《百年孤獨》的主題是多義莫明的，而其象征隱喻使其情節更加撲朔迷離。然而，縱觀全書，以下三大方面最為突出：
重復的悲劇
與其說這是一個奇怪的現象，不如說成是宿命，因為布恩迪亞家族的后代們都繼承了前代的秉性，連同悲慘的命運。更有趣的是重復的名字像是標簽一樣將他們分成了性格迥異的幾類人，而烏爾蘇拉從家族漫長歷史上重復命名的傳統中也得出這一結論：“所有叫奧雷里亞諾的都性格孤僻，但頭腦敏銳，富于洞察力；所有叫何塞·阿爾卡蒂奧的都性格沖動，富于事業心，但命中注定帶有悲劇色彩。”這兩類人形成了鮮明對比，像是走著兩條相反的路，然而其結局又殊途同歸，唯一的共同點是家傳的孤獨氣質，讓一切又回到了原點。全書的情節正是圍繞那些“奧雷里亞諾”、“阿爾卡蒂奧”、“蕾梅黛絲”、“阿瑪蘭妲”、“烏爾蘇拉”（見布恩迪亞家譜）展開的，他們就好像是鏡中的另一個自己，而羊皮書預言馬孔多為鏡子之城也正應驗了這一點——布恩迪亞家族的宿命輪回就像是鏡子一樣。
我們能夠想象，當兩面鏡子對立的時候，就能從一面鏡子中看到這一面在另一面中的像。這是一個很有趣的現象，因為每一面鏡子里都能看到鏡子套著鏡子再套著鏡子再套著鏡子……這時，平面鏡擁有了深度，無休止的鏡子的套疊猶如向內伸展的時空隧道，光在兩面鏡子之間徒勞地重復著反射的過程，直到最終消失在隧道深處無光的黑暗中。布恩迪亞家族的人們就是如此重復著周而復始的命運，他們被困在彼此的對應之中，如同光無法逃離兩面鏡子的囚禁，這個家族也無法走出命運的怪圈，直到這個孤獨的家族在百年后耗盡自身，永遠消失在颶風之中。
這現象早在何塞·阿爾卡蒂奧·布恩迪亞某天似乎參透了羊皮書真諦而陷入永久的譫妄所見到的景象時埋下了伏筆：“他花了六個小時觀察各種事物，試圖找出一分一毫與前一天的不同之處，期待發現某種變化能證明時間的流逝……星期五，他在誰都沒起床時又去觀察外界的狀況，最后徹底確認了仍是星期一。”
更有趣的是在烏爾蘇拉失明之后只用剩余的四種感官便輕而易舉地關注到家里每個人的動靜和每一個角落，因為“她發現家里的每個人每天都在無意中重復同樣的路線，做同樣的事，甚至在同一時刻說同樣的話。”而正是這種重復導致了家族的悲劇，盡管布恩迪亞家族為馬孔多創造或引進許多新事物，依舊改變不了滅亡的悲劇。那基于本質的孤獨之上的無止境的探求只是加速了悲劇發生的催化劑。
魔幻的現實
馬爾克斯作為魔幻現實主義代表作家，全書最具魔幻色彩的地方莫過于展現神秘的拉美。許多我們以為死氣沉沉的東西，在馬爾克斯的“魔杖”揮舞下似乎都具有了神奇的魔力，而且令人不可思議的是，它們突破了人們慣常的認識，將讀者帶進一個神奇的魔幻空間，感官的靈敏度仿佛被放大了許多倍，感覺周遭都是活的氣息，比如神秘莫測的吉普賽人、會飛的魔毯、戴上能使人青春煥發的假牙、會傳染的失眠癥、咯啦咯啦不停作響的骨殖、下了接近五年的暴雨、深奧難解的羊皮書、和死亡相聯系的橙色圓盤、布恩迪亞家真實的鬼魂們……
《百年孤獨》就好像是預言家憑空想象出來的故事一般，因為小說真有那么兩個關鍵性的預言家（貫穿始終的線索人物）——梅爾基亞德斯和庇拉爾·特爾內拉——在謀篇布局主導著一切。這是作者有意安排的暗線，主線上是布恩迪亞家族的大起大落，而兩位暗線人物總是恰到好處地出現，讓故事能按著預言的軌道更好地發展下去。預言本是玄奧虛幻的東西，然而在小說里都順理成章地應驗了。當然，這也是作者有意將拉美瑪雅預言援引進小說。
梅爾基亞德斯到底是一個神秘莫測的吉普賽人，就如布恩迪亞家族為他的墓碑提上僅對他的全部了解的“梅爾基亞德斯”一樣。早已因熱病死于新加坡沙洲上的人，卻又奇跡般出現，將馬孔多的所有人從失眠癥的夢魘中解救出來，而再次死后又以魂魄的形式出現在布恩迪亞的男人們面前，和那記載著布恩迪亞家族命運的羊皮書一起，促使他們瘋狂地陷入解讀羊皮書之謎的使命當中。這正體現著拉丁美洲的魔幻之處：保持與亡靈的聯系，這和阿拉丁神燈中藏著宿主有異曲同工之妙。
除了梅爾基亞德斯，庇拉爾·特爾內拉也是小說中一個見證了布恩迪亞家族從初創到滅亡全過程的神秘人。她不像梅爾基亞德斯全程作為局外人，而是通過性關系參與到家族中來。布恩迪亞家從第三代起（除了17個外來兒）都成了她的子孫，而從此布恩迪亞家族血脈里的愛恨情仇和淫亂也似乎因這個女人的出現而愈演愈烈。她的出現為布恩迪亞家族的孤獨劈開了另一個豁口，讓孤獨往情欲中去尋找發泄的出路（梅爾基亞德斯則是讓布恩迪亞家族的孤獨在理性的專注中升華）。
小說中還有一些象征隱喻的寫法，比如文中各種各樣的黃色的東西：小黃花、黃蝴蝶、黃玫瑰、黃蕎糊、金黃色的衣服、金黃色的馬、金黃色的錢幣、金黃色的小魚。這種頻繁出現的黃色的東西具有深刻的象征意義，因為黃色是印第安人視為兇兆的顏色，是根據有關虎神傳說引伸而來的。馬爾克斯將黃色當作書中一切腐敗沒落、死亡、離散、苦難的象征。在小說中，只要是出現了黃色的東西，就會伴隨著發生一些不幸的災難，如死亡、衰敗和病患；或者反映人物的某種心境，如孤獨、郁悶等等。當然，文中也多次出現預示著死亡的橙色圓盤（不要誤以為是UFO）以及阿瑪蘭妲·烏爾蘇拉所描述的死亡彼岸的“橙色呼嘯”和“隱形球體”，而小說的魔幻色彩遠不止這些……
永恒的孤獨
讀完這本書的時候，我滿腦子都是這個家族每一個人的身影。他們都那么鮮活，那么特立獨行，那么孤獨于世！馬爾克斯像是在所有文字上都施了魔咒，我一邊看書，一邊胸中涌上莫大的悲哀！
孤獨是本書最大的也是一個永恒的主題，書里的每一個人都在用不同的方式來表達和宣泄自己的孤獨。何塞?阿爾卡蒂奧?布恩蒂亞——這家族的第一人——瘋狂地追求吉普賽人帶來的先進文化與科技來排解孤獨,以致于陷入譫妄而被綁到院子的栗樹上。烏爾蘇拉——這家族中最長壽的人——用瘋狂的勞動來使這個“盡出瘋子的家庭”稍顯正常，深諳家里的每一個人，但到最后，她將過去與現在完全混淆，只剩默默的祈禱。麗貝卡——食土和墻皮來驅除孤獨——晚年后住進土耳其大街上的一間房子，她曾經在泥土的味道中，在皮埃特羅?克雷斯皮芬芳的書信里，在丈夫如狂風暴雨的床塌上徒勞地尋尋覓覓，最終卻在這個家中找到安寧。奧雷里亞諾?布恩蒂亞上校，發動過三十二場武裝起義，與十七個女人生下十七個兒子，一夜之間被逐個除掉。他逃過十四次暗殺，七十三次伏擊和一次槍決。他成年后幾乎一直在戰斗，但卻不知道為了什么而戰，在生命的最后階段，一直在煉金室里制作小金魚，做了拆，拆了做，以求得內心的平靜（上校承受的孤獨介于神和人的孤獨，神的孤獨是自由意識里的桀驁，而人的孤獨在于信仰破滅時人性的游離迷茫）。阿瑪蘭妲，為了與麗貝卡爭奪皮埃特羅?克雷斯皮，想盡一切辦法，卻在前者和何塞?阿爾卡蒂奧結婚后，先后拒絕了皮埃特羅?克雷斯皮和赫里內勒多?馬爾克斯上校及她的侄子奧雷里亞諾?何塞的求婚。后來死神讓她即日起做一件精美的壽衣，還告訴她會死在完工的當天傍晚。于是她一直在重復地織壽衣，最終也如期離開。美人兒蕾梅黛絲永遠停留在天真爛漫的童年，對各樣人情世故越發排斥，喜歡光著身子在房子里走，因為感覺穿胸衣和襯裙費事兒而縫制了一件麻布長袍，因為感覺修剪，整理頭發費事兒，而把垂至腿肚的長發剪掉。這不禁讓我想起了《不能承受的生命之輕》中特蕾莎母親的話：在這個世界里，青春和美貌是無意義的，世界只不過是一個巨大的肉體集中營，一具具肉體彼此相像，而靈魂是根本看不見的。她始終如孩子般生活，與家里的氛圍格格不入，最終她卻在眾目睽睽之下消失于“連飛的最高的回憶之鳥也無法企及的高邈空間”。奧雷里亞諾第二，他的一生中前期由于和情婦一起圈養的牲畜的不可思議的繁殖力——“她的愛具有催化自然的能力”——可謂極度奢華，曾用紙幣糊滿整個房間，好賓客，喜交游。他死后，生前好友留下的花圈上的悼詞寫著“讓一讓，母牛們，生命短暫啊！”梅梅，她厭惡母親對自己生活的安排，愛上母親深惡痛絕的香蕉公司的一個工人，在浴室偷情被母親發現后送到修道院，生下一個私生子，多年后衰老而死，終生一言未發。阿瑪蘭妲?烏爾蘇拉，同樣被送到外地留學，她和丈夫回到家鄉后極盡歡愉，最終卻也在自己的丈夫出差之際和自己的侄子小奧雷里亞諾廝守，生下帶有豬尾巴的孩子，自己分娩后失血過多而死。小奧雷里亞諾，梅梅的私生子，幽禁于家中苦讀，知識淵博，致力于破譯吉卜賽智者梅爾基亞德斯留下的羊皮書上的梵文。后來迷戀姨媽阿瑪蘭妲·烏爾蘇拉，并與之結合，喪妻失子后突然大徹大悟，發現羊皮書上預言的整個家族的歷史，而馬孔多也毀滅在颶風中……
布恩迪亞家族的孤獨是與生俱來的。這種孤獨深入骨髓，是布恩迪亞家族的宿命。無論是情欲的放縱還是專注的研究，或披荊斬棘尋找出路和引進新事物，以及對自由的抗爭等等，都無法改變孤獨的本質——尋找自己。孤獨造就了他們，也毀滅了他們。他們除了孤獨，一無所有。而這種孤獨所帶來的特立獨行和“各自為政”正是導致了家族和馬孔多的衰落。家族中的幾代人，夫妻、父子、母女、兄弟姐妹之間，幾乎如出一轍的沒有感情溝通，缺乏信任和了解，孤獨、苦悶和互相猜忌。
馬爾克斯在《百年孤獨》獲得諾貝爾獎時說：孤獨的反義詞的團結。自19世紀中期到20世紀七十年代的一個多世紀里，愚昧閉塞和混亂是百年不變的內因，而美國人、獨裁者是外因。拉丁美洲的命運，不是前進，而是徘徊，經歷了百年，又回到原位。而真正的孤獨恐怕正映襯著羊皮書上的預言——無人能夠理解栗樹下的譫語以及肉體為螞蟻侵食而盡的蒼涼。
