冰火大戰后，太乙真人用蓮花為哪吒、敖丙重塑肉身。在術法快完成時，龍族來犯陳塘關。東海龍王在申公豹和其他三個使壞的龍王攛掇下，以為兒子死了，勢要血洗陳塘關。為了阻止父親，敖丙肉身再次被毀。在蓮花還沒修復的時間里，敖丙的元魂需要附在哪吒的肉身里，一體雙魂。哪吒平時還是自己的樣子，只是可以聽見身體里敖丙的聲音。但當敖丙的意志大于哪吒，就可以掌控哪吒的身體。這個時候，哪吒的臉沒了黑眼圈，會變得濃眉大眼，相貌端正。

為了拿到玉虛宮的瓊漿玉液修補蓮花，給敖丙重新做肉身，哪吒需要參加玉虛宮的升仙考試。與申公豹的父親申正道的打斗較量也只是升仙的一道考題。在打斗過程中哪吒本也沒有要趕盡殺絕，不知為何申正道竟然自斷一臂，卻正好被趕來的申小豹看見，誤以為是哪吒傷了他父親。憤怒的申小豹開始瘋狂報復，想要為父親報仇。

雖然哪吒一再阻攔，但鹿童卻手持弓箭，不依不饒的射殺申正道父子。申正道為了兒子的性命，只能帶著申小豹倉皇逃離。申小豹在父親的掩護下雖身受重傷，但總算逃得一命，跑到陳塘關給哥哥申公豹報信。申公豹一聽父親被哪吒所傷，立刻暴怒，在西海龍王為首的眾龍族諸妖獸的幫助下血洗陳塘關，終釀大禍。（表面開起來是這樣的）

哪吒三戰三勝，終于升仙成功。無量仙翁賜予哪吒綠色玉牌，還給哪吒施以咒術，這個咒術其實是無量仙翁控制哪吒的咒術，但當時除了無量仙翁沒人知道，在此其實為后來敵我雙方對峙埋下了伏筆。升仙成功的哪吒終于可以如愿拿到玉露瓊漿了，無量仙翁問他可有別的寶物想要，他斷然拒絕，只要玉露瓊漿，因為他做這一切都是為了拿到玉露瓊漿去救他的好友敖丙。

當太乙真人把玉露瓊漿撒到枯死的蓮花上后，蓮花立刻恢復如初，敖丙終于有救了。本來挺開心的，誰知道高高興興回到陳塘關的哪吒，展現在眼前的只剩一片廢墟，沒有了任何生命的跡象。想到父母鄉親慘死，哪吒的憤怒再也壓抑不住，他急需要找人報仇雪恨，誰也攔擋不住。敖丙不相信自己的父親會置自己生死于不顧而水淹陳塘關，但哪吒已經聽不進任何勸說，直奔龍宮找敖丙的父親敖廣報仇。

劇情正如無量仙翁所預期的那樣向前發展，他希望借助魔童哪吒和靈珠敖丙的力量把世間所有“妖魔”都消滅，最后只剩他們“闡族”這一“正統”存活于世，唯我獨尊。（像不像美麗國的行徑？）

事情發展到此劇情進入高潮，本劇主題“哪吒之魔童鬧海”正式展開。從一開始哪吒獨闖東海挑戰敖光，到后來太乙真人和被救活的敖丙帶著僥幸存活的海夜叉趕到，告知真相，哪吒才高興地地發現原來自己傷心早了，父母竟然沒死，還活著！原來，在陳塘關一戰中，李靖夫婦二人最后被申公豹變成泥人藏了起來，僥幸逃過一難。任誰也沒想到，“大奸臣”申公豹竟然也會有心軟做好事的時候。

如果事情發展到此，雙方把話說開了握手言和多好啊，可惜有人不愿意。無量仙翁打著替天行道的旗號，帶領眾多天兵天將，并親自帶著能夠關押人、魔、妖并用于煉制仙丹的神秘寶物——天元鼎直奔東海。

已經得知事情真相的哪吒和敖廣他們，面對共同的敵人—無量仙翁和捉妖隊，毅然決然選擇聯手，帶領龍族和妖族，打破了天元鼎，打敗了無量仙翁和捉妖隊。

在與無量仙翁和捉妖隊惡斗過程中，哪吒終于深刻領悟到深刻的人生道理，大聲喊出“是妖是魔，那又如何？”這樣振聾發聵的心聲。

與《哪吒1》中哪吒對自己魔童身份的厭惡相比，《哪吒2》中哪吒歷經諸多磨難，看到所謂“正道”代表的無量仙翁的陰狠毒辣、卑鄙無恥，也看到了所謂妖界的申正道、申小豹等妖獸的正直勇敢。尤其是眼看著母親在自己懷抱里被天元鼎練成所謂“仙丹”，痛不欲生的哪吒，瞬間醍醐灌頂、脫胎換骨、浴火重生。影片中小哪吒瞬間成長高大起來，變得頂天立地。他已不再糾結自己的身份，“是妖？是魔？那又如何？”！

影片最后，無量仙翁本已被哪吒他們打的鼻青臉腫，最后又被自己身邊的兩個仙童鹿童和鶴童揍的更加慘不忍睹。由此可見，無量仙翁的所作所為其實早已不得人心，只不過迫于他的身份、地位和功夫不敢造次而已。

該影片深刻揭示了一個道理：哪里有壓迫，哪里就會有反抗。哪吒是這樣，敖廣是這樣，申公豹更是這樣。仔細追究，被鎖在東海里的由敖廣看管的其他幾個龍王和諸小妖又有哪個不是如此呢？他們不甘心終生被鎖在東海失去自由，為了自由，他們不得不奮起反抗。因為共同的敵人，也因為有共同的目標，所以他們才能在生死存亡的關鍵時刻聯手，一舉擊敗敵人，大獲全勝。