網址
http://www.qplot.cn:3838/apps/009-vegan_diversity/
- vegan包是一個全面強大的生態學分析包
- diversity() 計算多樣性
- estimateR() 計算豐富度
shannon, 菌群多樣性指數
香農-威納指數的公式是：H=－∑（Pi）（㏑Pi）
Pi=樣品中屬于第i種的個體的比例，如樣品總個體數為N，第i種個體數為ni，則Pi=ni/N
各種之間，個體分配越均勻，H值就越大。如果每一個體都屬于不同的種，多樣性指數就最大；如果每一個體都屬于同一種，則其多樣性指數就最小
Dominance 隨即取兩條序列，來自同一個樣品的概率Σ (Si(Si-1))/N(N-1)
simpson 菌群多樣性指數
辛普森多樣性指數=隨機取樣的兩個個體屬于不同種的概率
=1-隨機取樣的兩個個體屬于同種的概率
越均勻，值越大
Pielou’s evenness(J),
Shannon-Wiener指數(H),
物種豐富度 Species richness(S),
J <- H/log(S)
chao1, 菌種豐富度指數。估計群落中的OTU數目
Schao1=Sobs+n1(n1-1)/2(n2+1),其中Schao1為估計的OUT數，Sobs為觀測到的OTU數，n1為只有一天序列的OUT數目，n2為只有兩天序列的OUT數目。
輸入數據，直接從Excel復制，粘貼至APP文本框
行為OTU或物種等變量、
列為樣本名
輸入數據.png
結果
diversity.png
richness.png
物種積累曲線.png
