blast

blast是生物信息分析中比較常用的軟件.

sequenceserver

最近想搭建一個局部的web界面的blast,搜到了sequenceserver.
軟件有一些bug,但是它會讓你熟悉blast的整個流程,有參考價值.

blastn

查詢序列和數據庫序列相同,為:

>a
AGCTAGCT
>b
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>c
AATAAGCACCAGCAGTTGAAATACAGTCGGTTGAAAACTTGCCGGGTCGGGTGAAATGCG

blastn命令

makeblastdb -in $fa -parse_seqids -dbtype nucl
blastn -db $db -query $fa -evalue 1e-5 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 -num_threads 1 > $out

結果為:

c c 100.00 60 0 0 1 60 1 60 2e-30 111

只有c序列比對上了;為什么a,b序列都沒有比對上?

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