朱棣發動靖難之役，打入南京城時，便大肆地搜捕忠于建文帝的文臣學士，方孝孺這個“建文新政”的核心人物就是在這時候被抓到監獄的。

軟硬兼施，朱棣想招降方孝孺

朱棣在北平發兵準備南下時，他的軍師道衍和尚（姚廣孝）一路送出，到了北平郊外時，道衍和尚突然下跪。朱棣雖是個狂徒，什么人都不放在眼里，唯獨對這個和尚特別尊重，因為他的起兵是道衍和尚一手教出來的，每當危難之際都是由道衍和尚給他指點迷津。朱棣外出打仗，他的老巢北平城里總能安然無恙，這都是道衍和尚的功勞。所以說朱棣看到他下跪，自然驚詫不已，趕緊將他扶起，并問他有何指教？道衍和尚說：“貧僧有一事相求，懇請大王恩準。”朱棣說：“先生有何高見速速說來，本王照做就是了。”道衍說：“南有方孝孺者，素有學行，武成之日，必不降附，請勿殺之，殺之則天下讀書種子絕矣！”

朱棣是一個極其狡猾的政治野獸，跟朱元璋一樣，十分殘忍，但道衍和尚的話他還是當回事的。因為他深知，要說當今大明讀書人中的道德文章，方孝孺當為天下第一，要是讓這樣的天下第一號文化名人給自己登基起草詔書，還愁普天之下那么多的文臣學士不肯歸附嗎？所以進入南京城后，朱棣就急忙召見方孝孺，但召了好幾次，都被拒絕了，他只好另想辦法。

大明開國功臣廖永忠的兩個孫子廖鏞和廖銘曾受業于方孝孺，且聽說他們的師生關系還不錯；雖然自己是一介武夫，但朱棣也知道，對待這些讀書人要給他們找“知音”。知音一旦來了，能談的話就多，臭味相投么，溝通起來就容易了。朱棣拿定主意后，就叫人喊來廖家兄弟，讓他們去勸降老師方孝孺。

廖家哥倆兒不敢違抗朱棣的命令，就來到了方孝孺的牢房，兄弟倆剛開口說明來意，方孝孺就發怒了：“你們跟我讀書已經好幾年了，難道還不知人世間義理嗎？”廖氏兄弟受到老師的訓斥后，就悻悻地退出牢房，去向朱棣復命。

黔驢技窮的朱棣，只得使用武力，他命令錦衣衛鎮撫伍云將方孝孺強押上了明皇宮的大殿。只見方孝孺披麻戴孝全身喪服，一邊被人拖著，一邊放聲大哭，悲慟之聲響徹皇宮的殿堂。朱棣看見方孝孺已經被押來了，他馬上從自己的御座上走下來，暫時控制住憤恨，假惺惺地裝作慰問似得說道：“先生不要太痛苦，我只不過是想效法周公輔佐成王罷了。”

方孝孺馬上尖銳的反問說：“如今成王在哪里？”

朱棣一副十分惋惜的樣子，說：“他自己燒死了。”

方孝孺繼續問道：“那為什么不立成王的兒子為國君？”

朱棣回答說：“成王的兒子還太小，國家需要年長的國君啊。”

方孝孺繼續問：“為什么不立成王的弟弟？”

這時朱棣已經被追逼到了理屈詞窮的地步，他幾乎控制不住了，向方孝孺走去，強作親切但略帶幾分慍怒，回答說：“這是我們的家事，先生就不必操心過多了！”說完他轉過頭去，吩咐左右伺候好筆墨，然后帶著幾分溫和的對方孝孺說：“我即將登基，昭告天下的詔書還非得先生起草不可啊。”

方孝孺氣憤之極，將筆墨扔到地上，邊哭邊罵：“死就死吧，詔書絕不起草。”

朱棣露出了猙獰的笑容，說道：“你想死，沒那么容易，你固然能舍生取義，但你難道就一點不顧念你的妻兒、親戚和宗族嗎？你不會不知道誅滅九族之刑吧？”

方孝孺大義凜然的回敬道：“別說是誅滅九族，就是十族，你又能把我怎么樣？”

惱羞成怒，失控的朱棣大開殺戒

此時的朱棣特別恨方孝孺這張嘴，他氣急敗壞地下令，給方孝孺用刑。只見劊子手們死命地按住方孝孺的全身，用刀將他的嘴皮給割開，從嘴角一直割到左右兩只耳朵旁，接著就將渾身血淋淋的方孝孺重新投到大牢里。

殘忍的獸性終于爆發了，殺人是朱棣的拿手絕活，方家及周圍的人開始遭殃了。朱棣下令將方孝孺的親戚宗族和朋友門生全都關進了大牢，沒逮一個就將他帶到方孝孺面前，想以此來擊垮方孝孺的心理防線。可方孝孺的內心固若金湯，連頭都不回一下。

朱棣仍不甘心，還想強迫方孝孺為他寫詔書。方孝孺忍者全身的疼痛，用盡全身的力氣，憤怒的抓起了筆，在紙上唰唰寫下了“燕賊篡位”四個大字。這下可戳到了朱棣心坎里，使得朱棣發狂了。朱棣歇斯底里地開始對方氏宗族、母族、妻族一一下手誅殺。建文四年六月，從南京到浙江，無數慘劇上演。

方孝孺的妻子鄭氏和兒子方中憲、方中俞聞聽噩耗，都自殺而死；方孝孺的兩個女兒尚未成年，在被押往南京的路上，走到秦淮河邊時，為了避免受辱，雙雙投河自盡。

據說，方孝孺蒙難之前，朱棣還曾進行了最后的威逼，誰知方孝孺越罵越勇，朱棣命人殘忍地將方孝孺的嘴巴撬開，然后將他的舌頭給割下來，頓時血流如注。方孝孺強忍著疼痛，將一口鮮血噴灑在朱棣身上。朱棣實在是怒不可遏，下令對方孝孺處以極刑。但在用刑之前，朱棣還想在精神上進一步折磨和虐待他，于是就將與方孝孺感情最深的弟弟方孝友放在同一天處決。

英勇殉難，湯顯祖修方孝孺墓

六月二十五日，方孝孺寫了絕命詩——

天降喪亂兮，莫知其由。

奸臣得計兮，謀國用猷。

忠臣發憤兮，血淚交流。

以死殉君兮，抑又何求？

嗚呼哀哉兮，庶不我尤！

方孝孺最終被朱棣千刀萬剮，時年46歲，殉難之地就是今天南京午朝門公園的午門，那里有一片“血跡石”，據說是方孝孺的鮮血噴灑到上面形成的。

方孝孺被殺，可憐到了無人收尸的地步。其學生廖鏞和廖銘冒著被殺頭的危險，偷偷為他的老師收尸，將其安葬在南京城外的聚寶山（雨花臺）上。萬歷年間時，大戲劇家湯顯祖為其修墓，立碑建祠，以示紀念。上題有對聯：

起儒廉隅，一夕秋風生木末；

成仁取義，千年春草在長干。

這就是現在我們所能看到的方孝孺墓。