Shiny Server
#為什么要使用Shiny Server
Shiny Server使用戶可以在網(wǎng)絡(luò)上托管和管理Shiny應(yīng)用程序。Shiny是一個(gè)R包，運(yùn)用反應(yīng)式編程模型
簡化Web程序開發(fā)。Shiny Server可以通過不同的URLs 和端口管理不同的R程序。
使用Shiny Server的好處有：
- 同時(shí)托管多個(gè)應(yīng)用程序，每個(gè)應(yīng)用程序都有自己的URL。
- 支持不支持WebSocket的Web瀏覽器，包括Internet Explorer 8和9。
- 用戶能夠開發(fā)和管理自己的Shiny應(yīng)用程序。
- R進(jìn)程崩潰或終止并不影響下一個(gè)用戶請求該應(yīng)用程序。
Shiny Server專業(yè)版（Shiny Server Professional）有跟多的功能：
- 確保您的應(yīng)用程序受到保護(hù)，并且只能由經(jīng)過身份驗(yàn)證的用戶訪問。
- 一個(gè)Shiny應(yīng)用程序可以支持多個(gè)用戶同時(shí)訪問。
- 通過使用Web儀表板監(jiān)視Shiny應(yīng)用程序的性能和使用情況，可以深入了解它們。
- 使用SSL對發(fā)送到應(yīng)用程序和從應(yīng)用程序獲取的數(shù)據(jù)進(jìn)行安全加密。
- 了解和管理當(dāng)前和歷史應(yīng)用程序資源利用率，以更好地配置和優(yōu)化應(yīng)用程序。
- 通過根據(jù)并發(fā)會話數(shù)配置多進(jìn)程Shiny應(yīng)用程序，微調(diào)專用于應(yīng)用程序每個(gè)用戶的資源。
- 使用運(yùn)行狀況檢查端點(diǎn)監(jiān)視Shiny Server的運(yùn)行狀況。
#系統(tǒng)要求
Shiny Server當(dāng)前僅能在Linux 操作系統(tǒng)運(yùn)行，并且只支持64位系統(tǒng)：
- RedHat Enterprise Linux（和CentOS）6及更高版本
- Ubuntu 14.04及更高版本
- SUSE Linux Enterprise 12及更高版本
我們目前僅支持x86-64體系結(jié)構(gòu)。
#安裝
Shiny Server安裝之前需要先安裝 R 和Shiny 包。
- R 安裝
Shiny Server建議安裝R版本3.0或更高版本。 安裝最新版本的R，應(yīng)首先按照以下說明將CRAN存儲庫添加到系統(tǒng)中： - Debian: https://cran.rstudio.com/bin/linux/debian/
- Ubuntu: http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu/README.html
$ sudo apt-get install r-base
注意：如果您沒有按如上所述添加CRAN Debian或Ubuntu存儲庫，則此命令將安裝與您當(dāng)前系統(tǒng)版本相對應(yīng)的R版本。可能是老版本的R。
- Shiny包安裝
$ sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
>library("shiny")
注：不要使用install.packages("shiny")安裝；install.packages("shiny")會安裝到當(dāng)前用戶下，shiny app就不能啟動了。
- 安裝gdebi（用于安裝Shiny Server及其所有依賴項(xiàng)）和Shiny Server。
$ sudo apt-get install gdebi-core
$ wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
$ sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
Shiny Server將會被安裝到/opt/shiny-server/，主要的執(zhí)行程序在/opt/shiny-server/bin/shiny-server。
- shiny-server命令
#啟動
$ sudo systemctl start shiny-server
#停止
$ sudo systemctl stop shiny-server
#重啟
$ sudo systemctl restart shiny-server
#查看狀態(tài)
$ sudo systemctl status shiny-server
#服務(wù)器重新初始化，但不會中斷服務(wù)器當(dāng)前進(jìn)程或任何連接。
$ sudo systemctl kill -s HUP --kill-who=main shiny-server
$ sudo reload shiny-server
#shiny-server狀態(tài)
$ sudo systemctl status shiny-server
- 查看shiny-server
打開瀏覽器輸入： http://IP:端口/
HTTP
IP：使用ip addr查看
端口默認(rèn)：3838。
shiny
- shiny-server配置
shiny-server 配置文件
/etc/shiny-server/shiny-server.conf
/opt/shiny-server/config/default.config
$ vi /etc/shiny-server/shiny-server.conf
# Define the user we should use when spawning R Shiny processes
run_as shiny;
# Define a top-level server which will listen on a port
server {
# Instruct this server to listen on port 3838
listen 3838;
# Define the location available at the base URL
location / {
#### PRO ONLY ####
# Only up tp 20 connections per Shiny process and at most 3 Shiny processes
# per application. Proactively spawn a new process when our processes reach
# 90% capacity.
utilization_scheduler 20 .9 3;
#### END PRO ONLY ####
# Run this location in 'site_dir' mode, which hosts the entire directory
# tree at '/srv/shiny-server'
site_dir /srv/shiny-server;
# Define where we should put the log files for this location
log_dir /var/log/shiny-server;
# Should we list the contents of a (non-Shiny-App) directory when the user
# visits the corresponding URL?
directory_index on;
}
}
# Setup a flat-file authentication system. {.pro}
auth_passwd_file /etc/shiny-server/passwd;
# Define a default admin interface to be run on port 4151. {.pro}
admin 4151 {
# Only permit the user named `admin` to access the admin interface.
required_user admin;
}
##從配置文件內(nèi)容可以看出:
- shiny app存放在site_dir /srv/shiny-server；
- 運(yùn)行日志存放在/var/log/shiny-server
- 用戶認(rèn)證信息放置在/etc/shiny-server/passwd
##創(chuàng)建用戶
sudo /opt/shiny-server/bin/sspasswd /etc/shiny-server/passwd admin
#Shiny Server不僅可以托管shiny app，也可以托管R Markdown
sudo su - -c "R -e \"install.packages('rmarkdown',repos='http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/')\""
#注：因?yàn)樵O(shè)置的是shiny server，還應(yīng)該給給shiny app開發(fā)者一些當(dāng)前文件操作權(quán)限。
