使用的軟件:VASP, Origin, EidtPlus
輔助分析計算的小程序:gk.x, pbnf.x
一 能帶計算
1 結構優化
建立opt文件夾,編輯以下文件:
INCAR
SYSTEM=x # x為注釋名
ISTART=0
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=2
POTIM=0.25
NSW=100
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
LREAL=Auto
IALGO=48
ISYM=0
KPOINTS
auto
0
Monkhorst
x y z # x y z 為K點選取
0 0 0
POSCAR
導入在 Materials Studio 中轉換的坐標信息
POTCAR
導入贗勢庫中的原子信息,例:GeS
cat ~/xxx/PBE/Ge/POTCAR > POTCAR # ~/xxx 為贗勢庫存放路徑
cat ~/xxx/PBE/S/POTCAR >> POTCAR # 原子贗勢導入順序以POSCAR中為準
如果是集群,還需提交作業的腳本 vasp.job 如下
#!/bin/bash
#PBS -N vasp
#PBS -o job.log
#PBS -e job.err
#PBS -q batch
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
source ~/.bashrc
cd ~/xxx # ~/xxx 為文件路徑
mpirun -np 8 vasp > out </dev/null
提交作業
qsub vasp.job
計算結束后,cat out
查看體系是否收斂,如收斂則進入下一步計算。
2 靜態自洽計算
在 opt 文件夾下建立 scf 文件夾,編輯以下文件
INCAR
SYSTEM=x
ISTART=0
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=2
POTIM=0.25
NSW=0 # 修改
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
#LWAVE=FALSE # 修改
#LCHARG=FALSE # 修改
LREAL=Auto
#IALGO=48 # 修改
ISYM=0
KPOINTS
auto
0
Monkhorst
x y z # 較opt選取,k值增大
0 0 0
POSCAR和POTCAT
cp ../CONTCAR POSCAR
cp ../POTCAR .
提交作業,產生WAVECAR進行下一步計算
3 能帶計算
在 opt 文件夾下拷貝建立 band 文件夾
cp -rf scf band
編輯 band 下文件
INCAR
SYSTEM=x
ISTART=1 # 修改
ICHARG=11 # 從CHGCAR中讀入電荷分布,并且在計算中保持不變
LORBIT=10 # 增加
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=2
POTIM=0.25
NSW=0
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
LWAVE=FALSE # 修改
#LCHARG=FALSE
LREAL=Auto
#IALGO=48
ISYM=0
KPOINTS
1. 設置環境變量
vi ~/.bashrc
alias gk="~/software/ktool/gk.x"
alias pb="~/software/ktool/pbnf.x"
alias f="grep E-fermi OUTCAR"
alias lv="grep -A3 'lattice vectors' OUTCAR"
source ~/.bashrc
2. 編輯syml文件,例:
5 # 高對稱點數目
20 20 20 20 # 高對稱點間隔取點數目
G 0.0 0.0 0.0
M 0.5 0.0 0.0
K 0.5 0.0 0.5
Z 0.0 0.0 0.5
G 0.0 0.0 0.0 # 高對稱點選取
12.840000153 0.000000000 0.000000000 0.077881619 0.000000000 0.000000000
0.000000000 10.406299591 0.000000000 0.000000000 0.096095638 0.000000000
0.000000000 0.000000000 39.669998169 0.000000000 0.000000000 0.025207967 # 實坐標與虛坐標
-20.0 20.0 # 取值范圍
-0.0460 # 費米能級
實坐標與虛坐標通過命令lv
得到,費米能級通過命令f
得到,高對稱點可查閱參考文獻選取。
4 KPOINTS的獲取與編輯
輸入命令gk
獲取KOINTS文件,若文件后有多行零,則刪去,且第二行數據減去相應刪去行數。
提交作業,計算結束后生成 EIGENVAL 文件,輸入命令pb
得到能帶數據文件 bnd.dat 和 highk.dat,將數據導入Origin繪圖。
二 能帶繪圖
將能帶數據文件 bnd.dat 和 highk.dat 導入Origin, 前兩列為 bnd.dat 數據,后兩列為 highk.dat 數據,格式如圖,可使用 EditPlus 進行數據編輯。