2019年6月20日20:44

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一、linux系統的選擇：由于目的不是為了折騰系統相關的美化，所以選擇ubuntu和centos之一。

我是用的是ubuntu kylin，是ubuntu的中國定制版，較為美觀。由于cpu是6200U，為雙核四線程64位處理器，所以下載了64位系統（https://www.ubuntukylin.com/downloads/）

也可以選擇32位系統，這樣在配置MCScanX的時候，不用在.h文件頭添加#include<>其實還是要加。

二、選擇并下載好系統iso文件之后，裝備一個U盤，使用RUFUS（https://rufus.ie/）將iso文件燒錄進去，也就是解壓。

（建議不要分盤用一塊磁盤安裝或者使用win10中自帶的ubuntu bash 也可以親測可以。)<h4>不建議使用雙系統，對初學者非常不友好，不裝雙系統的同學直接跳到 三-①準備部分

在win系統是uefi啟動時，可直接將ISO解壓放在U盤的根目錄，重啟按F12選擇啟動器就可以進入安裝。

但是如果不是的話， 或者不知道自己是不是UEFI啟動，就將ISO文件燒錄進去。這一步將會把U盤上的資料完全刪除，要做好備份，U盤的容量至少為8G。

三-①? 雙系統部分

在磁盤中分配出一塊空間用于安裝linux，最少建議90G。接著分配磁盤空間：

鍵盤按下win+x，選擇磁盤管理

壓縮卷操作不做贅述

我的磁盤1已經裝好了ubuntu,所以已經瓜分過分區。右鍵你想分配的磁盤，選擇壓縮卷

會要求輸入要分配的空閑的磁盤的容量，按你的實際情況輸入，如90G也就是92160MB。之后點擊壓縮會有一塊黑色的區域就是你分配給linux的磁盤。

然后將U盤插在USB口上，然后參考這篇下面的blog：Windows 下安裝 Ubuntu 雙系統(更新)

需要注意的是對于空間的分配，最少建議:

/boot ???????? 300MB

/? ? ? ? ? ? ? ? ?20480MB·

/home? ? ? ? ?61440MB·

Swap? ? ? ? ? 8192 MB

也就是說最少也要90G。充分理解步驟，最好記錄下來，或者用另一臺設備看帖子安裝。

將電腦重啟，開機按F12進入bios中的選擇啟動項為你的U盤，一般來說就是U盤的名字或者型號，看容量大小就知道了。

然后根據blog安裝就可以了，要注意分區之后要把啟動器安裝在/boot的磁盤分區中！

這一步如果遇到了不會分區或者分區錯誤想變更的話，可以右鍵進行刪除，一定注意不要隨便點下一步，一定要確定好，寧愿退回到上一步去重新分區也不要馬虎。好好看上面的blog。

三-②準備部分

下載linux中MCScanX所需要的環境：

需要先在win10中下載好，保存到U盤中，當然是在燒錄之后啦~

? Zlib庫文件（http://www.zlib.net）注意校驗。

? libpng文件（http://www.libpng.org/pub/png/libpng.html）注意不要下載zip版本，/configure代碼會提出語法錯誤

? 至于jdk在ubuntu中用apt命令安裝就可以了。

四、安裝好之后進入桌面開始配置環境

工具包括但不限于gedit? 、7z? 、axel? 、wget? 等。

java需要重新安裝 以及安裝中命令未找到的軟件包等。進入系統之后之后要先更新軟件

? ? sudo apt update

? ? sudo apt upgrade

MCScanX需要在jdk和libpng的環境下運行，而libpng又需要zlib。這就是為什么要下載那些東西。所以首先就是安裝zlib：

1. 將壓縮包解壓縮到一個同名文件夾中，進入這個文件夾，右鍵打開終端。

./configure

make

make install

2. 然后是安裝libpng，命令也是一樣的，進入libpng解壓好的文件夾打開終端

./configure

? ? make

? ? make install

不可以報錯，報錯的話可以參考文章的最后，有一些錯誤解決方法。

然后開始安裝 jdk,在任意位置打開終端輸入

java

然后會顯示可用的java版本，等待你選擇安裝，或者顯示出很多可用的java命令，都是有可能的，跟linux發行版不同有關。不管怎么樣，咱們都是重新安裝，那就根據屏幕提示使用

? ? sudo apt install xxxxxx

安裝1.8版本或者11版本，然后安裝完之后對profile進行配置

? ? sudo gedit /etc/profile

如果顯示gedit不是可用命令就先安裝gedit，命令是：

? ? sudo apt install gedit

然后再

sudo gedit /etc/profile

會打開一個對話框，然后再文件開頭的 #include < xxx >下另起一行

粘貼下面的代碼：

export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

其中

? ? java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201? ? ? 是javac的解壓目錄

然后保存退出，再打開剛才的終端輸入

? ? source /etc/profile

現在在終端輸入

java

會顯示可用的命令，再試著輸入

javac

顯示可用的命令。

最后就是安裝MCScanX了!

哦？你不會忘記下載了吧。。沒關系，在linux中打開瀏覽器，進入MCScanx: Multiple Collinearity Scan toolkit下載后解壓到同名文件夾然后打開終端：

直接? ? ?

make

?此處報錯的話見文章最后解決辦法

就此就完成了，你可以試著運行他給出的例子：

比如duplicate_gene_classifier，在你data目錄下新建兩個空文件at.gff; at.blast，內容點擊進去復制保存到各自文件中，然后使用command中命令就可以出結果了，輸出文件是

at.gene_type，也可以在目錄中找到

? 這是我運行的結果：

MCScanX的使用注意事項:

1. 輸入文件需要按照手冊規定建立文件名，必須在DATA目錄下

2.程序運行命令需要在analyze文件夾下，嚴格按照手冊規定的格式輸入

> 后記：在幫助別人安裝時，發現了一些坑，附在最后供參考查閱。

一.安裝zlib時報錯： ./configure 報錯顯示too? harsh

>這是configure把werror當成了error處理 兩個辦法：

>1.將too harsh字段的檢查刪去

> 2.

sudo apt-get install build-essential?

之后再

./configure?

二、javac命令找不到

> 1.重新裝java之后

> 2.改路徑 進入配置文件：

sudo gedit /etc/profile

然后將?

export JAVA_HOME=/usr/share/java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin export

CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

寫入

其中java/jdk1.8.0_201/jdk1.8.0_201 是javac解壓目錄

三、libpng庫編譯錯誤

一定要下載`.tar.xz`格式

zip`格式解壓文件中，configure文件中存在語法錯誤?

四、MCScanX

不兼容64系統？是因為頭文件沒把引用庫引用全，手動添加? `#include <unistd.h>`?

到以下三個文件中?

?`msa.h,`

`dissect_multiple_alignment.h,`

`and detect_collinear_tandem_arrays.h`?

> 推薦用gedit打開

> 命令為：`

gedit mas.h`

>?

>? ? （ps:其實我做教程的最初目的是幫助計算機小白安裝

>? ? 這里說的絕對不是我的一個朋友（滑稽），我自己并不會生物工程，kira~）