本系列課程要求大家有一定的R語言基礎(chǔ)，對于完全零基礎(chǔ)的同學，建議去聽一下師兄的《生信必備技巧之——R語言基礎(chǔ)教程》。本課程將從最基本的繪圖開始講解，深入淺出的帶大家理解和運用強大而靈活的ggplot2包。內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標軸和圖例等。

本次課程所用的配套書籍是：《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本圖形外，師兄還會給大家講解箱線圖、提琴圖、熱圖、火山圖、氣泡圖、桑基圖、PCA圖等各種常用的生信圖形的繪制，還不趕緊加入收藏夾，跟著師兄慢慢學起來吧！

第二章：柱狀圖深入探究

• 柱狀圖加標簽：

# 添加標簽：
library(ggplot2)
library(gcookbook)
cabbage_exp <- cabbage_exp

# 標簽位置的設(shè)定：vjust參數(shù)；
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) +
  geom_bar(stat="identity") +
  geom_text(aes(label=Weight), vjust=1.5, colour="white")

加標簽01

ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) +
  geom_bar(stat="identity") +
  geom_text(aes(label = Weight), vjust=-0.2)


# 為了防止標簽跑出圖形，可以調(diào)整y軸的范圍：
# 方法一：ylim()函數(shù)：
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight)) + 
  geom_bar(stat="identity") + 
  geom_text(aes(label=Weight), vjust=-0.2) + 
  ylim(0, max(cabbage_exp$Weight)* 1.05)

# 方法二：以weight為基準，調(diào)節(jié)y值，圖形高度會自動適配：
ggplot(cabbage_exp, aes(x=interaction(Date, Cultivar), y=Weight))+
  geom_bar(stat="identity")+
  geom_text(aes(y = Weight + 0.1, label = Weight))

加標簽02

# 分組柱狀圖加標簽：需要設(shè)定position_dodge(),以調(diào)整字體的合適位置；
ggplot(cabbage_exp, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge") + 
  geom_text(aes(label=Weight), vjust=1.5, color="white",
            position=position_dodge(.9), size=3)

加標簽03

library(plyr) 
# 堆積柱狀圖添加lable
ce <- arrange(cabbage_exp, Date, Cultivar)

ce<-ddply(ce, "Date", transform, label_y=cumsum(Weight))

ce$Cultivar <- factor(ce$Cultivar,levels = c("c52","c39"))

ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
  geom_bar(stat="identity") + 
  geom_text(aes(y=label_y, label=Weight), vjust=1.5, colour="white")

# 修改lable至中央：
ce <- arrange(cabbage_exp, Date, Cultivar)

ce<-ddply(ce, "Date", transform, label_y=cumsum(Weight)-0.5*Weight)

ce$Cultivar <- factor(ce$Cultivar,levels = c("c52","c39"))

ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
  geom_bar(stat="identity") + 
  geom_text(aes(y=label_y, label=Weight), vjust=1.5, colour="white")

加標簽04

# 添加單位，并修改顏色模式
ggplot(ce, aes(x=Date, y=Weight, fill=Cultivar))+
  geom_bar(stat="identity", colour="black")+
  geom_text(aes(y=label_y, label=paste(format(Weight, nsmall=2), "kg")),size=4)+ 
  scale_fill_brewer(palette="Pastel1")

加標簽05

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