好用的數據庫推薦-miRNA數據庫

在解螺旋的公眾號看到這個工具感覺很有用,覺得可以安利一波。
最近接到曾老師的任務看非編碼RNA調控相關的文獻,寫讀書筆記,天知道我自己課題方向的論文都沒有看很多,捂臉,但是,關于表觀調控方面一直是研究的熱點,未知之謎也很多。
剛好自己的課題將來也涉及相關的內容,還是可以探索一下的。

閑話少說,正題:這個數據庫就是華中科技大學郭安源教授課題組開發的miRNA SNP V3
鏈接:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/miRNASNP/#!/

數據庫主頁

來看一下,它能做什么呢?
比如在搜索框輸入關鍵詞,看文獻的時候看到線粒體肌病相關一個mi-RNA:很重要,來看看輸進去有什么結果

其實在搜索框中淺灰色已經有提示了,可以查miRNA/Gene/SNP,在看看示例的數據搜索框下方有3個示例,可以一一點開來看看:


第一個hsa-miR-10b-5p的搜索結果

分成4個模塊展示分別是最上方的,miRNA detail,Target gain with SNP in seed, Target loss with SNPs in seed以及Target genes enrichment analysis.
當前頁面展示的是默認的第一個模塊的內容,關于這個miRNA的目前已知的相關信息,包括序列信息,表達信息,還有藥敏相關結果,真的是很棒了。
然后是第二個模塊:


靶向上調的SNP相關信息

第三個模塊:
靶向下調的SNP相關信息

第四個模塊


富集互作基因相關信息

當然了,關于小RNA的研究策略還有很多,生信技能樹的專題目錄了解一下。

  • 首先了解一下circRNA背景知識
  • circRNA芯片分析的一般流程
  • ceRNA-芯片分析的一般流程
    。。。
    其實這個東西是我12月18號看的,當時就想記錄下來,這幾天在寫文章,補實驗,還要做作業,簡直太充實了,時間都不夠用。昨天把初稿交給老板審核,今天反饋說我應該把除了陽性的陰性結果也整理寫上去,增加點工作量,好吧。繪圖組合圖又是一個痛點,好在有技能樹的團隊貢獻的B站視頻,又能好好的學一學了。

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