R-下載某一條通路的所有基因名字(KEGG)

實例:如何拿到KEGG數據庫中多巴胺通路相關的基因集

一、確定目標通路

打開KEGG選擇pathway,在搜索框前輸入物種,框內填入關鍵詞。



篩選結果顯示僅有hsa04728符合我們的研究目的

二、下載hsa04728通路中的全部基因

1.安裝R包KEGGREST

首次安裝時電腦可能會顯示與當前R語言版本不配,可以從bioconductor 的官網下載安裝

if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))      
   install.packages("BiocManager") 
BiocManager::install("KEGGREST", version = "3.10") 

可以library一下這個包,里面包含了KEGG數據庫的19個子數據庫
,"pathway"、"genes" 、"ligand"、 "brite"為4個主要的數據庫,其他的子數據庫是在這4個數據庫的基礎上衍生出來的。

> library("KEGGREST") 
> listDatabases()  
[1] "pathway"  "brite"    "module"   "ko"       "genome"   "vg"       
[7] "ag"       "compound" "glycan"   "reaction" "rclass"   "enzyme"  
[13] "disease"  "drug"     "dgroup"   "environ"  "genes"    "ligand"  
[19] "kegg"  
  • "pathway"數據庫提供發生在細胞內各種反應的人工繪制途徑圖,以網絡形式-呈現。"genes" 數據庫存儲KEGG中注冊的已經測序的基因組信息。
  • "ligand"數據庫可以查詢化合物、多糖以及酶促反應等信息。
  • "brite"是將生物信息按等級層次分類歸納的數據庫,其中所包含的KEGG、KO是用于同源性識別的系統。

2.提取通路信息

keggGet('hsa04728') 
gs<-keggGet('hsa04728')
  • 使用 keggGet 函數獲取人類基因信號通路 hsa04650 的信息,并緩存
    逐步run可以看到結果包括了通路介紹、基因,基因間的聯系方式,以及鏈接等等。


三.提取全部基因

#獲取通路中gene信息 
gs[[1]]$GENE 
#查找所有基因 
genes<-unlist(lapply(gs[[1]]$GENE,function(x) strsplit(x,';'))) 
genelist <- genes[1:length(genes)%%3 ==2] 
genelist <- data.frame(genelist)  
#把結果寫入表格中 
write.table(genelist, "C:\\Users\\xxx\\Desktop\\hsa04728.csv",            
row.names=FALSE,col.names=TRUE,sep=",") 

最終可以獲得一個表格,genelist中有132個基因name,即多巴胺通路hsa04718中涉及的所有的基因。

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