使用GAN實現可變形醫學圖像配準DEFORMABLE MEDICAL IMAGE REGISTRATION USING GENERATIVE ADVERSARIAL NETWORKS

題目 :使用GAN實現可變形醫學圖像配準

傳統的深度學習配準方法都采用迭代方法,作者采用GAN實現了一種端到端的多模態圖像配準方法,消除了傳統方法耗時的迭代直接生成有變形場的配準圖像。
前人工作:
Sokooti et. al.[6]提出RegNet,它使用經過模擬變形訓練的CNNs為一對單一模態圖像生成位移向量場。
Vos et. al. [7][提出了一種可變形圖像配準網絡(dir - net),它以一對固定圖像和一對運動圖像為輸入,非迭代地輸出變換后的圖像。訓練是完全無監督的,不像以前的方法,它沒有經過已知配準轉換的訓練
前人工作中需要改進的地方:
1)使用空間對應的patches 來進行預測轉換,但是在低對比度醫學圖像中尋找相應的patches是不容易的,可能會對配準任務產生不利影響
2)多模態配準由于其固有的尋找空間對應斑塊的問題,使得其配準方法具有挑戰性

  1. 使用基于強度的代價函數限制了基于DL的圖像配準框架的優勢
    主要創新點:
    1)利用GANs進行多模態醫學圖像配準,可以恢復更復雜的變形范圍
    2)損失函數的改進,加入VGG,SSIM損失和變形場可逆性(deformation field reversibility變形場可逆性,emmm感覺怪怪的)
    對于多模態配準,我們使用cGANs來保證生成的輸出圖像(即,轉換后的浮動圖像)與浮動圖像具有相同的特征(強度分布),而與參考圖像(不同模態)具有相似的位置。可以通過在圖像生成的損失函數中加入適當的約束來實現。此外,我們加強變形一致性,以獲得真實的變形場。這可以防止不切實際的配準,并允許任何圖像作為參考或浮動圖像。不需要對網絡進行再訓練,就可以從不屬于訓練集的模式中注冊新的測試圖像對。

網絡結構:

Fig. 1. (a) Generator Network; (b) Discriminator network. n64s1 denotes 64 feature maps (n) and stride (s) 1 for each convolutional layer.

生成網絡:




配準后的圖像為I_trans
待配準的圖像為I_Flt
固定圖像為I_Ref
I_trans 應該和I_Flt有相同的強度分布,和I_Ref有相同的結構信息
NMI(ITrans, IRef)表示IRef和IT rans之間的歸一化互信息(NMI)(normalized mutual information)再多模態配準任務中常使用
SSIM(IT rans, IRef)表示結構相似度指標(SSIM)[13],基于邊緣分布等計算圖像相似度
保證結構相似性
V GG(IT rans, IRef)是使用預訓練V GG - 16網絡的Relu 4 - 1層全部512個feature map的兩幅圖像之間的L2距離
VGG損失提高了魯棒性,因為成本函數考慮了在不同尺度上捕獲信息的多個特征映射

對抗損失

image.png
循環一致性損失
image.png

實驗:

實驗一:colour fundus images and fluorescein angiography (FA) images 彩色眼底圖像和熒光素血管造影(FA)圖像

評價標準:
registration error (ErrDef) :應用變形場和恢復變形場之間的配準誤差
95 percentile Hausdorff Distance (HD95):配準前后95% Hausdorff距離
mean absolute surface distance(MAD):配準前后的平均絕對表面距離
mean square error (MSE):配準后的FA圖像與原始未變形的FA圖像對比。


表1。對比視網膜圖像配準前后不同方法的平均性能。Time表示配準一個測試映像對所需的時間(以秒為單位)。

Fig. 2. Example results for retinal fundus and FA registration. (a) Color fundus image; (b) Original FA image; (c) ground truth difference image before simulated deformation; (d) Deformed FA image or the floating image; Difference image (e) before registration; after registration using (f) GANReg; (g) DIRNet; (f) Elastix .

實驗二:心臟圖像配準

Fig. 3. Example results for cardiac RV registration. Superimposed contours of the ground truth (red) and deformed segmentation mask of moving image (green): (a) before registration; after registration using (b) GANReg; (c) DIRNet; (d) Elastix.
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