上游分子的查找
上游分子的思路,總體為以miRNA為橋梁,
由mRNA向上尋找能特異性調控的miRNA,可以用targetscan預測。
由最上游的Lnc或者circRNA向下預測miRNA,circRNA的網站為
https://circinteractome.nia.nih.gov/miRNA_Target_Sites/mirna_target_sites.html
例如
如果DDX11為促癌基因,向上游尋找miRNA時應該尋找tumor中低的miRNA,再上游的Lnc和circRNA則也應該高表達。總的來說miRNA與mRNA相互拮抗,Lnc和circ抑制miRNA。
先targetscan 找到mRNA上的miRNA
(可以通過GEO數據庫查詢,看他發了文章沒有)文章中找lnc或者circ表達符合預期者,向下與預測,取其交集。
尋找microTCGA數據庫,驗證其生存,表達差異,確定其是否符合預期。
拓展:
在GEO數據庫中,micro如果可以和一些臨床信息相關,比如淋巴結轉移,復發等會比較好。