不管實驗室產(chǎn)不產(chǎn)生數(shù)據(jù)，我們總有機會下載已發(fā)表的數(shù)據(jù)來分析，記錄一下不同數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)的方式。

隨便看一套數(shù)據(jù)吧

（1）NCBI-GEO DataSets：

選擇想要的數(shù)據(jù)進入SRA Run Selector? 勾選需要的SRA數(shù)據(jù)（SRRXXX）--- Selected ---Accession List --- 生成txt文件

對于這樣一個txt文件怎么下載里面的數(shù)據(jù)呢？

nohup prefetch --option-file? SRR_Acc_List.txt & ?? #nohup 和&組合是為了在后臺運行

這樣數(shù)據(jù)下載到哪里呢？

可以自定義：1.which perfetch ???2.cd perfetch所在目錄 ??3. ? ./vdb-config -i （可更改路徑）

（2）EBI ：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

搜索需要的數(shù)據(jù)并進入下載頁面(點擊study)

下載Download report 中的TSV（里面包含fastq和sra兩種數(shù)據(jù)類型的ftp等一些信息）

下載TSV后直接保留fastq_ftp 或者?sra_ftp 列? 記：ftp.txt

下載數(shù)據(jù)：

for i in $(cat ftp.txt)

do

? ? wget $i

done