基因在結(jié)構(gòu)上,分為編碼區(qū)和非編碼區(qū)兩部分。真核生物的編碼區(qū)是不連續(xù)的,分為外顯子和內(nèi)含子,在轉(zhuǎn)錄過程中會修剪內(nèi)含子,并拼合外顯子來形成轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。在原核生物中,基因是連續(xù)的,也就是說無外顯子和內(nèi)含子之分。在實驗過程中,我們會對基因的外顯子或者是非編碼區(qū)進行單獨分析,那么這時候就需要能夠準確的找到基因的不同區(qū)域的序列。
以綿羊的NPPC基因為例,利用NCBI網(wǎng)站查找其不同的結(jié)構(gòu)區(qū)域。
一、利用NCBI查找NPPC基因
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圖中fasta為該基因的序列,點擊可查看其序列。
二、查看基因不同結(jié)構(gòu)區(qū)域
1.如果想查看該基因的不同結(jié)構(gòu)區(qū)域的序列,可點擊黃色框的genebank選項查看。
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可分別查看其gene序列,不同轉(zhuǎn)錄本mRNA,以及CDS序列以及翻譯后的蛋白序列。
2.點擊藍筐中的tools選項查看基因結(jié)構(gòu)
點擊tools選項中的sequence text view亦可查看基因結(jié)構(gòu)
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以上即為查找任一基因序列的步驟,如想設(shè)計基因全長或QPCR引物,推薦直接復制genebank中的序列,如若想擴增啟動子或非編碼區(qū)序列,推薦使用tools中的序列,簡潔明了。