生信菜鳥(niǎo)團(tuán)——專題學(xué)習(xí)目錄

之前有簡(jiǎn)單整理生信菜鳥(niǎo)團(tuán)最近發(fā)布的測(cè)序平臺(tái)、質(zhì)量控制等文章鏈接，今天生信菜鳥(niǎo)團(tuán)的小編也已經(jīng)把最近發(fā)布的推文整理成目錄了，這里我記錄一下，方便有需要的朋友檢索和學(xué)習(xí)。如果以后再推出相關(guān)專題目錄，我也在這里更新吧。大家有急切學(xué)習(xí)需求的可以關(guān)注公眾號(hào)。

數(shù)據(jù)庫(kù)專題

一文看懂NCBI的refseq

淺談Entrez ID

帶你認(rèn)識(shí)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)

NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)專題之Taxonomy

基礎(chǔ)數(shù)據(jù)庫(kù)之dbSNP

pubmed

OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 數(shù)據(jù)庫(kù)的異同

基礎(chǔ)概念專題

淺談RPKM,FPKM,RPM,TPM的區(qū)別

二代測(cè)序的barcode/index

De Novo sequencing vs resequencing

淺談FastQ和FastA格式

NGS基礎(chǔ)概念-depth and coverage

名詞package

paired-end Reads

中心法則專題

中心法則-DNA

中心法則-RNA

中心法則-蛋白質(zhì)

DNA復(fù)制

NGS與轉(zhuǎn)錄

中心法則之翻譯

逆轉(zhuǎn)錄

測(cè)序平臺(tái)專題

1.Sanger測(cè)序

2.illumina測(cè)序

3.羅氏454測(cè)序

4.SOLiD測(cè)序

5.Ion Torrent測(cè)序

6.pacbio測(cè)序

7.納米孔測(cè)序

數(shù)據(jù)格式專題

1.FastQ和FastA格式

2.SAM格式

3.gff/gtf格式

4.Bigwig/Wiggle格式

5.bed格式

6.vcf格式

7.Blast&Blat

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制專題

1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之FastQC

2.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之cutadapt

3.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之sickle

4.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之Trimmomatic

5.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之fastx Toolkit

6.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之RSeQC

7.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制之CHIPQC

組學(xué)專題

轉(zhuǎn)錄組學(xué)

表觀基因組學(xué)

蛋白質(zhì)組學(xué)

微生物組學(xué)

變異形式專題

參考基因組

基因結(jié)構(gòu)

SNP多態(tài)性

SNV

CNV

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