1.kegg數(shù)據(jù)庫下載

通常我們?nèi)绻阎硞€(gè)基因，想對這個(gè)基因做通路很簡單，直接用kegg的網(wǎng)頁注釋就可以；如果想知道某個(gè)通路里相關(guān)的所有基因列表，要找全的話只能從數(shù)據(jù)庫里調(diào)了。數(shù)據(jù)庫下載方式，參考本文：什么？KEGG數(shù)據(jù)你竟然還不會(huì)下載！！

人類的kegg注釋文件下載https://pan.baidu.com/s/1o7XseDG.

A，B開頭分別代表KEGG的分類；

C開頭代表代謝通路，pathway；

D開頭代表該通路里邊的基因，其中第二列為ncbi_entrez_id和gene?Symbol；

2.kegg數(shù)據(jù)庫各前綴含義

參考KEGG Map基礎(chǔ)概念（一）；

1）?K+num，表示在所有同源物種中具有相似結(jié)構(gòu)或功能的一類同源蛋白；（注：K大寫）---如，K04456 = 絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶；

2）ko+num，表示代謝通路名稱，表示一個(gè)特定的生物路徑；（注：ko小寫）?---如，ko04151 = PI3K-Akt信號通路；

3）M+num，表示模塊名稱?；---如，M00676 = PI3K-Akt信號模塊；

4）map+num，表示KEGG中通用?代謝通路圖；無色；

5）hsa+num，表示KEGG中某特定物種代謝通路圖；該類通路圖中通常有綠色方框，表示該方框?qū)儆谠撐锓N；hsa是人類的代號，若是別的物種，該代號會(huì)變更；

6）?C+num，表示化合物名稱；如C00533 = NO （一氧化氮）

7）-.-.-.- ，表示酶的名稱；如EC2.7.11.1 = 絲氨酸/蘇氨酸激酶（即K04456，AKT）；在代謝通路圖中，方框中通常會(huì)有-.-.-.-的數(shù)字，即表示酶；

8）R+num，表示反應(yīng)名稱；

9）RC+num，表示反應(yīng)類型；

10）RP+num，表示反應(yīng)物質(zhì)對。?

3. 各種ID轉(zhuǎn)換 ?

去HGNC數(shù)據(jù)庫下載頁面，下載protein-coding gene.txt這個(gè)文件，里邊有各數(shù)據(jù)庫之間的ID對應(yīng)關(guān)系，可輕松應(yīng)對各種轉(zhuǎn)換。