖細胞樣 FLS cluster。通過 scRNA-seq 分析識別的不同 FLS 狀態占據了 scATAC-seq UMAP 的不同區域，該區域與已識別的 scATAC-seq cluster部分重疊。為了推斷已識別的 FLS 狀態中的差異轉錄因子活性，使用 chromVAR 進行了染色質可及性變異分析。對于此分析，使用配對的 scRNA-seq 數據作為過濾器，僅評估其成員由 > 20% 的相應狀態的細胞表達的轉錄因子家族的motif。觀察到開放染色質位點內不同轉錄因子結合基序富集的顯著差異，不同狀態之間的基序可及性不同。細胞因子激活 lining 和 HLA-DRhigh 泛滑膜 FLS 狀態富含 AP-1 轉錄因子家族成員（JUN、JUNB、JUND、FOS、FOSL2）的活性，其對成纖維細胞生長因子 (FGF) 下游基因調控的貢獻增加。和免疫受體信號傳導，如 IL-1，已被認為在 RA 中 FLS 的組織破壞特性中發揮作用。有趣的是，細胞因子激活的亞襯 FLS 狀態的開放染色質位點富含 STAT 和 IRF 家族基序，這些基序涉及一組不同的炎癥通路，例如建立這種狀態的 IFN 信號傳導。與激活的炎癥相關 FLS 的兩種主要風味相反，靜息lining FLS 狀態的特點是同源轉錄因子家族成員motif的可及性，除了作為發育和組織的主要調節因子外，它還控制成纖維細胞靜止（例如 PRRX1 ）。為了支持同源轉錄因子在調節 FLS 激活中的作用，靜息lining FLS 狀態表現出同源框家族成員 CUX1 的表達增加，已顯示其與 NF-kB 結合并通過下調或上調特定 NF 來改變其活性-kB 調節的細胞因子和趨化因子。最后，PI16+ 祖細胞 FLS 的特點是富含 KLF、SOX 和 TEAD 家族基序的可接近的順式調節元件，它們在維持干細胞和早期祖細胞的靜止未分化狀態中發揮作用。在這方面，KLF4 與成纖維細胞中多能狀態的誘導有關，這與該 FLS 子集作為祖細胞的可能作用一致。這些結果表明，發炎的 RA 關節中 FLS 的不同狀態取決于免疫細胞衍生因子的局部刺激，主要是促炎細胞因子，或避免這些炎癥暴露。
Cytokine signaling drives transcriptional heterogeneity
為了測試上述可能性并闡明炎癥因子對 FLS 狀態轉錄組的影響，試圖通過建立細胞類型特異性細胞因子誘導程序來解卷積其復雜的轉錄組。為了鑒定免疫細胞衍生的細胞因子轉錄反應及其對 FLS 狀態特異性轉錄組不同特征的貢獻，采用候選促炎細胞因子和其他因子對培養的 FLS 進行體外刺激（實驗驗證）。對于這些實驗，FLS 從四個 RA 滑膜組織樣本中分離出來，并在從所有供體匯集 FLS 并一式三份進行刺激之前培養三個通道。 FLS 用與 RA 相關的三種主要細胞因子——TNFα、IFNγ 和 IL-1β，單獨或聯合刺激——并使用 RNA-seq 評估產生的基因表達變化。此外，為了直接比較每個患者的細胞因子刺激效果，從相同的 RA 滑膜組織樣本中分離出 FLS，用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 或 TNFα 和 IFNγ 刺激它們并進行 scATAC/RNA -seq。分析發現，在體外用 TNFα 和 IFNγ 刺激 FLS 會誘導包括 CCL2 和 IL6 在內的基因表達，這些基因在離體分離的細胞因子激活的亞襯 FLS 中高度表達。On the other hand, genes whose expression was markedly suppressed in response to these cytokines (e.g., VCAN, CCDC80, CD248 in Fig. 4a) were highly upregulated by the CD34highTHY1+PI16+ FLS suggesting that the progenitor FLS state is shielded from exposure to inflammatory mediators and that these cytokines may lead to the loss of this state。同樣，在靜息 lining FLS 狀態下上調的 ANK3 也響應 TNFα 和 IFNγ 的體外刺激而下調，這表明除了sublining中的祖 FLS 外，靜息lining FLS 似乎也不受炎性細胞因子的全部作用。最后，在 FLS 中誘導的基因受到 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 組合的體外刺激，包括 MMP3 和 CXCL1，在離體分離的細胞因子激活lining FLS 中差異最大。
由血管內皮表達的配體誘導的 Notch 信號傳導被認為是 RA 滑膜中血管周圍和下襯 FLS 分化的重要因素。這就提出了一個問題，即 Notch 信號是否可以潛在地調節 FLS 對亞襯內促炎細胞因子的轉錄反應。為了探索這種可能性，我們研究了在存在或不存在板結合的 Notch 配體 Delta like-4 (DLL4) 的情況下，在用 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 刺激后 FLS 中誘導的基因表達變化。該分析揭示了對所有三種細胞因子的轉錄反應的總體抑制：對于上調和下調基因，觀察到的變化全面減弱。 DLL4 類似地減弱了對細胞因子的雙重和三重組合（分別為 TNFα + IFNγ 和 TNFα + IFNγ + IL-1β）的轉錄反應。考慮到先前的研究表明 Notch 信號傳導增強巨噬細胞對 TLR 配體的反應并增加促炎細胞因子的產生，這一發現是出乎意料的。然而，可能有多種特定的調節機制在起作用，因為先前的報道還表明 IFNγ 可以抑制 Notch 信號傳導巨噬細胞。這些結果提出了一個有趣的問題，即炎癥和發育信號通路的同時參與是否會根據給定的細胞類型導致不同的功能結果。
通過上述體外分析建立的細胞因子反應基因特征映射到我們的 scRNA-seq 數據集揭示了這些基因特征在細胞因子激活lining FLS 狀態中最明顯的表達。 相比之下，細胞因子激活的亞襯 FLS 狀態中的主要細胞因子反應特征包括由 TNFα 和 IFNγ 的雙重組合或單獨的 IFNγ 調節的基因。 值得注意的是，祖細胞狀態缺乏細胞因子反應基因特征。
先前的 scRNA-seq 分析表明，CD8+ T 細胞是 RA 滑膜中 IFNγ 的主要來源。 與之前的報道一致，我們的成像顯示 CD8+ T 細胞主要定位在下襯區域的淋巴聚集體中。 因此，我們試圖通過使用 IF 分析干擾素信號傳導的關鍵下游靶標磷酸化 STAT1 (pSTAT1) 來研究局部 FLS 干擾素反應是否與 CD8+ T 細胞原位定位相關。 有趣的是，我們在下襯區域和 T 細胞較差lining區域的淋巴細胞聚集體中觀察到 PDPN+ FLS 中的核 pSTAT1。 值得注意的是，一些 PDPN+pSTAT1+ FLS 也表達 HLA-DR，這與公認的 IFNγ 在驅動 MHC II 類表達中的作用一致，而在 T 細胞貧乏區域觀察到的 pSTAT1 可能反映了局部 I 型 IFN 信號傳導。
為了進一步驗證細胞因子刺激對基因表達調控的影響，對用細胞因子組合刺激的培養的 FLS 進行了 scATAC-seq，以將在調節的染色質可及性位點觀察到的轉錄因子基序活性與不同 FLS 狀態的活性進行交叉引用。離體分離細胞的 scATAC-seq 分析。我們發現，與未刺激的 FLS 相比，用 TNFa 和 IFNg 的組合刺激 FLS 導致 IRF 和 STAT 家族轉錄因子基序在差異可及的染色質位點富集，與 FLS 離體細胞因子激活的亞細胞狀態密切匹配。相比之下，TNFα、IFNγ 和 IL-1β 的三重組合導致在富含 AP-1 轉錄因子家族基序的位點發生差異染色質重塑。后一種觀察結果與先前關于響應 IL-1β 對含有 NF-kB 和 AP-1 結合基序的染色質區域進行重塑的報告一致。令人印象深刻的是，富含 AP-1 家族基序的差異可及位點與在離體分離的細胞因子激活lining FLS 狀態中觀察到的幾乎相同。細胞因子刺激樣品與未刺激對照的比較解釋了盡管存在強大的 IFNg 反應基因表達特征和 STAT1 磷酸化，但在細胞因子激活的lining FLS 中含有 STAT 基序的順式調節元件的可及性似乎出乎意料地降低。因此，這很可能是由于 IL-1β、IFNγ 和 TNFα 聯合暴露引起的這些元素子集的 STAT 可及性相對降低，而相應的轉錄水平沒有受到顯著影響。總之，這些對轉錄組和表觀基因組的分析強烈支持 TNFa 和 IFNg 的組合刺激在促進細胞因子激活的亞襯 FLS 狀態的建立中的作用，而細胞因子激活的lining FLS 狀態可能是由 TNFα、IFNγ 和 IL-1β 的三重組合驅動的。
Cytokine signaling is spatially constrained and correlated with cellular localization
上述觀察結果表明，炎癥滑膜中 FLS 的不同狀態是以空間方式建立的，這是由于不同類型的免疫細胞侵入 RA 滑膜而局部產生的炎性細胞因子和其他介質的結果。為了確定 RA 滑膜內已識別 FLS 狀態的空間分布，使用 10x Visium 平臺結合相鄰組織切片的多重 IF 成像對從 RA 患者分離的另外兩個發炎的滑膜組織樣本進行了空間轉錄組 (ST) 分析。接受 ST 分析的切片的蘇木精和伊紅 (H&E) 染色顯示明顯的淋巴細胞聚集以及豐富的滑膜 lining。與用于 ST 的切片相鄰的切片的 IF 成像顯示散在的 PDPN+ FLS 和 CD68+ 巨噬細胞以及下襯區域中的淋巴細胞聚集體，以及由 FLS 和巨噬細胞填充的多個lining區域。 ST 數據集與我們的 scRNA-seq 分析集成，以映射 ST 數據集上六個 FLS 狀態的轉錄特征。這表明靜息和細胞因子激活的lining FLS 似乎混合在一起而沒有形成明確的區域。相比之下，三個已確定的下劃線 FLS 子集是差異定位的。接下來將體外 FLS 細胞因子反應基因特征應用于源自 ST 分析的空間基因表達圖。發現 IL-1β 反應特征主要映射到滑膜內層，而其他細胞因子反應特征更加分散。由于多個細胞對 Visium 載玻片上的每個 RNA 捕獲點都有貢獻，通過創建僅包含基于最近對 RA 滑膜的 scRNA-seq 分析，由 FLS 獨特表達的基因。相鄰切片的綜合 ST 和 IF 成像分析表明，具有 IL-1β 反應基因特征的細胞因子激活lining FLS 狀態位于 CD68+ 巨噬細胞密集分布的區域附近。將最近對 RA 滑膜的 scRNA-seq 分析的細胞類型特異性轉錄特征映射到空間基因表達數據集上，證實了單核細胞/巨噬細胞與 IL-1β 反應基因特征的共定位。對獨立 RA 樣本的類似分析證實了這些結果。這種關聯通過 FLS 狀態、細胞因子反應基因特征和單個點內的細胞類型特異性基因特征的無偏相關性得到進一步驗證，這些特征顯示單核細胞/巨噬細胞、lining FLS 和 IL-1β 反應基因特征之間的相關性。這些結果表明，細胞因子信號在發炎的 RA 滑膜內形成多個空間不同的微環境，其中 IL-1β 來自常駐巨噬細胞或定義滑膜lining FLS 的浸潤單核細胞。
Discussion
給定組織內實質細胞的表型和功能異質性取決于恒定的細胞內在分化程序和細胞外在線索，這些線索由與組織駐留細胞和浸潤細胞的穩定和瞬時相互作用提供。后者大部分由不同類型的免疫細胞代表，當它們被激活時，會產生細胞因子和其他介質，這些介質可以作用于實質細胞，改變它們的生理或穩態范圍。在 RA 中，健康的滑膜是一種無屏障的免疫靜止組織，它經歷了大量先天和適應性免疫細胞的流入。在這種情況下，FLS 經歷分化信號，例如在滑膜下層區域形成 FLS 的內皮衍生的 Notch 信號梯度，以及同時暴露于多種細胞因子和其他炎癥介質。在體外產生的細胞因子反應特征的輔助下，使用配對的 scRNA/ATAC-seq 和 ST 分析，我們證明白細胞衍生的細胞因子在離散的、空間定義的、但可能具有不同推斷功能的動態 FLS 狀態的形成中起關鍵作用。我們還觀察到，與報道的巨噬細胞中炎性細胞因子反應的增強相反，FLS 中的 Notch 激活減弱了細胞因子反應。這一發現可以解釋在亞襯 FLS 狀態中觀察到的相對減弱的細胞因子反應基因特征，與細胞因子激活的亞襯 FLS 狀態相比，其特征在于最高的 NOTCH3 表達。
In conclusion, we established a spatial atlas of heterogeneity of synovial fibroblast states in RA defined by their distinct transcriptional signatures and patterns of chromatin accessibility driven by differential local exposure to immune cell-derived pro-inflammatory cytokines. The resulting datasets will serve as a rich resource for future investigation of RA pathogenesis through integration of unique and shared characteristics of inflamed synovial fibroblasts described herein with other disease-associated signals, such as complement activation31, and potential antigen presentation via HLA-DR
Method（就一個關注重點）
生活很好，有你更好
