主要干燥為此一旦確定目標低溫速凍柜產(chǎn)品溫度通常比臨界溫度低幾度，確定/控制的唯一兩個變量是架子溫度和速凍柜系統(tǒng)真空度。 在一次干燥期間，系統(tǒng)壓力和擱板溫度被設定和控制在一起以產(chǎn)生合適的產(chǎn)品溫度。 推薦的方法是首先使用冰床的蒸氣壓來設定系統(tǒng)壓力。 使用熱電偶監(jiān)測產(chǎn)品溫度，然后緩慢升高擱板低溫速凍柜溫度設定點，直到產(chǎn)品達到其目標溫度。?
當獲得目標產(chǎn)品溫度時，擱架溫度保持恒定以實現(xiàn)一次干燥的平衡。 某些產(chǎn)品在濾餅的干燥部分具有高的蒸汽流動阻力，可能需要在第一次干燥結束時降低擱板溫度，以使速凍柜產(chǎn)品溫度保持在目標值，并避免瓦解。不建議在一次干燥期間任意重復地增加低溫速凍柜架子溫度，如在一些較舊的傳統(tǒng)循環(huán)中所看到的那樣。?
利用冰床的蒸汽壓力是確定冷凍干燥適宜壓力的科學方法。 一般的指導方針是選擇在目標產(chǎn)品溫度下冰的蒸氣壓為的系統(tǒng)壓力。 這是 產(chǎn)品厚度水蒸氣分子從產(chǎn)品的干燥部分出來時遇到阻力。 較薄的樣品對蒸汽流動的阻力較小，導致干燥較快。 冷凍干燥機可以配置“止動”功能，以便在產(chǎn)品仍處于部分真空狀態(tài)時密封低溫速凍柜產(chǎn)品。通常情況下，速凍柜塞上裝有部分塞子的塞子。 貨架折疊，使得每個貨架都壓下位于相鄰貨架上的小瓶/塞子。
