一：安裝
- 可以conda安裝或自己手動安裝
$conda create -n LTR_retriever
$conda activate LTR_retriever
$conda install -y -c conda-forge perl perl-text-soundex
$conda install -y -c bioconda cd-hit repeatmasker
$git clone https://github.com/oushujun/LTR_retriever.git
$./LTR_retriever/LTR_retriever -h
- 除此之外還需要安幾個依賴的軟件
1. makeblastdb, blastn, and blastx in the BLAST+ package (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)
2. cd-hit-est in the CDHIT package (http://weizhongli-lab.org/cd-hit/) OR blastclust in the BLAST package (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy/2.2.25/)
3. hmmsearch in the HMMER package (http://hmmer.org/; v3.1b2 or higher)
4. RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/)
其中安裝RepeatMasker需要一個Dfam.hmm以及RepBase RepeatMasker Edition，可以在這下載：
RepBase RepeatMasker Edition： https://pan.baidu.com/s/1c2zSMKo
Dfam.hmm： https://www.dfam.org/releases/Dfam_3.1/families/Dfam.embl.gz
RepeatMasker比較常用的參數如下：
-e: 搜索引擎，默認都選擇ncbi
-pa: 并行計算，多線程
-s, -q, -qq: 搜索速度，速度和敏感度成反比
-lib: 自定義重復數據庫
-species: 指定物種，例如human, mouse, arabidopsis
-gff: 額外輸出GFF文件
- 開始安裝
$perl ./configure
然后修改LTR_retriever的'paths'文件:
$vim /your_path_to/LTR_retriever/paths
修改：
BLAST+=/your_path_to/BLAST+2.2.30/bin/
RepeatMasker=/your_path_to/RepeatMasker4.0.0/
HMMER=/your_path_to/HMMER3.1b2/bin/
CDHIT=/your_path_to/CDHIT4.6.1/
BLAST=/your_path_to/BLAST2.2.26/bin/ #not required if CDHIT provided
BLAST+=/data1/spider/ytbiosoft/soft/ncbi-blast-2.8.1+/bin/
RepeatMasker=/data1/spider/ytbiosoft/soft/RepeatMasker-master
HMMER=/data1/spider/ytbiosoft/soft/hmmer/hmmer-3.2.1/src
CDHIT=/data1/spider/ytbiosoft/miniconda3/envs/python3/bin/cd-hit
BLAST=/data1/spider/ytbiosoft/miniconda3/envs/python3/bin/
二：數據輸入
數據有如下兩個：
- Genomic sequence
- LTR-RT candidates（可以接受多個LTR輸入，包括 LTRharvest以及 LTR_FINDER等的輸出結果：2個足以）
兩個軟件的下載地址：
LTR_Finder:https://github.com/xzhub/LTR_Finder.git
LTRharvest:http://genometools.org/
-
LTRharvest
LTRharvest
$gt suffixerator \
-db $REFERENCE \
-indexname $SPECIES \
-tis -suf -lcp -des -ssp -sds -dna
$gt ltrharvest \
-index $SPECIES \
-similar 90 -vic 10 -seed 20 -seqids yes \
-minlenltr 100 -maxlenltr 7000 -mintsd 4 -maxtsd 6 \
-motif TGCA -motifmis 1 > $SPECIES.harvest.scn &
- LTR_Finder
$tar -zxvf LTR_Finder.tar.gz
$cd source && make
$ltr-finder -D 15000 -d 1000 -L 7000 -l 100 -p 20 -C -M 0.9 $REFERENCE > $SPECIES.finder.scn &
三.運行程序（支持一個輸入或者多個輸入）
一個輸入
$LTR_retriever -genome $REFERENCE -inharvest $SPECIES.harvest.scn
多個輸入
$LTR_retriever -genome $REFERENCE -inharvest $SPECIES.harvest.scn -infinder $SPECIES.finder.scn -threads 20
輸出為$REFERENCE.LTRlib.fa，重命名為LTR.lib，作為后續repeatmasker屏蔽重復時的輸入文件。
