北魏司徒崔浩，自恃才能和謀略都很高明，并且被拓跋燾所信任，于是獨攬朝中大權。他曾經推薦冀、定、相、幽、并五個州的士人幾十人直接做郡守。

太子拓跋晃說：“早先征聘的人才，也是被作為州郡官入選的，他們擔任這一職務也很久了，辛辛苦苦卻一直沒有得到過朝廷的回報，應該首先讓他們作郡縣守令，讓新征聘的人代替他們做郎吏，而且太守、縣令管理百姓，應該由經歷過世面有經驗的人來擔當才是。”

但是，崔浩堅持力爭，要派這些人就任。高允聽說后對管恬說：“崔浩恐怕免不了一場災禍，為了順遂自己未必正確的私心而同朝廷中有權勢的人對抗爭勝，他將用什么來保全自己呢？”

拓跋燾曾命令尚書鄧淵撰寫《國記》十余卷，還沒寫完就被賜死了。后來拓跋燾任命崔浩兼管秘書事務，讓他和高允等人繼續編撰《國記》，并交代他們說：“一定要根據事實來撰寫。”

著作令史閔湛、郗標很受崔浩寵信。崔浩曾經注解過《易經》、《論語》、《詩經》、《書經》，閔湛、郗標就上疏建議說：“馬融、鄭玄、王素、賈逵所作的注解，都不如崔浩的準確有深度，我們懇求陛下沒收國內由這些人所住的各種書，頒布崔浩的注本，命令全國上下都來學習。我們還請求陛下下令讓崔浩繼續注解《禮記》，使后人將來能看到正確的釋義。”

崔浩也極力推薦閔湛、郗標有著書立說的才能。而閔湛、郗標還跑來建議崔浩把他所撰寫的《國史》刻在石碑上，以此來顯示作者崔浩的秉筆直書。

高允聽說這件事后又對宗欽說：“閔湛、郗標所搞的這一切，若有一點差錯，恐怕就會給崔家帶來萬世的災禍，我們這些人也不會幸免。”

崔浩竟然采納了閔湛、郗標的建議，把《國史》刻在了石碑上，立在郊外祭祀的神壇東側，占地一百步見方，這一工程共使用勞力三百萬。

崔浩寫北魏祖先們的事跡，每件事都非常詳細真實而且無所避諱，盡述拓跋氏的歷史，其中直書了拓跋氏一些不愿為人所知的早期歷史。他把這些石碑陳列在交通要道上，來來往往過路的人看見后都用這些作為談論的材料，北方鮮卑人對此沒有不憤怒的，他們紛紛向拓跋燾告狀，認為崔浩這是在大肆張揚祖先的過錯和污點。拓跋燾大怒，派有關部門調查處理崔浩和其他秘書郎吏的罪。

當年，遼東公翟黑子奉命出使并州，在并州接受一千匹絹布的賄賂，事發后，翟黑子向高允討教說：“主上審問我時，我是應該把實情說出來呢，還是應該把它藏起來不承認呢？”

高允說：“你是朝廷重臣，犯了罪就應該講實話，再自表忠誠，這樣或許還會被皇上赦免，不能再次欺騙皇上。”

中書侍郎崔覽、公孫質則說：“如果你講實話，很難預測皇上會怎么處理你，不如隱瞞不說。”

翟黑子把崔覽等人當成知己，埋怨高允說：“你為什么要引誘我去置身死地呢！”然后入宮去拜見拓跋燾，沒有把實情講出來，拓跋燾大怒，斬了翟黑子。后來，拓跋燾派高允教授太子拓跋晃經書。

等到崔浩被捕入獄，太子拓跋晃召高允到東宮，留他住了一晚上，第二天早晨，拓跋晃與高允一同進宮朝見，二人來到宮門時，拓跋晃對高允說：“我們進去拜見皇上，我自會引導你該做些什么。一旦皇上有什么話問你，你只管按照我的話去回答。”

高允問他：“出了什么事嗎？”太子頓了頓，說：“你進去自然就知道了。”

進宮后，太子拜見拓跋燾，說：“高允做事小心謹慎，而且地位卑微，人微言輕，所有的一切都是由崔浩主管制定的，我請求您赦免他的死罪。”

拓跋燾問高允說：“《國書》都是崔浩所寫的嗎？”

高允回答說：“《太祖記》由前著作郎鄧淵撰寫，《先帝記》和《今記》是微臣和崔浩兩人共同撰寫的。但是崔浩事務繁多，他只不過是總攬了一下《國書》的大綱而已，并未親自撰寫多少，至于撰寫工作，臣做得要比崔浩多得多。”

拓跋燾大怒說：“高允的罪行比崔浩還要嚴重，怎么能讓他不死呢！”

太子拓跋晃很害怕，連連叩頭說：“陛下盛怒之下威嚴凝重，高允這么一個小臣被您的威嚴嚇得驚慌失措，失去理智而語無倫次了。我以前曾經問過他這件事，他說全是崔浩一人干的。”

拓跋燾又厲聲責問高允說：“真的是像太子所說的那樣嗎？”

高允回答說：“微臣觸犯天威，罪該滅族，決不敢用虛假的話欺騙您。太子是因為臣很久以來一直在他身邊侍奉講書而可憐微臣的遭遇，想要放臣一條生路。實際上，他確實沒有問過臣，微臣也確實沒有對他說這些話，臣不敢胡言亂語欺騙您。”

拓跋燾回過頭去對太子說：“這就是正直啊！這在人情上很難做到，而高允卻能做到，即使馬上就要死了也不改變他說的話，這就是誠實，作為臣子，不欺騙皇上，這就是忠貞。朕寧愿漏掉一個有罪的人，也應該特別免除你的罪，作為榜樣而褒獎你的品質。”于是，赦免了高允。

接著，拓跋燾又召見了崔浩前來，親自審問他。崔浩承認自己接受過賄賂，其實他對自己所犯何罪并不明白，所以惶恐迷惑回答不上來，而高允當時卻是件件事情陳述得明明白白，有條有理。

拓跋燾憤怒至極，命令高允書寫詔書：誅崔浩和他的幕僚宗欽、段承根等人，以及他們的部屬、僮仆，共有一百二十八人，全部都夷滅五族。

高允猶豫不敢下筆，拓跋燾多次派人催促，高允懇求再覲見皇上一次，然后再寫詔書。拓跋燾命人將他帶到自己跟前，高允說：“崔浩被捕入獄，如果還有其他別的原因，我不敢多說，如果僅僅是因為他冒犯了皇族，他的罪過還達不到被處死的程度。”

拓跋燾大怒，命令武士逮捕高允，太子拓跋晃又為他求情，拓跋燾的怒氣才稍稍平息，恨恨地說：“沒有這個人，就該會有幾千人被處死。”

最后，拓跋燾下詔，誅斬清河崔氏老幼和崔浩屬于同一宗族的人，不管血緣關系的疏密遠近，與崔浩有姻親關系的范陽盧氏、太原郭氏、河東柳氏全都被連坐誅滅全族，其他人就只誅斬罪犯一人，史稱“國史之獄”。

北方的高門士族在“國史之獄”中幾乎受到了滅頂之災，后世史學家認為，崔浩推行漢化，大量提拔漢族的世家大族，觸犯了鮮卑貴族的利益，他成為了鮮卑貴族與趙魏大族之間矛盾的犧牲品，“國史之獄”不過是個借口罷了。

崔浩被放在一個四周都是欄桿的囚車里，由士卒被押送到平城南郊，押送的士兵幾十個人在崔浩的頭上撒尿，崔浩悲慘地嗷嗷呼叫，在路上行走的人都聽得清清楚楚，宗欽在臨近斬首時感嘆說：“高允近乎于圣人啊！”

幾日后，太子拓跋晃責備高允說：“人也應該知道見機行事，我想替你開脫死罪，已經有了好的開端，可是你卻始終不照我說的話去做，使皇上氣憤到那種程度，現在每次回想起來都令人心有余悸。”

高允說：“史官，是要記載人主的善惡，作為對后人的鼓勵或勸誡，因此，人主心生畏忌，對自己的行為舉止都十分小心謹慎。崔浩辜負了圣上的大恩，用他自己的私欲蓋過了廉潔，這是他的責任和錯誤。至于書寫皇上的起居生活，談論國家行政的得失，這是史官的重要任務，不能說有多大的罪過，我和崔浩事實上是一同從事這項工作，我接受陛下使我再生的大恩，如果違背自己的良心得以幸免，這不是我所愿意做的。”

太子大為感動，不斷贊嘆。高允退下后對人說：“我之所以不按照太子的引導去做，就是為了怕辜負翟黑子。”

自從崔浩被斬之后，國家軍政大事的謀劃都由北部尚書李孝伯決定。拓跋燾殺了崔浩之后就很后悔，偏巧，李孝伯患病很重，有人傳說他已經去世了。拓跋燾哀悼他說：“李孝伯死得可惜！”不一會兒，他又說：“朕說錯了，應該是崔司徒死得可惜，李孝伯的死令人哀痛。”