生物信息學共線性分析軟件MCScanX的小白安裝手冊

2019年6月20日20:44

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一、linux系統的選擇:由于目的不是為了折騰系統相關的美化,所以選擇ubuntu和centos之一。

我是用的是ubuntu kylin,是ubuntu的中國定制版,較為美觀。由于cpu是6200U,為雙核四線程64位處理器,所以下載了64位系統(https://www.ubuntukylin.com/downloads/

也可以選擇32位系統,這樣在配置MCScanX的時候,不用在.h文件頭添加#include<>其實還是要加。


二、選擇并下載好系統iso文件之后,裝備一個U盤,使用RUFUS(https://rufus.ie/)將iso文件燒錄進去,也就是解壓。

(建議不要分盤用一塊磁盤安裝或者使用win10中自帶的ubuntu bash 也可以親測可以。)<h4>不建議使用雙系統,對初學者非常不友好,不裝雙系統的同學直接跳到 三-①準備部分

在win系統是uefi啟動時,可直接將ISO解壓放在U盤的根目錄,重啟按F12選擇啟動器就可以進入安裝。

但是如果不是的話, 或者不知道自己是不是UEFI啟動,就將ISO文件燒錄進去。這一步將會把U盤上的資料完全刪除,要做好備份,U盤的容量至少為8G。


三-①? 雙系統部分

在磁盤中分配出一塊空間用于安裝linux,最少建議90G。接著分配磁盤空間:

鍵盤按下win+x,選擇磁盤管理


壓縮卷操作不做贅述


我的磁盤1已經裝好了ubuntu,所以已經瓜分過分區。右鍵你想分配的磁盤,選擇壓縮卷

會要求輸入要分配的空閑的磁盤的容量,按你的實際情況輸入,如90G也就是92160MB。之后點擊壓縮會有一塊黑色的區域就是你分配給linux的磁盤。

然后將U盤插在USB口上,然后參考這篇下面的blog:Windows 下安裝 Ubuntu 雙系統(更新)

需要注意的是對于空間的分配,最少建議:

/boot ???????? 300MB

/? ? ? ? ? ? ? ? ?20480MB·

/home? ? ? ? ?61440MB·

Swap? ? ? ? ? 8192 MB

也就是說最少也要90G。充分理解步驟,最好記錄下來,或者用另一臺設備看帖子安裝。

將電腦重啟,開機按F12進入bios中的選擇啟動項為你的U盤,一般來說就是U盤的名字或者型號,看容量大小就知道了。

然后根據blog安裝就可以了,要注意分區之后要把啟動器安裝在/boot的磁盤分區中!

這一步如果遇到了不會分區或者分區錯誤想變更的話,可以右鍵進行刪除,一定注意不要隨便點下一步,一定要確定好,寧愿退回到上一步去重新分區也不要馬虎。好好看上面的blog。




三-②準備部分

下載linux中MCScanX所需要的環境:

需要先在win10中下載好,保存到U盤中,當然是在燒錄之后啦~

? Zlib庫文件(http://www.zlib.net)注意校驗。

? libpng文件(http://www.libpng.org/pub/png/libpng.html注意不要下載zip版本,/configure代碼會提出語法錯誤

? 至于jdk在ubuntu中用apt命令安裝就可以了。



四、安裝好之后進入桌面開始配置環境

工具包括但不限于gedit? 、7z? 、axel? 、wget? 等。

java需要重新安裝 以及安裝中命令未找到的軟件包等。進入系統之后之后要先更新軟件

? ? sudo apt update

? ? sudo apt upgrade

MCScanX需要在jdk和libpng的環境下運行,而libpng又需要zlib。這就是為什么要下載那些東西。所以首先就是安裝zlib:

1. 將壓縮包解壓縮到一個同名文件夾中,進入這個文件夾,右鍵打開終端。

./configure

make

make install

2. 然后是安裝libpng,命令也是一樣的,進入libpng解壓好的文件夾打開終端

./configure

? ? make

? ? make install

不可以報錯,報錯的話可以參考文章的最后,有一些錯誤解決方法。

然后開始安裝 jdk,在任意位置打開終端輸入

java

然后會顯示可用的java版本,等待你選擇安裝,或者顯示出很多可用的java命令,都是有可能的,跟linux發行版不同有關。不管怎么樣,咱們都是重新安裝,那就根據屏幕提示使用

? ? sudo apt install xxxxxx

安裝1.8版本或者11版本,然后安裝完之后對profile進行配置

? ? sudo gedit /etc/profile

如果顯示gedit不是可用命令就先安裝gedit,命令是:

? ? sudo apt install gedit

然后再

sudo gedit /etc/profile

會打開一個對話框,然后再文件開頭的 #include < xxx >下另起一行

粘貼下面的代碼:

export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

其中

? ? java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201? ? ? 是javac的解壓目錄

然后保存退出,再打開剛才的終端輸入

? ? source /etc/profile

現在在終端輸入

java

會顯示可用的命令,再試著輸入

javac

顯示可用的命令。

最后就是安裝MCScanX了!

哦?你不會忘記下載了吧。。沒關系,在linux中打開瀏覽器,進入MCScanx: Multiple Collinearity Scan toolkit下載后解壓到同名文件夾然后打開終端:

直接? ? ?

make

?此處報錯的話見文章最后解決辦法

就此就完成了,你可以試著運行他給出的例子:

比如duplicate_gene_classifier,在你data目錄下新建兩個空文件at.gff; at.blast,內容點擊進去復制保存到各自文件中,然后使用command中命令就可以出結果了,輸出文件是

at.gene_type,也可以在目錄中找到

? 這是我運行的結果:

MCScanX的使用注意事項:

1. 輸入文件需要按照手冊規定建立文件名,必須在DATA目錄下

2.程序運行命令需要在analyze文件夾下,嚴格按照手冊規定的格式輸入



> 后記:在幫助別人安裝時,發現了一些坑,附在最后供參考查閱。

一.安裝zlib時報錯: ./configure 報錯顯示too? harsh

>這是configure把werror當成了error處理 兩個辦法:

>1.將too harsh字段的檢查刪去

> 2.

sudo apt-get install build-essential?

之后再

./configure?

二、javac命令找不到

> 1.重新裝java之后

> 2.改路徑 進入配置文件:

sudo gedit /etc/profile

然后將?

export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin export

CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

寫入

其中java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201 是javac解壓目錄

三、libpng庫編譯錯誤

一定要下載`.tar.xz`格式

zip`格式解壓文件中,configure文件中存在語法錯誤?

四、MCScanX

不兼容64系統?是因為頭文件沒把引用庫引用全,手動添加? `#include <unistd.h>`?

到以下三個文件中?

?`msa.h,`

`dissect_multiple_alignment.h,`

`and detect_collinear_tandem_arrays.h`?

> 推薦用gedit打開

> 命令為:`

gedit mas.h`

>?

>? ? (ps:其實我做教程的最初目的是幫助計算機小白安裝

>? ? 這里說的絕對不是我的一個朋友(滑稽),我自己并不會生物工程,kira~)

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