一、deeptools?plotCorrelation詳細介紹

官網(wǎng)說明書——deeptools plotCorrlation

功能：基于multiBamSummary或multiBigwigSummary輸出的結(jié)果，樣本相關(guān)性分析和可視化工具。Pearson或Spearman方法可用來計算相關(guān)系數(shù)。結(jié)果可以保存為多個散點圖，描繪成對的相關(guān)性或聚類熱圖，其中顏色表示相關(guān)系數(shù)和集群是使用完全鏈接構(gòu)建。還可以選擇將這些值保存為表。

二、deeptools? ?plotCorrelation 參數(shù)

參數(shù)

1、--corData, -in ：?由multiBigwigSummary或multiBamSummary生成的值壓縮矩陣。

2、--corMethod, -c： 計算相關(guān)性方法。選項有spearman, pearson, Correlation method。

3、--whatToPlot, -p： 圖類型。選項有:heatmap, scatterplot。

4、--plotFile, -o：?保存熱圖的文件。文件擴展名決定了格式，如heatmap. PDF將以PDF格式保存熱圖。可用的格式是:.png， .eps， .pdf和.svg。

5、--skipZeros：?排除所有樣本中有零或缺失(nan)值的基因組區(qū)域。

6、--labels, -l:?用戶定義的標(biāo)簽，而不是文件名稱中的默認標(biāo)簽。多個標(biāo)簽必須用空格分隔，例如-labels sample1 sample2 sample3。

7、--plotTitle, -T: 圖標(biāo)題。(默認值: )

8、--plotFileFormat：圖片格式類型。可用的選項有:png、eps、pdf和svg。

9、--removeOutliers： 去除離群值。

10、--version：?顯示程序的版本號并退出。

11、--outFileCorMatrix：?保存矩陣與成對相關(guān)的值到一個制表符分隔的文件。

12、--plotHeight： 圖高 (cm)。(默認值:9.5)

13、--plotWidth： 圖寬。最小值為1cm。(默認值:11)

14、--zMin, -min：?熱圖強度的最小值。如果未指定，則自動設(shè)置該值。

15、--zMax, -max：熱圖強度的最大值。如果未指定，則自動設(shè)置該值。

16、--colorMap：?用于熱圖的顏色地圖。colormap

17、--plotNumbers：如果設(shè)置，則相關(guān)數(shù)繪制在熱圖的頂部。此選項僅在繪制熱圖時有效。

18、--xRange：?X軸范圍。默認的縮放會顯示所有點的范圍。

19、--yRange：Y軸范圍。默認的縮放會顯示所有點的范圍。

20、--log1p：在加1后繪制散點圖的自然對數(shù)。注意，這僅用于繪圖，相關(guān)性不受影響。

三、deeptools?multiBamSummary實際操作

plotCorrelation -in x.npz --skipZeros --corMethod pearson --whatToPlot heatmap --colorMap RdYlBu_r --plotNumbers -o x.pdf --outFileCorMatrix x.tab

熱圖

plotCorrelation -in x.npz --corMethod pearson --plotTitle "x" --whatToPlot scatterplot -o x.pdf --outFileCorMatrix x.tab

散點圖