正八經(jīng)的官網(wǎng)： https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
注：windows、redhat、ubuntu、mac的都可以下載使用
windows用戶安裝使用
windows用戶，下載的是一個(gè)gdc-client.exe文件
1.存放exe與txt
例如，我隨便找一個(gè)文件夾，文件夾地址是：E:\workspace\gdc，我把源文件（txt）與客戶端exe放在如下：
2. 打開命令行
可以使用快捷鍵，ctrl+r，輸入cmd進(jìn)入；或者點(diǎn)左下角，查找或者輸入一下運(yùn)行
3.正片開始
# cd表示進(jìn)入這個(gè)文件夾
cd E:\workspace\gdc
# windows就是啰嗦，如果不是c盤，還要額外輸入磁盤標(biāo)識(shí)
cd E
# 接著執(zhí)行下載指令
gdc-client.exe download -m gdc_manifest.txt
緩慢下載中。。 估計(jì)是因?yàn)镚DC是國外服務(wù)器，距離遠(yuǎn)，下載速度會(huì)慢很多，耐心點(diǎn)，掛一夜估計(jì)就好了（10分鐘可能才下3mb左右）
我是分割線：2019年12月18日01:38:02
性能優(yōu)化
研究了一下下載工具，詳細(xì)看了使用文檔，寫了配置文件做了改良。
1.痛點(diǎn)
發(fā)現(xiàn)下載也會(huì)斷，而且很卡，如果掛一夜，突然在還沒入夜就斷了那其實(shí)也達(dá)不到想要目的。。可靠性太低
吐槽：很多用戶、博主只是吐槽慢，老是斷，很多時(shí)候沒有往下想，開發(fā)者是不是早就想到這些問題，已經(jīng)做好了預(yù)測，做了很多騷操作，滿足大家的需要，只不過很多人都不會(huì)深入理解。
所以利用官方文檔的幫助，利用他提供的配置文件的方式進(jìn)行下載配置。
2.默認(rèn)配置
（可以輸入命令gdc-client.exe settings download）
[download]
no_auto_retry = False
no_file_md5sum = False
save_interval = 1073741824
retry_amount = 1
n_processes = 4
no_annotations = False
no_related_files = False
http_chunk_size = 1048576
no_segment_md5sum = False
server = https://api.gdc.cancer.gov
wait_time = 5.0
no_verify = False
dir = .
3.改良后的配方
[download]
no_auto_retry = False
no_file_md5sum = False
save_interval = 1073741824
retry_amount = 6
n_processes = 4
no_annotations = False
no_related_files = False
http_chunk_size = 4096
no_segment_md5sum = False
server = https://api.gdc.cancer.gov
wait_time = 25.0
no_verify = True
dir = .
其實(shí)很簡單，看了配置文件，用邏輯分析一下就知道怎么配置了，主要可以配置的是http_chunk_size、wait_time、retry_amount、no_verify、n_processes
解釋一下（個(gè)人理解，可能有出入，專業(yè)的看官網(wǎng)）：
1. http_chunk_size：這是每一次http請求的數(shù)據(jù)塊大小，如果越大，等待時(shí)間越長，可能就會(huì)超時(shí)，就pa斷了，所以為了保證每一次請求數(shù)據(jù)塊都能順利到達(dá)本地，就調(diào)小一點(diǎn)（這一步相當(dāng)關(guān)鍵了）
2. wait_time：http請求的等待時(shí)間，如果超過這個(gè)等待時(shí)間，也會(huì)pa斷了，所以這一步就可以調(diào)大一丟丟
3. retry_amount：重試次數(shù)，比如說超過等待時(shí)間，就會(huì)再重新嘗試訪問，嘗試訪問次數(shù)超過，pa斷了，所以這一步也可以調(diào)大一丟丟
4. no_verify：不做校驗(yàn)，（不知道它底層用什么做校驗(yàn)的），為了求速度，不做校驗(yàn)（想保證數(shù)據(jù)完整性就不要改這個(gè)啦）
5. n_processes：配置和CPU大小一致就行了
4.啟動(dòng)命令
制定dtt配置文件：將改良后的配方保存到txt與exe同級(jí)目錄，命名為gdc-client.dtt
注意：這里dtt作為后綴沒什么特殊的，官網(wǎng)只是建議，這里也跟著這么定義罷了。
在控制臺(tái)輸入
gdc-client.exe download --config gdc-client.dtt -m gdc_manifest.txt
經(jīng)過上面的配方，就會(huì)發(fā)現(xiàn)這個(gè)工具還是挺好用滴~ 而且下載后的數(shù)據(jù)更快、更穩(wěn)定~
卡頓？不存在的。
next：有了這些gdc原始數(shù)據(jù)，我們還需要進(jìn)行加工，轉(zhuǎn)化為能夠方便處理數(shù)據(jù)的格式，詳見使用R語言將gdc數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為基因表達(dá)矩陣
