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范文題目：Identification of the Prognostic Value of Tumor Microenvironment-Related Genes in Esophageal Squamous Cell Carcinoma

研究背景：

食管鱗狀細胞癌（ESCC）是食管癌的最普遍的組織學類型，但缺乏明確的預后指標。

研究方法：

我們使用ESTIMATE算法訪問TCGA數據庫中保存的ESCC病例的腫瘤微環境（TME），并使用Cox回歸分析確定了TME相關的預后基因。使用最小絕對收縮和選擇器操作或LASSO算法確定關鍵的預后基因。計算風險評分，并構建臨床預測模型以評估TME相關基因的預后價值。

研究結果：

我們發現，較高的免疫和基質評分與較差的總體生存率顯著相關（p <0.05）。我們共鑒定了1,151個與TME相關的差異表達基因，其中67個與預后相關的基因。通過LASSO方法，選擇了13個關鍵預后基因，即ADAMTS16，LOC51089，CH25H，CORO2B，DLGAP1，GYS2，HAL，MXRA8，NPTX1，OTX1，RET，SLC24A2和SPI1，并構建了13個基因的風險評分 。與較低的風險評分相比，較高的評分表明預后較差（HR：8.21，95％CI：2.56-26.31；P <0.001）。風險評分與免疫/基質評分和各種類型的浸潤性免疫細胞（包括CD8細胞，調節性T細胞和靜息巨噬細胞）顯著相關。

研究結論：

我們表征了ESCC中的腫瘤微環境，并確定了關鍵的預后基因。提出了基于這些基因的表達譜的風險評分，作為TME狀態的指標，并有助于預測患者的預后。

分析思路：

1、確定高免疫和基質分數與不良預后相關，并且根據高低分組進行差異分析，得到相關的差異基因，對差異基因進行功能分析（GO、KEGG富集分析）

2、使用單因素Cox和lasso回歸篩選基因，最后確定了13個基因進入模型計算risk score以及risk?score結合臨床因素進行構建模型,?并且使用GEO數據進行外部驗證

3、分別進行risk score與免疫評分、基質評分、免疫細胞浸潤的相關性分析