Emmm, 今天的主圖，
寫在前面
博士畢業論文中，使用的樣品包括：
- 不同的類型 / 或者說不同的組織
- 不同的時間 / 或者說時間序列
所以，是一個多X多的設計。對于這類實驗設計所產生的數據，往往會有較高的分析難度。在分析上，現在多數人直接使用的是共表達網絡分析，最常用的莫過于 WGCNA 。而在可視化上，單單就基因表達熱圖繪制上，沒有較好的形式，尤其是在 多基因X多組織X多時期 的數據上。
TBtools中多種熱圖可視化方式
TBtools中，我們提供過數種熱圖的展示方式，
第一種，常規的熱圖，適用于 少基因X少樣品 的數據
這種熱圖，四四方方，其實在TBtools里面，可以有不少變化，比如不要用顏色對應數值，直接用圈的大小來對應數值
當然還有其他，比如三角形的，或者前述我們推送過的對角線熱圖的熱圖組合方式。無論怎么可視化，這類熱圖能展示的表達矩陣，仍然很少。所以在基因數達到數十或者上百之后，TBtools中有提供了掰彎的熱圖或者說，環形熱圖。
第二種，環形的熱圖，適用于 多基因X少樣品 的數據
前前后后，我在公眾號上推 環形熱圖 有超過一年時間。目前市面上，我自認為暫時就TBtools一個工具，也是第一個，是以熱圖工具為中心開發的環形熱圖，如果說之前已經有，那么那些都是以進化樹注釋為中心開發的。進化樹注釋功能，TBtools也有，對應的也有簡單版本的熱圖Track【注：功能明顯有限】。如果說，還有其他工具可以做了，那么他們都只是追隨者。環形熱圖，最大的好處，就是可以容納比較多的基因，同時基本不占版面。
大體如下，
或者，換個配色可能好看點
第三種，卡通熱圖，適用于 少基因X多樣品 的數據
雖然掰彎的熱圖，其實把基因和樣品做一個轉置【注：TBtools的熱圖功能內置矩陣轉置功能，也有專門的表格轉置功能】，就可以處理 少基因X多樣品 的情況。但是，當樣品很多，或者比較復雜時。我們人類的直觀視覺可以幫我們更好的分析數據。為此，在多年前，有一個瀏覽器框架叫eFP Browser，針對芯片數據開發。在前述，TBtools推出了基于FPKM的，支持矢量圖導入導出的FancyHeatmap。從比較多的方面有所超越。大體如下：
這種熱圖，最適合的是 可視化某個基因在多組織多時期的表達變化。
CubicHeatMap 可視化 多基因X多組織X多時期
前幾天跟朋友在討論的課題的時候【注：大家都是做 植物發育生物學 的】，討論到幾年前的一篇Ncom文章，其中有圖如下：
一個非常不錯的可視化方式，雖然也帶有缺陷【注：只有一個基因的表達量可以為完全展示】。不過這個缺點不影響他的實用性，尤其是我們一系列共表達量基因的時候。很不幸，這個工具，似乎仍然是一個瀏覽器框架，Tomato Expression Altas。事實上，我也不知道這個瀏覽器框架到底有沒有另外的人用過，不過我是不會用的。
想想很久沒有Coding，手和腦子都會生疏。于是，一般看娃，干脆就一邊實現這個熱圖功能。結果圖如下：
Emmm.. 忽略配色，畢竟不一定能拿到原始的配色方案。這張圖片，包括了 16個基因，11個組織和16個時期。
如何實現？
前述，在公眾號推文中已經提及，JIGplot 引擎中有類似圖層的概念，也就是 SubPanel。雖然 CubicHeatMap 看起來是立方體。不過我們完全可以拆解。
JIGplot 除了掰彎，其實還有一個功能切變。后者的實現不是很健全，不過處理 Rectangle 完全沒問題。直接畫三個正常的熱圖，然后分別對 UpPanel 和 RightPanel 做 Shear 即可。
如何使用 CubicHeatMap ?
雖然是順手寫，不過還是打成GUI，方便自己后續使用【畢竟Java碼不是R碼，隨取隨用 】。于是，TBtools又增加了一個功能。
打開之后，可以看到，只有兩個輸入：
1. 基因表達矩陣，這個比較簡單，跟其他熱圖完全一樣
2. 樣品分組信息，這個說起來復雜，其實也簡單。一共三列：
第一列，樣品名字，即表達矩陣對應的樣品名字【注：沒有格式和內容要求，對應起來就行】
第二列，樣品的第一維度分類，比如 屬于某個組織
第三列，樣品的第二維度分類，比如 處于某個時期
如下：
兩個文件放進去，自己設置下喜歡的配色，隨后點擊 Start 即可
于是得到
當然，我們不能忘了，JIGplot 是可交互的。
禮物？
Emmm... 突然想起來，TBtools 的 Logo，其實就像一個熱圖。
既然有了CubicHeatMap, 那么我們完全可以做一組數據，就畫 TBtools 的 Logo
寫在后面
Emmm...
練手完畢，繼續....
相信今年的 2月14 是不少人可能在很多年以后 ，仍然覺得特殊的日子。喜歡過節的，在往?？赡軙ㄒ稽c時間去準備禮物，但是今年應該就不行了。
但這一切，應是沒有所謂。畢竟
始終如一是最好的相處，而
陪伴就是最好的禮物。
。
祝大家身體健康了。
