使用的軟件：VASP, VESTA, SshClient

Definition

• 差分電荷密度 (deformation charge density) : 成鍵后的電荷密度與對應(yīng)的點的原子電荷密度之差。通過差分電荷密度的計算和分析，可以清楚地得到在成鍵和成鍵電子耦合過程中的電荷移動以及成鍵極化方向等性質(zhì)。
• 二次差分電荷密度 （difference charge density） ：指同一個體系化學(xué)成分或者幾何構(gòu)型改變之后電荷的重新分布。

一 差分電荷密度計算

Charge density difference of system AB: ?ρ = ρAB ? ρA ? ρB

NOTE:

1. AB, A, B 需放在相同大小的空間格子。
2. In calculation of the latter two quantities, the atomic positions are fixed as those they have in the AB system.
3. Some NGX NGY NGZ

結(jié)構(gòu)優(yōu)化后的自洽計算

mkdir AB
mkdir A
mkdir B

INCAR file

SYSTEM=X
ISTART=0
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=-1 
POTIM=0.25
NSW=0 # Only electronic-SC loops are performed
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
#LWAVE=FALSE
#LCHARG=FALSE # CHGCAR is written
LREAL=Auto
#IALGO=48
ISYM=0
NGX=x # 增加
NGY=y # 增加
NGZ=z # 增加

• NGZ NGY NGZ 的獲取：在結(jié)構(gòu)優(yōu)化的 OUTCAR 文件中搜索，設(shè)置環(huán)境變量后輸入ngx獲得

vi ~/.bashrc
alias ngx="grep -A3 'NGX' OUTCAR"
source ~/.bashrc

POSCAR file

cp opt/CONTCAR POSCAR

A, B 各自保留優(yōu)化后的 POSCAR 部分，編輯刪除 POSCAR 文件

vi POSCAR
:set nu # 獲取編輯行數(shù)
:x,y d # 刪除 x 行至 y 行
:wq

POTCAR 與 POSCAR 信息相符即可，KPOINTS 與自洽計算時相同，提交作業(yè)，計算完成后，獲得三個 CHGCAR 文件，使用 SshClient 導(dǎo)出。

二 圖像處理

1. 使用軟件 VESTA 打開 AB 的 CHGCAR
2. Edit - Edit Data - Volumetric Data - Import (A CHGCAR) - Select Substract from current data - OK
3. Edit - Edit Data - Volumetric Data - Import (B CHGCAR) - Select Substract from current data - OK
4. Edit - Bonds - New - search molecules 和 Do not search atoms… - Max.length=3 - OK
5. 取消勾選 Volumetic date 下的 Show sections
6. Click Properties… to modify the isosurface
7. Select the format whatever you like and save.