摘錄自：https://blog.51cto.com/xiangpang/1711603
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md5sum命令用于生成和校驗文件的md5值。它會逐位對文件的內容進行校驗。是文件的內容，與文件名無關，也就是文件內容相同，其md5值相同。在網絡傳輸時，我們校驗源文件獲得其md5sum，傳輸完畢后，校驗其目標文件，并對比如果源文件和目標文件md5 一致的話，則表示文件傳輸無異常。否則說明文件在傳輸過程中未正確傳輸。以hg38為例進行操作。
一、下載?所需要的hg38.fa.gz 和質量控制文件md5sum.txt，進行完整性檢驗。
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/
cat md5sum.txt
挑選?1c9dcaddfa41027f17cd8f7a82c7293b hg38.fa.gz?
echo 1c9dcaddfa41027f17cd8f7a82c7293b hg38.fa.gz > check_md5sum_hg38.md5
md5sum -c check_md5sum_hg38.md5? #測試時使用的是".md5"后綴，注意前后名稱要保持一致
hg38.fa.gz: OK #表示所下載的hg38文件及格
md5sum的選項：
-b 以二進制模式讀入文件內容
-t 以文本模式讀入文件內容
-c 根據(jù)已生成的md5值，對現(xiàn)存文件進行校驗
--status 校驗完成后，不生成錯誤或正確的提示信息，可以通過命令的返回值來判斷。
二、解壓文件hg38.fa.gz做準備
gunzip hg38.fa.gz? ?##謹記！
由于建立索引的時間過長，建議掛到服務器后臺運行
bowtie2-build hg38.fa hg38 #bowtie2 建立索引
nohup bowtie2-build hg38.fa hg38 & > nohup01.out
PS:?下載參考基因組及比對軟件的代碼：
下載的小鼠基因組
cd ~/reference
mkdir -p? genome/mm10? && cd genome/mm10
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz? &
tar zvfx chromFa.tar.gz
cat *.fa > mm10.fa
rm chr*.fa
下載hg19：
cd ~/reference
mkdir -p genome/hg19? && cd genome/hg19
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar zvfx chromFa.tar.gz
cat *.fa > hg19.fa
rm chr*.fa
下載hg38
cd ~/reference
mkdir -p genome/hg38? && cd genome/hg38
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz? &
bowtie軟件建立索引文件
cd ~/reference
mkdir -p index/bowtie && cd index/bowtie
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build? ~/reference/genome/hg19/hg19.fa? ~/reference/index/bowtie/hg19 1>hg19.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build? ~/reference/genome/hg38/hg38.fa? ~/reference/index/bowtie/hg38 1>hg38.bowtie_index.log 2>&1 &
nohup time ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build? ~/reference/genome/mm10/mm10.fa? ~/reference/index/bowtie/mm10 1>mm10.bowtie_index.log 2>&1 &
bwa軟件建立索引文件
cd ~/reference
mkdir -p index/bwa && cd index/bwa
nohup time ~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index? -a bwtsw? -p ~/reference/index/bwa/hg19? ~/reference/genome/hg19/hg19.fa 1>hg19.bwa_index.log 2>&1? &
nohup time ~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index? -a bwtsw? -p ~/reference/index/bwa/hg38? ~/reference/genome/hg38/hg38.fa 1>hg38.bwa_index.log 2>&1? &
nohup time ~/biosoft/bwa/bwa-0.7.15/bwa index? -a bwtsw? -p ~/reference/index/bwa/mm10? ~/reference/genome/mm10/mm10.fa 1>mm10.bwa_index.log 2>&1? &
hisat軟件建立索引文件
cd ~/reference
mkdir -p index/hisat && cd index/hisat
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg19.tar.gz? &
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/hg38.tar.gz? &
nohup wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/grcm38.tar.gz &
tar zxvf hg19.tar.gz
tar zxvf grcm38.tar.gz
tar zxvf hg38.tar.gz
