https://forum.qiime2.org/t/qiime-2-2018-8-release-is-now-live/5860

qiime1已經(jīng)不更新的維護(hù)，雖然可以使用，畢竟已經(jīng)有點(diǎn)過時(shí)。學(xué)習(xí)qiime2還是相當(dāng)必要的，畢竟它是趨勢(shì)。但qiime2更新是如此迅速，以至于許多翻譯成中文的教程不少命令已然過時(shí)了，所以有必要學(xué)習(xí)一下兩個(gè)月一更新的qiime究竟在命令上有哪些大的更改。

一、2018.8更新–重大更改(breaking changes)

當(dāng)你在bash或者zsh中激活conda環(huán)境時(shí)，tab自動(dòng)補(bǔ)全功能會(huì)自動(dòng)可用。

1、qiime tools import命令

–source-format 選項(xiàng)重命名為--input-format

| 1 | qiime tools ``import \ |

| 2 | --``type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \ |

| 3 | --input-path pe-64-manifest \ |

| 4 | --output-path paired-end-demux.qza \ |

| 5 | --<span style=``"color: #ff0000;"``>input-``format``<``/span``> PairedEndFastqManifestPhred6 |

2.qiime tools export

input選項(xiàng)被--input-path 選項(xiàng)代替， --output-dir 選項(xiàng)重命名為--output-path。

| 1 | qiime tools ``export \ |

| 2 | --input-path unrooted-tree.qza \ |

| 3 | --output-path exported-tree |

3.qiime tools extract

同樣是input選項(xiàng)被--input-path 選項(xiàng)代替， --output-dir 選項(xiàng)重命名為--output-path。

| 1 | qiime tools extract \ |

| 2 | --input-path feature-table.qza |

| 3 | --output-path extracted-feature-table |

二、2018.6更新

更正了一個(gè)bug,q2-cutadapt插件的trim-paired命令會(huì)錯(cuò)誤的執(zhí)行trim。沒有發(fā)現(xiàn)其他大的更新。

三、2018.4更新

• 增加了一個(gè)命令qiime tools citations ，可以打印相關(guān)Artifact或者Visualization結(jié)果，過括最早的引用文獻(xiàn)。只會(huì)給出這個(gè)或者更新的版本用到的，不會(huì)給出之前版本的。
• 增加了一個(gè)–citations標(biāo)簽，可以這樣使用，qiime <plugin> --citations 和 qiime <plugin> <action> --citations。會(huì)給出一個(gè)BibTeX格式的參考文獻(xiàn)。
• qiime info –citations被移去，原因是以上選項(xiàng)代替了。
• 修復(fù)–verbose不能經(jīng)常給出期望輸出。

四、2018.2

• metadata改動(dòng)，之前qiime2接受metadata的選項(xiàng)結(jié)尾是-category，現(xiàn)在改為-column，例如–m-metadata-category –>–m-metadata-column。繼續(xù)用原來的命令會(huì)報(bào)錯(cuò)。

• 增加了一個(gè)子命令qiime tools inspect-metadata! ，用來檢查metadata的可用性。

• metadata格式的變化（新格式基本兼容前面格式，包括qiime1的）：1.必須的文件頭。 大小寫不敏感的有:

  • id
  • sampleid
  • sample id
  • sample-id
  • featureid
  • feature id
  • feature-id

  大小寫敏感的 (主要是為了兼容 QIIME 1, biom格式和 Qiita文件):

  • #SampleID
  • #Sample ID
  • #OTUID
  • #OTU ID
  • sample_name

• 2.缺失的數(shù)據(jù)，用一個(gè)空單元格代替，NA, nan等不再y認(rèn)為是數(shù)據(jù)缺失。

• 3.之前不好區(qū)分一列是數(shù)字型的數(shù)據(jù)還是分類型的數(shù)據(jù)（如果分類型的數(shù)據(jù)也全是數(shù)字的話）。這里增加一列特別注釋指示,允許用戶指定一個(gè)列的類型。比如這個(gè)表的第二列：

• #SampleID	Subject	BodySite	DaysSinceExperimentStart
  #q2:types	categorical	categorical	numeric
  sample-1	1	gut	20
  sample-2	1	tongue	25
  sample-3	2	gut	15
  sample-4	2	tongue	42