1645年（順治二年）三月，清軍大舉南下，從歸德分兩路向南進攻，一路劍指安徽亳州，一路人馬直取徐州。

四月十五日，清軍圍困揚州。時任南明兵部尚書史可法正在揚州督師，固守孤城，急命各鎮(zhèn)赴援，但因南明內(nèi)部黨爭正烈，各鎮(zhèn)抗令拒不發(fā)兵。清軍乘機誘降，史可法嚴詞拒絕。

清軍主帥、豫親王多鐸先后五次派人致書，史可法都不啟封緘。清軍攻城后，史可法率揚州軍民浴血苦戰(zhàn)，歷時七個晝夜。史可法曾對軍隊下了一道手令：上陣不力，守城；守城不力，巷戰(zhàn)；巷戰(zhàn)不力，短接；短接不力，自盡。

1645年4月25日，揚州城破，軍民逐巷奮戰(zhàn)，大部壯烈犧牲。

城破后，史可法被俘，多鐸勸他歸降，史可法說：“我中國男兒，安肯茍活！城存我存，城亡我亡！我頭可斷而志不可屈！”，英勇就義。

清軍占領(lǐng)揚州以后，多鐸以不聽招降為由，下令屠城。 揚州居民除少數(shù)破城前逃出和個別在清軍入城后隱蔽較深幸免于難外，幾乎全城慘遭屠殺，“城中積尸如亂麻”。

時人王秀楚依據(jù)親身經(jīng)歷寫了一本《揚州十日記》對清軍在揚州的暴行作了詳細的記載，其中稱“查焚尸簿載其數(shù)，前后約計八十萬余”。

清軍攻陷揚州后，渡過長江，克京口鎮(zhèn)江。南明弘光帝出奔安徽蕪湖。

五月十五日，眾大臣獻南京降清；五月二十二弘光帝被俘獲，送往北京，弘光帝在位僅僅一年。

南京失陷后，南明從此四分五裂，再無統(tǒng)一的核心領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)。各地有野心的宗室紛紛自立，先后有杭州的潞王朱常淓（1645年）、應(yīng)天的偽太子王之明（1645年）、撫州的益王朱慈炲（1645年）、桂林的靖江王朱亨嘉（1645年）等宣布監(jiān)國，但都是曇花一現(xiàn)，數(shù)天后均被推翻。

弘光元年，明朝已無像樣成建制的軍隊，清軍南下多為當(dāng)?shù)厝俗园l(fā)抵抗。其中尤以嘉定、江陰為最。降臣錢謙益，趙之龍等向多鐸獻策曰：“吳下民風(fēng)柔弱，飛檄可定，無須用兵。”

然而確是：剃發(fā)令朝下，相顧為發(fā)悲。三吳同時沸，紛紛起義師。嘉定鄉(xiāng)民的誓死抵抗遭到了清軍報復(fù)性的“嘉定三屠”。“

江陰死戰(zhàn)八十一日，史載江陰舉城戰(zhàn)亡，“竟無一人降者”。

1647年十一月，南明流亡政權(quán)發(fā)生內(nèi)訌，紹武政權(quán)與永歷朝廷為爭正統(tǒng)地位，不惜展開內(nèi)戰(zhàn)。

當(dāng)紹武政權(quán)在同永歷朝廷交戰(zhàn)中取得勝利的時候，清軍在佟養(yǎng)甲、李成棟統(tǒng)率下正由福建經(jīng)潮州、惠州向廣州急速推進，一路上幾乎沒有遇到任何抵抗。李成棟等人利用紹武政權(quán)的注意力完全集中于同西面的永歷朝廷打內(nèi)戰(zhàn)的機會，以迅雷不及掩耳之勢從東面直撲廣州。十二月十五日，清軍前鋒以帕包頭，偽裝成明朝軍隊，出其不意地闖入廣州。

紹武帝和他的大臣們?nèi)栽趬糁校A(yù)定是日“幸武學(xué)，百官咸集”，忽然有人報告清軍來襲，大學(xué)士蘇觀生還以妄言惑眾把報信人處斬。

轉(zhuǎn)眼之間，清軍登上城墻，隨即去掉偽裝，露出辮子，亂箭下射，城中頓時鼎沸起來。蘇觀生急令關(guān)閉城門，調(diào)兵作戰(zhàn)。可是，精兵都派往肇慶方面去對付永歷朝廷，一時調(diào)不回來。廣州重鎮(zhèn)就這樣糊里糊涂地被清軍占領(lǐng)。

紹武帝見大勢已去，拖了一條被子混在乞丐當(dāng)中，被清軍查出，關(guān)在東察院。李成棟派人送飲食。

紹武帝說：“吾若飲汝一勺水，何以見先帝于地下。”隨即自縊而死。蘇觀生在墻壁上寫下“大明忠臣，義固當(dāng)死”八個大字，然后懸梁自盡。從各地逃至廣州的明朝親王、郡王共二十四人，全部被清軍處斬。

1646年三月，清軍進占浙東府縣，南明大學(xué)士張國維、督師兵部尚書余煌、禮部尚書陳函輝、大理寺少卿陳潛夫等先后自殺。督師大學(xué)士朱大典據(jù)守金華，誓死不降。清將軍博洛親自統(tǒng)率滿、漢軍于六月二十三日從紹興前往金華，二十六日把該城四面包圍。由于明軍在朱大典指揮下憑城頑抗，博洛從杭州調(diào)來紅衣大炮。

浙閩總督張存仁也奉命帶兵參加攻城。清軍以絕對優(yōu)勢的兵力猛攻了二十天，直到七月十六日金華才被攻破。朱大典帶領(lǐng)家屬和親信將校來到火藥局，用繩索捆在火藥桶上，點燃引線，轟然一聲，壯烈成仁。朱大典在明末官場上以貪婪著稱，然而當(dāng)民族危難之時他卻破家紓難，體現(xiàn)了威武不能屈的氣節(jié)。清軍占領(lǐng)金華后，借口“民不順命，因屠之”，連續(xù)屠城三日，死者不計其數(shù)。

清乾隆四十二年，乾隆皇帝彰其忠烈，為朱大典謚烈愍。

1646年6月11日凌晨，清軍渡過錢塘江，南明兵部尚書阮大鋮與東林黨大佬們紛紛剃發(fā)投降。八月十三日，清征南大將軍博洛、閩浙總督張存仁、巡撫佟國鼎帶領(lǐng)滿、漢軍從衢州出發(fā)，收取福建。

十八日，清軍未遇任何抵抗，就越過了仙霞嶺。不久前降清的阮大鋮跟隨清軍入閩，行至仙霞嶺下時忽然頭面腫脹，其他官員勸他暫作休息，不要過關(guān)。他惟恐失去“立功”機會，堅持隨軍越嶺。為了顯示自己身強體健，他爭先步行登山，對落在后面的人吹噓道：你們這些年輕人爬山還不如我這六十歲的老頭。攀登到山頂后，阮大鋮疾病突發(fā)，死于嶺上。

其他官員氣喘吁吁到達嶺上時，見他坐在大石上一動不動，呼之不應(yīng)，以馬鞭撥其辮子毫無反應(yīng)，仔細一看，才發(fā)現(xiàn)他已經(jīng)死亡。時天氣炎熱，尸體已經(jīng)開始潰爛。跟隨的家人上嶺、下嶺，幾經(jīng)周折，才在附近居民家中找到幾扇門板，勉強收殮。

主要參考文獻：《罪惟錄》《明通鑒》《南明史料研究專揖》。