使用的軟件：VASP, VESTA, SshClient
Definition
- 差分電荷密度 (deformation charge density) : 成鍵后的電荷密度與對應的點的原子電荷密度之差。通過差分電荷密度的計算和分析，可以清楚地得到在成鍵和成鍵電子耦合過程中的電荷移動以及成鍵極化方向等性質。
- 二次差分電荷密度 （difference charge density） ：指同一個體系化學成分或者幾何構型改變之后電荷的重新分布。
一 差分電荷密度計算
Charge density difference of system AB: ?ρ = ρAB ? ρA ? ρB
NOTE:
- AB, A, B 需放在相同大小的空間格子。
- In calculation of the latter two quantities, the atomic positions are fixed as those they have in the AB system.
- Some NGX NGY NGZ
結構優化后的自洽計算
mkdir AB
mkdir A
mkdir B
INCAR file
SYSTEM=X
ISTART=0
ENCUT=350
EDIFF=1E-5
IBRION=-1
POTIM=0.25
NSW=0 # Only electronic-SC loops are performed
EDIFFG=-1E-2
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
PREC=ACCURATE
ISIF=2
NPAR=4
#LWAVE=FALSE
#LCHARG=FALSE # CHGCAR is written
LREAL=Auto
#IALGO=48
ISYM=0
NGX=x # 增加
NGY=y # 增加
NGZ=z # 增加
- NGZ NGY NGZ 的獲取：在結構優化的 OUTCAR 文件中搜索，設置環境變量后輸入
ngx獲得
vi ~/.bashrc
alias ngx="grep -A3 'NGX' OUTCAR"
source ~/.bashrc
POSCAR file
cp opt/CONTCAR POSCAR
A, B 各自保留優化后的 POSCAR 部分，編輯刪除 POSCAR 文件
vi POSCAR
:set nu # 獲取編輯行數
:x,y d # 刪除 x 行至 y 行
:wq
POTCAR 與 POSCAR 信息相符即可，KPOINTS 與自洽計算時相同，提交作業，計算完成后，獲得三個 CHGCAR 文件，使用 SshClient 導出。
二 圖像處理
- 使用軟件 VESTA 打開 AB 的 CHGCAR
- Edit - Edit Data - Volumetric Data - Import (A CHGCAR) - Select Substract from current data - OK
- Edit - Edit Data - Volumetric Data - Import (B CHGCAR) - Select Substract from current data - OK
- Edit - Bonds - New - search molecules 和 Do not search atoms… - Max.length=3 - OK
- 取消勾選 Volumetic date 下的 Show sections
- Click Properties… to modify the isosurface
- Select the format whatever you like and save.
